Nhiều nhà nghiên cứu cho rằng Bác sĩ Zhivago là một tác phẩm khó đọc, mặc dù B.Pasternak đã cố gắng viết một cách giản dị. Nhà thơ Andrei Voznesensky gọi nó là một tác phẩm “khó bán nhất”. Nhà nghiên cứu văn hóa nổi tiếng Dmitry Likhachev giải thích rằng cái khó khăn này là một trong những nhầm lẫn của tầm đón đợi. Từ những trang đầu tiên, phong cách câu chuyện có vẻ như muốn hứa hẹn với người đọc về một câu chuyện được diễn biến theo kiểu của tiểu thuyết hiện thực đơn giản truyền thống. Tác phẩm sẽ dễ đọc với những diễn tiến chậm rãi của các tình tiết, với đầy đủ sự lôi cuốn dẫn dắt và cốt truyện có tính motif với những nguyên nhân cho nó và những nhân vật cụ thể dễ nhìn. Likhachev đề xuất ý kiến cho rằng tác phẩm không chỉ là một bộ tiểu thuyết trên tinh thần này (với những đặc điểm như trên) mà thậm chí, nó còn có thể là một kiểu tự truyện ẩn chứa cuộc đời tác giả bên trong nó. Ở đó, anh hùng không có hành động tiêu biểu mà chỉ là cánh cửa sổ để nhìn vào cách mạng Nga. Những nhà phê bình khác thì quả quyết rằng Paternak thậm chí không đủ trình độ viết tiểu thuyết.
Những nhận xét nghiêm khắc trên xuất phát từ việc xem tác phẩm ở “tính hùng vĩ sử thi” gắn với sức mạnh và ý chí của những nhân vật anh hùng như trong những tác phẩm văn học khác viết về chiến tranh và cách mạng. Một trong những điều quan trọng của tác phẩm chính là sự trăn trở giữa hành động anh hùng (chủ đề của dòng chảy vận mệnh dân tộc) và cảm thụ trữ tình (những suy tư tĩnh lặng mang tính chất cá nhân). Pasternak cố ý làm nhòe đi diện mạo bên ngoài của nhân vật, bật lên cái diện mạo tinh thần bên trong. Vì
thế, nhà văn tập trung làm rõ sự nhìn nhận, đánh giá, nhận thức, suy ngẫm xung quanh về vấn đề “cái tôi”- thế giới quan riêng biệt của tác giả. Tác phẩm nói về thế giới bằng chiều sâu tâm hồn thi nhân của tác giả, và vượt qua mọi giới hạn thông thường để tập trung cao độ vào quá trình sáng tạo bên trong.
Vì thế cốt truyện trong tác phẩm không li kì với nhiều kịch tính, một cách chậm rãi Pasternak khám phá hiện thực Nga 40 năm đầu thế kỷ XX (1903 -1943) với nhiều biến động, nổi bật là số phận của con người trước bão tố. Trong lá thư viết cho chị gái Olya (ngày 13 tháng Mười 1946), Pasternak đã thổ lộ điều đó:
Đây mới đích thực là sáng tác chân chính đầu tiên của em. Trong đó em muốn vẽ lại diện mạo lịch sử của nước Nga trong bốn mươi năm gần đây; đồng thời, thông qua tất cả mọi khía cạnh của cốt truyện, một cốt truyện nặng nề, buồn bã và được triển khai thật chi tiết, như Dickens và Dostoevski đã từng làm… thiên tiểu thuyết sẽ là những trang bộc bạch của em về nghệ thuật, về Phúc âm, về kiếp sống của con người trong lịch sử và nhiều điều khác nữa [44, tr.182].
Tác phẩm chia làm hai quyển. Quyển một gồm 7 phần, quyển hai gồm 10 phần. Phần I đến phần XVII, cốt truyện được thể hiện qua các thành phần: thắt nút, phát triển, cao trào, mở nút. Riêng phần XVII: Thơ của Zhivago không thuộc phần cốt truyện, tồn tại độc lập với ý nghĩa riêng.
