Hội Nông dân Việt Nam được tổ chức và hoạt động theo nguyên tắc tập trung dân chủ. Cơ quan lãnh đạo của Hội và đại biểu dự Đại hội các cấp được bầu cử trực tiếp bằng phiếu kín.
Cơ quan lãnh đạo cao nhất của Hội Nông dân Việt Nam là Đại hội Đại biểu toàn quốc của Hội. Cơ quan lãnh đạo cao nhất của mỗi cấp là Đại hội cấp đó. Đại hội chỉ hợp lệ khi có mặt 2/3 tổng số hội viên (nếu là Đại hội toàn thể hội viên) hoặc 2/3 tổng số đại biểu được triệu tập (nếu là Đại hội đại biểu) dự họp.
Ban Chấp hành Hội Nông dân các cấp báo cáo và chịu trách nhiệm về hoạt động của mình trước Đại hội cùng cấp, trước Ban Chấp hành cấp trên; định kỳ thông báo tình hình hoạt động của mình đến các tổ chức Hội trực thuộc; thực hiện tự phê bình và phê bình, kiểm điểm, đánh giá sự lãnh đạo, chỉ đạo qua các kỳ hội nghị.
Tổ chức Hội và cán bộ, hội viên phải chấp hành Nghị quyết của Hội. Thiểu số phục tùng đa số, cấp dưới phục tùng cấp trên, cá nhân phục tùng tổ chức, các tổ chức trong hệ thống Hội phục tùng Đại hội Đại biểu toàn quốc và Ban Chấp hành Trung ương Hội.
viên được triệu tập trở lên. Nghị quyết của Ban Chấp hành, Ban Thường vụ chỉ có giá trị khi quá 1/2 tổng số ủy viên Ban Chấp hành, Ban Thường vụ được triệu tập biểu quyết đồng ý. Trước khi biểu quyết, mỗi thành viên được phát biểu ý kiến của mình. Cán bộ, hội viên có ý kiến thuộc về thiểu số được quyền bảo lưu và báo cáo lên Ban Chấp hành cấp trên cho đến Đại hội Đại biểu toàn quốc, song phải chấp hành nghiêm chỉnh Nghị quyết, không được truyền bá ý kiến trái với Nghị quyết của Hội. Tổ chức Hội có thẩm quyền nghiên cứu, xem xét ý kiến đó, không phân biệt đối xử với cán bộ, hội viên có ý kiến thuộc về thiểu số.
Tổ chức Hội quyết định các vấn đề thuộc phạm vi quyền hạn của mình, song không được trái với chủ trương, đường lối của Đảng, chính sách, pháp luật của Nhà nước và Điều lệ Hội, các Chỉ thị, Nghị quyết của Hội cấp trên.