Nghiên cứu đặc điểm sinh học, khả năng sử dụng nitơ của một số chủng vi khuẩn tạo biofilm phân lập tại việt nam

ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN  _ _ Nguyễn Thị Giang NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC, KHẢ NĂNG SỬ DỤNG NITƠ CỦA MỘT SỐ CHỦNG VI KHUẨN TẠO BIOFILM PHÂN LẬP TẠI VIỆT NAM LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC Hà Nội - 2012 i ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI TRƢỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN  _ _ Nguyễn Thị Giang NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC, KHẢ NĂNG SỬ DỤNG NITƠ CỦA MỘT SỐ CHỦNG VI KHUẨN TẠO BIOFILM PHÂN LẬP TẠI VIỆT NAM Chuyên ngành Mãsố : : Sinh học thực nghiệm 60 42 30 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC NGƢỜI HƢỚNG DẪN KHOA HỌC: TS Nguyễn Quang Huy Hà Nội - 2012 ii MỤC LỤC MỞ ĐẦU CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN VỀ BIOFILM 1.1 Giới thiệu chung Biofilm 1.2 Các dạng tồn biofilm 1.2.1 Trong tự nhiên 1.2.2 Trong hệ thống thiết bị nhân tạo .4 1.2.3 Trong thể sinh vật 1.3 1.3.1 Thành phần cấu trúc biofilm Thành phần biofilm 1.3.1.1 Các hợp chất ngoại bào Bảng Vai trò thành phần EPS 1.3.1.2 Lông, roi, tiêm mao phân tử bám dính 1.3.2 1.4 Cấu trúc biofilm .8 Quá trình hình thành màng sinh vật 1.4.1 Các yếu tố ảnh hƣởng tới hình thành màng sinh vật 1.4.2 Các giai đoạn trình hình thành màng sinh vật 11 Vai trò màng sinh vật 16 1.5.1 Vai trị việc hình thành biofilm với vi sinh vật 16 1.5.1 Bảo vệ tế bào khỏi điều kiện bất lợi môi trƣờng 16 1.5.1.2 Tận dụng nguồn dinh dƣỡng môi trƣờng 17 1.5.1.3 Mối quan hệ hợp tác loài 17 1.5.1.4 Trao đổi vật chất di truyền 17 1.5.2 Ảnh hƣởng biofilm đến đời sống ngƣời 18 1.6 Vấn đề xử lý nước thải 19 1.6.1 Thực trạng ô nhiễm nguồn nƣớc 19 1.6.2 Ô nhiễm nguồn nƣớc nƣớc thải chăn nuôi 20 iv 1.6.3 Xử lý nƣớc thải chăn nuôi 21 1.6.3.1 Phƣơng pháp học 21 1.6.3.2 Phƣơng pháp hóa lý 21 1.6.3.3 Phƣơng pháp sinh học 22 1.7 Chu trình nitơ tự nhiên 23 1.7.1 Khái quát chu tr nh nitơ 23 1.7.2 Q trình nitrat hóa 24 1.7.3 Q trình phản nitrat hóa 25 CHƢƠNG 2: NGUYÊN LIỆU, PHƢƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 26 2.1 Nguyên liệu 26 2.2 a chất, thiết bị 27 2.2.1 Môi trƣờng nuôi cấy 27 2.2.2 Hóa chất 27 2.2.3 Máy móc thiết bị 28 2.3 Phương pháp nghiên cứu 28 2.3.1 Phƣơng pháp ph n lập vi khu n 28 2.3.2 Phƣơng pháp đánh giá khả h nh thành biofilm 29 2.3.3 Phƣơng pháp chụp ảnh tr n k nh hiển vi điện tử qu t 29 2.3.4 Phƣơng pháp đánh giá yếu tố ảnh hƣởng tới hình thành biofilm 30 2.3.4.1 Ảnh hƣởng nhiệt độ 30 2.3.4.2 Ảnh hƣởng pH 30 2.3.4.3 Phƣơng pháp nhuộm Gram 30 2.3.5 Phƣơng pháp đánh giá khả chuyển hóa hợp chất nitơ 30 2.3.5.1 Phƣơng pháp thử khả chuyển hóa amoni 31 2.3.5.2 Phƣơng pháp thử khả chuyển hóa nitrit 31 2.3.6 Phƣơng pháp ph n loại dựa phân tích gen 16S rRNA 33 2.3.7 Phƣơng pháp thống kê sinh học 34 v CHƢƠNG KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN 3.1 Kết phân lập chủng vi sinh vật có khả tạo biofilm 3.2 Đánh giá khả hình thành biofilm 3.2.1 Khả tạo biofilm tr n môi trƣờng Win 3.2.2 Khả tạo biofilm tr n mơi trƣờng Win 3.3 Đặc điểm hình dạng chủng vi khu 3.4 Khả phát triển tạo màng sinh vật 3.4.1.Khả phát triển tạo màng 3.4.2.