Với mục đích khái quát hiện thực rộng lớn của nước Nga và những thăng trầm của con người trong lịch sử, bộc lộ quan điểm nghệ thuật về nhiều phương diện, Pasternak đã tạo nên cốt truyện phức tạp với vô vàn những sự kiện, khám phá muôn mặt của cuộc sống đời thường. Câu chuyện thời đại được lồng ghép thông qua câu chuyện cá nhân gắn liền với tình yêu, hạnh phúc gia đình. Những sự kiện lịch sử có tác động sâu sắc đến cuộc đời của tất cả các nhân vật, tạo nên sự xáo động toàn bộ trong xã hội. Chiến tranh thế
giới lần thứ nhất nổ ra, Zhivago bất ngờ đăng lính, Pasha cảm thấy sự vô nghĩa trong gia đình tìm lối thoát nơi chiến tranh, Lara tìm chồng và vô tình gặp Zhivago. Cách mạng tháng Mười ập đến tạo biến động dữ dội, thành thị ngày càng ngừng trệ thiếu thốn trầm trọng. Để tìm lẽ sinh tồn, Zhivago miễn cưỡng phải đến miền Urals xa xôi (lúc đầu chàng phản đối cuộc hành trình này) để nơi ấy chàng gặp lại và gắn bó số phận với Lara. Nếu Zhivago không bị bắt vào quân du kích hai năm, có thể cuộc đời chàng đã đổi khác. Sau nội chiến, đến thời kỳ kinh tế mới, số phận của những nhân vật chính đã định hình rõ. Sau khi Zhivago qua đời, câu chuyện của tác phẩm vẫn được tiếp tục. Sự kiện chiến tranh thế giới lần thứ hai được nhắc đến từ câu chuyện của Misha, Nika và Tanya. Qua đó, có thể thấy lịch sử đã chi phối đoạn đời của các nhân vật. Bằng cách khám phá rất riêng về lịch sử - “thứ lịch sử đã thấm vào từng chi tiết, tế bào đời thường”,đường ranh giới giữa sự kiện lịch sử và đời thường chỉ là tương đối, đôi khi khó phân biệt.
Để khám phá lịch sử và thể hiện bức tranh cuộc sống đa dạng, Bác sĩ Zhivago có cốt truyện đa tuyến, không chỉ duy nhất một cốt truyện xoay quanh đường đời nhân vật trung tâm Zhivago. Các tuyến cốt truyện đan xen tạo nên sự hấp dẫn đặc biệt: Zhivago và Tonya, Pasha và Lara, Zhivago và Lara.
Mang dáng dấp của thể loại truyền thống, Pasternak sử dụng mô típ cốt truyện phổ biến trong tiểu thuyết chiến tranh: thân phận tình yêu trong chiến tranh, trong đó đan xen chuyện tình ngoài hôn nhân của Zhivago. Quan hệ tình cảm tay ba nhìn một cách khái quát đã được đề cập ở rất nhiều kiệt tác khác như: Evgeny Onegin của Puskin, Anna Karenina của L. Tolstol. Chuyện tình ngoài hôn nhân của người phụ nữ “có chồng nhưng sa ngã” đã khá quen thuộc trong truyền thống văn học Nga. Trong tác phẩm của mình, Pasternak có đề cập đến chuyện tình yêu phức tạp của các nhân vật chính, nhưng vấn đề
tác giả hướng đến không phải đặt ra vấn đề tình yêu, hạnh phúc trong chuẩn mực đạo đức. Đề cập đến chuyện tình yêu lắt léo, phức tạp nhưng nhìn chung trong tác phẩm thiếu vắng yếu tố diễm tình (yếu tố sex) như mong đợi cho những ai say mê đọc tiểu thuyết tình yêu lâm li thống thiết kiểu tiểu thuyết của Quỳnh Dao. Có tình yêu say đắm, có hạnh phúc nồng nàn, có giày vò đau khổ, có cả những cung bậc cảm xúc yêu thương, nhưng những điều đó được thể hiện một cách có chừng mực. Bởi lẽ, vấn đề trung tâm của tác phẩm là thân phận tình yêu, là số phận con người trong bão táp lịch sử. Khát vọng tình yêu, hạnh phúc gia đình đặt trên bối cảnh tàn bạo của chiến tranh, sự phi lí khi con người bị đày đọa, cướp mất hạnh phúc. Con người khát khao quay về với cuộc sống gia đình nhưng hiện thực là tan vỡ, đau thương, chia cắt. Trong thiên tiểu thuyết “nặng nề” buồn bã, tình yêu cao đẹp là yếu tố nâng đỡ con người, vực con người dậy sau những tổn thương, mất mát.
