3.2.7.1 Bọ xít muỗi (Helopeltis spp.):
Triệu chứng: chích hút nhựa trái, chồi non, cành non của cây. Các vết chích bị thâm đen, các trái non bị chích thường héo khô, trái lớn bị chích có nhiều vết thâm phát triển dị dạng, ít hạt và nhiều nguy cơ bị nấm hại xâm nhập.
Cách phòng trừ: vệ sinh vườn sạch sẽ, tỉa bớt cành nhánh không cần thiết hoặc phun thuốc đặc trị. Bọ xít muỗi cũng có thể phòng trị rất hữu hiệu bằng cách nuôi kiến đen (loài Dolichoderus thoracicus) trong vườn ca cao.
3.2.7.2 Rệp sáp (Planococcus citri):
Triệu chứng: rệp sáp sống bám vào cuống, lá, trái, thân, quả non hay cổ rể để hút nhựa làm cây, trái chậm phát triển và còi cọc.
Cách phòng trừ: chú ý theo dõi phát hiện những ổ rệp mới hình thành, tránh lây lan. Phun thuốc trừ sâu hoặc nếu có nuôi kiến đen thì không cần xịt thuốc.
3.2.7.3 Sâu đục thân, vỏ thân (Endoclita hosei):
Triệu chứng: lúc đầu sâu đục thành những rãnh ở lớp vỏ cây sau đó đục vào thân cây. Mùn cưa đục từ thân kết hợp với chất keo do sâu tiết ra bao phủ các đường rãnh để bảo vệ sâu non.
Cách phòng trừ: sử dụng thuốc trừ sâu đặc trị.
3.2.7.4 Chuột, sóc
Chuột, sóc thích ăn lớp cơm ngọt quanh hạt ca cao nên chúng cắn phá quả ca cao, khoét lỗ để moi hạt. Có thể diệt trừ chuột sóc bằng cách dùng bã độc hoặc gài bẫy.
3.2.7.5 Bệnh thối trái, loét thân, cháy lá (Phytophthora palmivora):
Đây là bệnh chính trên cây ca cao. Bệnh xuất hiện mọi nơi, mọi bộ phận (lá, thân, hoa) qua mọi giai đoạn trong quá trình sinh trưởng và phát triển của cây. Bệnh phát triển mạnh vào mùa mưa, trong môi trường có độ ẩm cao. Bệnh phát tán từ hai nguồn chính là đất (mước mưa, kiến mang đất có mầm bệnh bám lên cây) và trái bệnh (bào tử phát tán do gió, nước mưa, côn trùng).
Cách phòng trừ: sử dụng giống kháng, hái bỏ trái bệnh đem chôn, tỉa cành thông thoáng, nếu phát hiện sớm dùng dao cạo bỏ phần vỏ bệnh sau đó bôi thuốc gốc đồng vào.