thòi thiếu quy định hướng dẫn một số vấn đề quan trọng trong quá trình giải quyết tranh chấp theo thủ tục tòa án.
Cũng tương tự trong tố tụng trọng tài, pháp luật chuyên ngành về chứng khoán không quy định thời hiệu khởi kiện riêng đối với tranh chấp xảy ra trên thị trường nên phải áp dụng thời hiệu dành cho các vụ án dân sự nói chung. Điều này có nghĩa, thời hiệu khởi kiện tranh chấp trên TTCK là hai năm kế từ ngày quyền và lợi ích bị xâm phạm. Đây là khoảng thời gian tương đối ngắn, không phù họp để đảm bảo các tranh chấp trên TTCK được giải quyết thỏa đáng bằng những phương thức thích họp.
Bộ luật tố tụng dân sự quy định quy trình thống nhất để giải quyết hầu hết các tranh chấp phát sinh trong đời sống xã hội nên tính bao quát là đặt điểm chung của các quy định trong bộ luật. Tính bao quát của các quy định đã gây khó khăn trong quá trình áp dụng giải quyết các tranh chấp trên TTCK đối với những vấn đề nảy sinh từ đặt thù của loại tranh chấp chuyên biệt này. Có thể kể đến một số vấn đề nổi bật như căn cứ để xác định chứng khoán là tài sản ở nước ngoài (không thể xác định ở ngoài biên giới Việt Nam như hướng dẫn), nơi thực hiện họp đồng mua bán chứng khoán qua tổ chức trung gian nhằm xác định thẩm quyền của tòa án hoặc sự tham gia của các tổ chức hòa giải trên TTCK vào giai đoạn hòa giải tại tòa án cũng như giá trị của văn bản hòa giải tại các tổ chức này trong quá trình tòa án phân xử.