Bác sĩ Zhivago đánh dấu sự tan loãng của yếu tố cốt truyện. Tác phẩm không còn đường dây cốt truyện duy nhất (như tiểu thuyết truyền thống) mà gồm ba tuyến chính và nhiều tuyến phụ đan chéo nhau.
Tuyến Zhivago – Tonya với hình ảnh của Tonya, người phụ nữ kiểu mẫu truyền thống, gắn liền với cuộc sống gia đình hạnh phúc – tan vỡ bởi sự trôi dạt của số phận. Họ hội đủ rất nhiều điều kiện để hạnh phúc: cả hai là bạn thuở thiếu thời, tâm hồn trong sáng ngập tràn yêu thương. Họ đến với nhau nhờ sự gắn kết của bà Anna, từ những sự rung cảm chân thành, mãnh liệt. Họ thấu hiểu nhau, vị tha, sẵn sàng hi sinh cho nhau. Cái họ dành cho nhau hơn cả tình yêu – đó là tình thương. Những biến động của thời đại đã gián tiếp chia cách họ. Tuyến truyện về Zhivago – Tonya mở ra cuộc sống của tầng lớp quý tộc Nga vào những thời khắc cuối cùng và sinh hoạt của tầng lớp trí thức ở Moskva. Những biến động của lịch sử in rõ trong gia đình của giáo sư Gromeko. Zhivago phải ra trận bất ngờ để Tonya cùng đứa con thơ ở lại
Moskva. Sau ba năm, chàng trở về, mọi thứ thay đổi, bạn bè xung quanh nhạt nhẽo, duy chỉ có giáo sư Gromeko và Tonya vẫn chân thành, giản dị, nhân hậu yêu thương không lay chuyển trước biến động. Cuộc sống ở Moskva ngày càng chật vật khó khăn, có lúc tưởng như họ không thể bám trụ nổi, và rồi họ phải ra đi để tìm lẽ sinh tồn. Chuyến hành trình đến Varykino khiến họ khắng khít bên nhau hơn, mở ra cuộc sống dào dạt của vùng nông thôn Nga, tình yêu lao động và cuộc sống. Những tháng năm ở đây là quãng thời gian sau cùng trong cuộc sống hạnh phúc gia đình của Zhivago. Nhưng tất cả những điều đó không níu giữ được Zhivago. Bởi lẽ, tình yêu với Lara còn lớn hơn. Cuộc gặp lại Lara đã đẩy chàng xa gia đình, để rồi xa mãi mãi sau khi chàng bị bắt vào quân du kích. Trước thời khắc bị bắt, Zhivago đã nghĩ đến việc “thú tội” để trở về bên gia đình, nhưng rồi chàng lại muốn trì hoãn việc ấy vì chàng khát khao gặp lại Lara lần nữa. Mọi ý định ấy đều không đạt được. Trong suốt thời gian ở trong rừng chàng luôn nghĩ đến gia đình, khát khao trở về. Sau khi bỏ trốn về thành phố Yuaratin, dự định của Zhivago là về Moskva tìm kiếm gia đình. Vì những điều kiện khách quan mà chàng không thể đi được. Cuối đời, Zhivago kết hợp với Marina trong sự vô tình thì Tonya và gia đình của chàng vẫn vẫy gọi. Zhivago vẫn mơ ước về sự đoàn tụ cùng gia đình để không phải quay quắt thương nhớ. Tuyến cốt truyện Zhivago – Tonya gắn liền với khát vọng của Zhivago về hạnh phúc gia đình bình dị. Tuy nhiên tuyến Zhivago – Tonya kết thúc khi Zhivago gặp lại Lara ở thành phố Yuaratin, nhân vật Tonya không xuất hiện nữa từ khi Zhivago bị bắt vào du kích (phần mười của quyển hai), chỉ được nhắc lại trong tâm trí Zhivago, chỉ qua lá thư vĩnh biệt của nàng, và một số chi tiết có liên quan qua lời kể của một số nhân vật khác. Phần miêu tả về Tonya cũng không được chú ý nhiều, có vẻ khá mờ nhạt so với bề dày của tiểu thuyết. Nhưng có thể nói tuyến truyện này cùng tuyến
Zhivago – Lara làm nổi rõ bi kịch của nhân vật trung tâm, đó là hai đầu nỗi nhớ mà chưa bao giờ Zhivago yên lòng với bên nào.