Ảnh hiển vi màng chủng nghiên cứu 3.4.3.Khả tạo biofilm bề mặt 3.5 Các yếu tố ảnh hưởng đến khả tạo b 3.5.1 Ảnh hƣởng nhiệt độ 3.5.2 Ảnh hƣởng pH 3.6 Phân loại chủng vi khuẩn dựa ge 3.7 Khả chuyển h a nitơ 3.7.1 Khả chuyển hóa amoni 3.7.2 Khả chuyển hóa nitrit KẾT LUẬN TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC vi DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT Từ viết tắt BNNPTNT EPS LB OD PE PVC QCVN SEM UV vii DANH MỤC BẢNG Bảng Vai trò thành phần EPS Bảng Số lƣợng vi khu n phân lập đƣợc địa điểm nghiên cứu .36 vi DANH MỤC HÌNH Hình Màng sinh vật Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumonia Flavobacterium spp bề mặt thép không gỉ H nh Các giai đoạn hình thành màng biofilm 12 H nh Các giai đoạn tạo thành biofilm 15 Hình Hoạt động trao đổi chất bên biofilm 15 Hình Chu tr nh nitơ tự nhiên 24 Hình Các vị trí lấy mẫu 26 Hình Khả phát triển tạo màng sinh vật chủng vi khu n phân lập từ trại nuôi lợn xã T n Ƣớc tr n môi trƣờng Winogradski 37 Hình Khả phát triển tạo màng sinh vật chủng vi khu n phân lập từ hệ thống thoát nƣớc xã Dƣơng Nội tr n môi trƣờng Winogradski 38 Hình Khả phát triển tạo màng sinh vật chủng vi khu n phân lập từ trại nuôi vịt xã Trung Tú tr n môi trƣờng Winogradski 39 Hình 10 Khả phát triển tạo màng sinh vật chủng vi khu n phân lập từ trại nuôi lợn xã T n Ƣớc tr n môi trƣờng Winogradski 40 Hình 11 Khả phát triển tạo màng sinh vật chủng vi khu n phân lập từ hệ thống thoát nƣớc xã Dƣơng Nội tr n môi trƣờng Winogradski 40 Hình 12 Khả phát triển tạo màng sinh vật chủng vi khu n phân lập từ trại nuôi vịt xã Trung Tú môi trƣờng Winogradski 41 Hình 13: Hình dạng chủng vi khu n nghiên cứu 42 Hình 14 Khả tạo biofilm chủng nghiên cứu 43 Hình 15 Ảnh hiển vi màng chủng vi khu n 44 Hình 16 Khả tạo biofilm vật liệu nhựa 45 Hình 17 Ảnh hƣởng nhiệt độ đến khả tạo biofilm 46 Hình 18 Ảnh hƣởng pH đến khả tạo biofilm 48 Hình 19 Vị trí phân loại chủng T2.2 với lồi có quan hệ họ hàng gần 49 Hình 20 Vị trí phân loại chủng H2.2 với lồi có quan hệ họ hàng gần 50 Hình 21 Vị trí phân loại chủng T4.1 với lồi có quan hệ họ hàng gần 51 Hình 22 Khả chuyển hóa amoni chủng H2.2 T4.1 52 Hình 23 Khả chuyển hóa nitrit chủng LD2.2 T2.2 53 vii Luận văn Thạc sỹ Sinh học Nguyễn Thị Giang MỞ ĐẦU Nƣớc thải có hàm lƣợng nitơ cao mức cho phép đƣợc thải sông, hồ gây tƣợng phú dƣỡng làm nƣớc có màu, mùi khó chịu ảnh hƣởng đến môi trƣờng sinh thái nhƣ sức khoẻ cộng đồng Do vậy, việc phải loại bỏ nitơ đến mức tối thiểu từ nguồn nƣớc ô nhiễm trƣớc đƣa môi trƣờng cần thiết Trong số loại nƣớc thải ô nhiễm, nƣớc thải chăn nuôi loại nƣớc thải có hàm lƣợng nitơ cao, có khả g y nhiễm mơi trƣờng sinh sống phát triển nhiều nhóm sinh vật gây bệnh loại nƣớc thải ô nhiễm khó xử lý Có nhiều phƣơng pháp xử lý nitơ khác nhƣ áp dụng phƣơng pháp hoá học, vật lý nhƣng phƣơng pháp xử lý mang tính bền vững, thân thiện với mơi trƣờng phƣơng pháp sinh học với tham gia nhóm vi sinh vật tự nhiên Trong tự nhiên, hầu hết tế bào vi sinh vật thƣờng liên kết với tạo thành cộng đồng bám dính bề mặt giá thể thơng qua mạng lƣới hợp chất ngoại bào, hình thành cấu trúc màng sinh vật (biofilm) Biofilm giúp cho vi sinh vật tồn quan hệ hợp tác lồi khác hệ thống màng sinh vật, tận dụng đƣợc nhiều nguồn dinh dƣỡng Việc nghiên cứu khả phát triển tạo màng sinh vật chủng vi sinh vật phân giải nitơ nƣớc thải nói chung nƣớc thải chăn ni nói