Chuyển dịch cơ cấu kinh tế là sự thay đổi cơ cấu kinh tế từ trạng thái này sang trạng thái khác cho phù hợp với môi trường phát triển. Chuyển dịch cơ cấu kinh tế có ý nghĩa đặc biệt đối với phát triển kinh tế xã hội, giúp cho nền kinh tế phát triển nhanh, vững chắc có khả năng hội nhập với khu vực và thế giới.
Trong xu thế đất nước đang chuyển mình hòa nhịp vào nền kinh tế quốc tế nền kinh tế nước ta đang chuyển mình đúng hướng. Phát triển NTTS là một trong những biện pháp nhằm chuyển dịch cơ cấu kinh tế nông nghiệp nông thôn. Bên cạnh đó phát triển NTTS cũng đã thu hút sự tham gia của nhiều thành phần kinh tế đặc biệt là sự tham gia của các hộ gia đình nông thôn thúc đẩy sự phát triển của nên kinh tế tư nhân. NTTS phát triển theo hướng bền vững kéo theo sự phát triển của ngành dịch vụ và công nghệp. Như vậy, sự phát triển NTTS đã góp phần đưa nền kinh tế Việt Nam tiến tới một cơ cấu bền vững và tiến bộ hơn. Việt Nam là một quốc gia có nền nông nghiệp phát triển đang trên đường tiến hành công nghiệp hóa hiện đại hóa đất nước, trong bản thân nền nông nghiệp hiện tại đã diễn ra sự chuyển dịch trong nội bộ ngành.
Trong nhiều năm qua việc xuất hiện nhiều công trình hồ thủy điện đã được xây dựng, khiến nước mặn nước mặn ngoài biển thâm nhập sâu vào cửa sông, ven biển. Đối với nền canh tác nông nghiệp lúa nước thì nước mặn là một thảm họa nhưng đối với NTTS nước mặn, nước lợ thì nước mặn được nhận thức là một tiềm năng mới, vì hoạt động nuôi trồng có thể cho hiệu quả canh tác gấp hàng chục lần hoạt động canh tác lúa nước. Một phần diện tích đất canh tác nông nghiệp kém hiệu quả đã được chuyển sang NTTS. Nguyên nhân của hiện tượng này là do giá thủy sản trên thị trường thế giới những năm gần đây tăng đột biến, trong khi các loại nông sản xuất khẩu khác của Việt Nam lại giảm sút dẫn đến nhu cầu chuyển đổi cơ cấu diện tích giữa NTTS và nông nghiệp càng trở nên cấp bách. Chính phủ đã đưa ra nghị quyết 09 NQ/CP ngày 15/06/2000 về chuyển đổi cơ cấu kinh tế trong nông nghiệp và tiêu thụ sản phẩm nông nghiệp và đó cũng là yếu tố giúp cho quá trình chuyển đổi diện tích NTTS diễn ra nhanh mạnh và rộng khắp hơn. Quá trình chuyển
đổi diện tích chủ yếu từ lúa kém hiệu quả sang NTTS hoặc kết hợp với NTTS, có thể nói NTTS đã phát triển với tốc độ nhanh thu được hiều quả kinh tế - xã hội đáng kể góp phần thay đổi cơ cấu kinh tế nông nghiệp.
Tại nhiều vùng nông thôn thì mô hình nuôi cá ruộng trũng phát triễn mạnh mẽ. Đây là hình thức nuôi cho năng suất và hiệu quả khá lớn, được đánh giá là một trong những hướng chuyển đổi cơ cấu trong nông nghiệp góp phần tăng thu nhập và xóa đói giảm nghèo vùng nông thôn.