Tuyến cốt truyện Lara - Pasha không chiếm độ dày như tuyến Zhivago – Lara nhưng có ý nghĩa khá thú vị về phương diện kết cấu. Sự đổ vỡ hạnh phúc của họ đến khá nhanh do những hiểu lầm về tình cảm nơi chính Pasha. Ra chiến trường là một quyết định nông nổi, để rồi Pasha trở nên lạnh lùng, sắt đá biến thành công cụ đắc lực của bạo lực cách mạng. Bi kịch đầu đời của Lara đã ảnh hưởng không nhỏ đến sự đổ vỡ hạnh phúc gia đình. Lara ra chiến trường tìm chồng, gặp Zhivago và cuộc đời chuyển theo bước ngoặt mới không chỉ cho chính nàng mà cho cả Zhivago. Dù tìm được tình yêu chân thành, say đắm nhưng Lara và cả Zhivago luôn hướng về mái ấm gia đình của mình. Khi Pasha trở về tìm vợ con thì họ đã ra đi. Lara không thuộc về ai, cả cuộc đời không được hạnh phúc dù thông minh xinh đẹp, khát vọng tình yêu hạnh phúc mãnh liệt. Cuộc hội ngộ giữa Lara - Pasha nhanh chóng kết thúc ở phần thứ tư của quyển một, sau đó họ có gặp nhau đôi lần trong thời kỳ Hồng quân đánh vào thành phố Yuaratin được thể hiện gián tiếp qua lời kể của Lara. Tuyến cốt truyện về hai nhân vật chính này kéo dài đến gần cuối tác phẩm, phản ánh cuộc sống của người trí thức, còn mở rộng thêm sự khám phá về cuộc sống của tầng lớp tư sản mới hình thành, người dân tỉnh lẻ và công nhân đường sắt. Tất cả tạo nên bức tranh sinh hoạt rộng lớn với nhiều thân phận khác nhau, cùng trôi nổi bồng bềnh giữa bão tố.
Tuyến truyện Zhivago – Lara chiếm độ dày tiểu thuyết, có ý nghĩa quan trọng về kết cấu. Câu chuyện tình yêu giữa hai nhân vật đặt trên nền cảnh rộng lớn của chiến tranh. Hành trình gặp nhau – lạc nhau – mất nhau như sự tình cờ, ngẫu nhiên của số phận. Tuyến cốt truyện chính này xâu xuỗi những tuyến cốt truyện với Tonya, với Pasha, đưa ra những chuyện tình lắt léo như
một cách khám phá thân phận tình yêu, thân phận con người trong chiến tranh, cách mạng.
Việc kết hợp nhiều tuyến cốt truyện trong Bác sĩ Zhivago là một điều mới mẻ so với mô hình cốt truyện truyền thống chỉ có một cốt truyện và một nhân vật chính ngự trị trong tác phẩm. Cách thức xây dựng nhiều tuyến cốt truyện lồng vào nhau góp phần làm cho hình thức tác phẩm được rộng mở, năng động hơn. Tác phẩm có độ lỏng về kết cấu, có sức chứa lớn để khám phá sự phức tạp của tính cách, tâm lí con người và muôn mặt của cuộc sống. Điều này thực hiện rõ ý đồ nghệ thuật của Pasternak là phản ánh hiện thực nước Nga đầu thế kỷ XX, nhất là ông đề cập đến số phận bi kịch của người trí thức: Zhivago, Pasha, Lara, Tonya… Mỗi người bị cuộc đời cuốn đi theo mỗi cách khác nhau.
Đôi lúc có sự giao thoa giữa các tuyến cốt truyện thông qua sự xuất hiện cùng một lúc của các nhân vật. Cuộc gặp gỡ giữa các tuyến đồng nghĩa với sự mở rộng đường dây cốt truyện, khám phá sâu hơn hiện thực.