riêng hƣớng nhằm nâng cao hiệu xử lý ô nhiễm môi trƣờng nhƣ góp phần tìm hiểu đa dạng sinh học tự nhiên Xuất phát từ thực tiễn đó, chúng tơi tiến hành đề tài: “Nghiên cứu đặc điểm sinh học, khả sử dụng nitơ số chủng vi khuẩn tạo biofilm phân lập Việt Nam.” Luận văn Thạc sỹ Sinh học Nguyễn Thị Giang CHƢƠNG 1: TỔNG QUAN VỀ BIOFILM 1.1 Giới thiệu chung Biofilm Khái niệm màng sinh vật đƣợc hiểu tập hợp quần xã vi sinh vật bám dính phát triển bề mặt môi trƣờng khác thông qua mạng lƣới chất ngoại bào chúng tạo [32], [57] Màng sinh vật hình thành bề mặt môi trƣờng vô sinh hay hữu sinh tƣợng phổ biến xuất tự nhiên, đời sống hay nhiều ngành công nghiệp khác Các tế bào vi sinh vật màng sinh vật khác biệt với tế bào sống trôi tự việc tổng hợp chất ngoại bào giúp tế bào bám dính với bề mặt, giảm tỷ lệ tăng trƣởng, điều hòa tăng giảm gen đặc biệt Khả bám d nh vi sinh vật trình phức tạp đƣợc điều hịa đặc điểm khác mơi trƣờng nuôi cấy, chất ngoại bào bề mặt tế bào [56] Vi khu n bắt đầu trình tạo màng sinh vật để đáp ứng với tác động cụ thể từ môi trƣờng sống nhƣ nguồn chất dinh dƣỡng oxy Quá trình tạo thành màng sinh vật trải qua biến đổi động học việc chuyển từ đời sống tự sang dạng sống bám dính cấu trúc màng sinh vật, bao gồm việc sản xuất chất chuyển hóa thứ cấp gia tăng chất chống lại tác nhân vật lý, hóa học sinh học gây hại [82] Sự hình thành màng sinh vật đƣợc coi số chế tồn vi sinh vật, vi khu n tận dụng đƣợc nguồn dinh dƣỡng nhận đƣợc bảo vệ điều kiện bất lợi nhƣ khô hạn, xạ cực tím chất độc hại Mặt khác coi hệ thống màng sinh vật mạng lƣới nhiều gen, vật liệu di truyền dễ dàng đƣợc trao đổi qua lại tế bào vi sinh vật [65] Biofilm đƣợc hình thành tập hợp tế bào nhiều loài vi sinh vật khác nhƣ nấm, tảo, xạ khu n, vi khu n Trong biofilm tế bào tập hợp thành đơn vị cấu trúc vi khu n lạc Thành phần đóng vai trị quan trọng q trình hình thành biofilm đặc biệt giai đoạn đầu quy định đặc tính hình thành biofilm cho lồi vi sinh vật, đảm nhiệm chức tiết hợp chất ngoại bào nhƣ có chứa yếu tố phụ trợ tế bào nhƣ lông roi, lông nhung hỗ trợ cho việc bám dính tế bào khác lên bề mặt giá thể 57 Luận văn Thạc sỹ Sinh học Nguyễn Thị Giang 31 De Weger LA., Van Der Vlught CIM, Wijfjes AHM, Bakker PAHM., Schippers B and Lugtenberg B (1987), “Flagella of a plant growth stimulating Pseudomonas fluorescens strain are required for colonization of potato roots”, Journal of Bacteriology, 169, pp 2769-2773 32 Donlan RM, Pipes WO and Yohe TL (1994), “Biofilm formation on cast iron substrata in water distribution systems”, Water Research, 28, pp.1497– 1503 33 Donlan RM (2002), “Biofilms: Microbial life on surfaces”, Emerging Infectious Diseases, 8(9), pp 881-890 34 Donlan RM (2000), “Role of biofilms in antimicrobial resistance”, ASAIO Journal, 46, pp 47 – 52 35 Flemming HC (1993), “Biofilms and Environmental Protection”, Water Science & Technology, 27, pp 1-10 36 Flemming HC., Neu TR and Wozniak DJ (2007), “The EPS Matrix: The House of Biofilm Cells”, Journal of Bacteriology, 189(22), pp 7945-7947 37 Flemming H-C, Wingender JG and Mayer C (2000), “Physicochemical properties of biofilms Biofilms: recent advances in their study and control” In: Evans LV, editor Amsterdam: Harwood Academic Publishers, pp 19–34 38 Fletcher M (1988), “Attachment of Pseudomonas fluorescens