hợp đồng kinh tế về nghiên cứu khoa học kỹ thuật, sản xuất, gia công, tiêu thụ sản phẩm, liên doanh liên kết và hợp tác với các tổ chức, các thành phần kinh tế trong và ngoài nƣớc.
Giai đoạn này Công ty đã mạnh dạn liên doanh, liên kết với các tổ chức nƣớc ngoài để huy động vốn, công nghệ tiên tiến để phát triển hoạt động nghiên cứu khoa học kỹ thuật và sản xuất kinh doanh của mình. Trong lĩnh vực hợp tác đầu tƣ, Công ty là doanh nghiệp đã xây dựng đƣợc một trong các khách sạn liên doanh đầu tiên tại Thành phố Hồ Chí Minh - Khách sạn Saigon Star (năm 1990).
Trên tinh thần của Nghị định 388-HĐBT, ngày 20/11/1991 của Hội đồng Bộ trƣởng về việc sắp xếp lại doanh nghiệp nhà nƣớc, Bộ trƣởng Bộ Quốc phòng ra Quyết định số 543/QĐ-BQP ngày 06/08/1993 thành lập lại doanh nghiệp nhà nƣớc độc lập trực thuộc Viện Kỹ thuật Quân sự 2 với tên gọi nhƣ khi mới đƣợc thành lập năm 1988 là Công ty Ứng dụng Kỹ thuật và Sản xuất (TECAPRO). Khi đó vốn của Công ty chỉ là 6 tỷ 521,5 triệu đồng. Trong giai đoạn này, Công ty đã phát triển mạnh mẽ trên các lĩnh vực khoa học kỹ thuật và công nghệ cao, đặc biệt là các ngành sau này trở thành mũi nhọn chính của Công ty là Công nghệ thông tin, Viễn thông và Bảo vệ môi trƣờng.
Từ tháng 03 năm 2000, Công ty trực thuộc Trung tâm Khoa học Kỹ thuật và Công nghệ quân sự/BQP, nay là Viện Khoa học - Công nghệ quân sự/Bộ Quốc phòng.
Ngày 30/04/2010, Bộ trƣởng Bộ Quốc phòng đã ra Quyết định số 1377/QĐ-BQP chuyển đổi Công ty Ứng dụng Kỹ thuật và Sản xuất thành Công ty TNHH MTV Ứng dụng Kỹ thuật và Sản xuất hoạt động theo hình thức Công ty mẹ - Công ty con.
Ngày 20/10/2011, Tổng Tham mƣu trƣởng QĐND Việt Nam đã ra Quyết định số 2270/QĐ-TM về việc ban hành biểu Tổ chức - biên chế Công ty TNHH MTV Ứng dụng Kỹ thuật và Sản xuất.