to glass and influence of electrolytes on bacterium-substratum separation distance”, Journal of Bacteriology, 170, pp 2027–2030 39 Fletcher M (1988), “The applications of interference reflection microscopy to the study of bacterial adhesion to solid surfaces”, In: Houghton DR, Smith RN, Eggins HOW, editors Biodeterioration London: Elsevier Applied Science, pp 31–35 40 Fletcher M.and Loeb GI (1979), “Influence of substratum characteristics on the attachment of a marine pseudomonad to solid surfaces”, Application Environment Microbiol, 37, pp 67–72 41 Heydorn A., Nielsen AT., Hentzer M., Sternberg C., Givskov M., Ersbøll BK and Molin S (2000), “Quantification of biofilm structures by the novel 58 Luận văn Thạc sỹ Sinh học Nguyễn Thị Giang computer program COMSTAT”, Microbiology, 146, pp 2395-2407 42 K L Ho, A L (1997), “Optimization of L-(+)-lactic axit production by ring and disc plastic composite supports through repeated-batch biofilm fermentation”, Application Environment Microbiol, 63(7), pp 2533–2542 43 A Hostacka, I Ciznar, M Stefkovicova (2010), “Temperature and pH affect the production of bacterial biofilm”, Folia Microbiol, 55(1), pp 75-78 44 Hussain M., Wilcox M H and White PJ (1993), “The slime of coagulase - negative staphylococci: biochemistry and relation to adherence”, FEMS Microbiology Reviews, 104, pp 191-208 Imamura Y, Chandra J, Mukherjee PK (2008), "Fusarium and Candida albicans biofilms on soft contact lenses: model development, influence of lens type, and susceptibility to lens care solutions", Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 52 (1), pp 171–82 45 46 James GA, Beaudette L and Costerton JW (1995) “Interspecies bacterial interactions in biofilms”, Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology, 15, pp 257–262 47 Judith PA (2005), Understanding the Development and Formation of Biofilms, Department of Biochemistry, University of Oxford 48 Kalia VC, Jain SR and Kumar, (1994), “Fermentation of biowaste to H2 by Bacillus licheniformis”, World Journal of Microbiology and Biotechnology, 10, pp 224-227 49 Korber DR, Lawrence JR, Sutton B and Caldwell DE (1989), “Effect of laminar flow velocity on the kinetics of surface recolonization by Mot+ and Mot- Pseudomonas fluorescens”, Microbial Ecology, 18, pp.1– 19 50 Kokare CR., Khopade AN and Mahadik K (2009), “Biofilm : importance and applications”, Indian Journal of Biotechnology, 18, pp 159-168 51 Lazarova V and Manem, J (1995), "Biofilm characterization and activity analysis in water and wastewater treatment", Water Research, 29, pp 2227-2245 52 Leevy WM, Gammon ST and Jiang H (2006), "Optical imaging of bacterial infection in living mice using a fluorescent near-infrared molecular 59 Luận văn Thạc sỹ Sinh học Nguyễn Thị Giang probe", Journal of the American Chemical Society, 128, pp 16476–16477 53 Leriche V, Sibille P and Carpentier B (2000), “Use of an enzymelinked lectinsorbent assay to monitor the shift in polysaccharide composition in bacterial biofilms”, Application Environment Microbiol, 66, pp.1851–1856 54 Lewandowski, Z (2000), “Structure and function of biofilms” In: Evans LV, editor Biofilms: recent advances in their study and control Amsterdam: Harwood Academic Publishers, pp 1–17 55 Madigan M.J., and Parker (2003), Brock Biology of Microorganisms, New Jersey: Pearson Education, Inc 56 Marshall KC (1992),“Biofilms: an overview of bacterial adhesion, activity, and control at surfaces”, American Society for Microbiology News, 58(4), pp 202-207 57 Morikawa M., Kagihiro S., Haruki M., Takano K., Branda S., Kolter R.and Kanaya S (2006), “Biofilm formation by a Bacillus subtilis strain that produces γ -polyglutamate”, Microbiology, 152, pp 2801-2807 58 Morikawa M (2006), “Beneficial biofilm formation by industrial bacteria Bacillus subtilis and related species”, Journal of Bioscience and Bioengineering, 101(1), pp 1-8 59 Nguyen QH., Nguyen TPL.and Tran TH (2011), “Characterization of biofilm-forming bacteria isolated from soil in Vietnam”, VNU Journal of Science, Natural Sciences and Technology , 27(2S), pp 187-193 60 Nguyen QH and Tran TH (2011), “Isolate biofilm forming Bacillus strains from contamination site in trade villages in Vietnam”, VNU Journal of Science, Natural Sciences and Technology , 27(2S), pp 157-162 NIH (2002), “Research on microbial biofilms (PA-03-047)”, National Heart, Lung and Blood Institute, pp 12-20 61 62 O'toole GA, Gibbs KA, Hager PW, Phibbs PJ and Kolter R (2000), “The global carbon metabolism regulator crc is a component of a signal transduction pathway required for biofilm development by Pseudomonas aeruginosa”, Journal of Bacteriology, 182(2), pp 425-431 63 O’toole GA and Kolter R (1998), “Initiation of biofilm formation in 60 Luận văn Thạc sỹ Sinh học Nguyễn Thị Giang Pseudomonas fluorescens WCS365 proceeds via multiple, convergent signalling pathways: A genetic analysis”, Molecular Microbiology, 28, pp 449-461 64 O’Toole GA and Kolter R (1998), ” Flagellar and twitching motility are necessary for Pseudomonas aeruginosa biofilm development”, Molecular Microbiology, 30(2), pp 295–304 65 Pamp SJ, Sternberg C and Tolker-Nielsen T (2009), “Insight into the microbial multicellular lifestyle via flow-cell technology and confocal microscopy”, Cytometry A, 75(2), pp 90-103 66 Pratt LA, Kolter R (1998), “Genetic analysis of Escherichia coli biofilm formation: defining the roles of flagella, motility, chemotaxis and type I pili”, Molecular Microbiology, 30(2), pp 285–294 67 Reid, Pamela CD, Dupraz PT Visscher (2003), “Microbial processes forming marine stromatolites : microe-mineral interactions with a three-billion –year rock record”, In: W E Krumbein, D.M Paterson and G.A Zavarzin (eds.) Fossil and Recent Biofilms, A Natural History of Life on Earth Kluwer Academic Publishers, Dordreht, pp 103- 118 Rogers AH (2008), Molecular Oral Microbiology, Caister Academic Press, pp 65–108 68 69 Rosenberg M and Kjelleberg S (1986), “Hydrophobic interactions in bacterial adhesion”, Advanced Microbial Ecology, 9, pp 353–393 70 Sanger F., Z., Rosenberg E (2001), “DNA sequencing with chain terminating inhibitor”, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 74(12), pp 5403-5460 71 Schmoll T, Ott M, Oudega B and Hacker J (1990), “Use ofa wildtype gene fusion to determine the influence of environmental conditions on expression of the S fimbrial adhesin in Escherichia coli pathogen”, Journal of Bacteriology, 172(5), pp 5103-5111 Schwermer CU, Lavik G and Abed RM (2008), "Impact of nitrate on the structure and function of bacterial biofilm communities in pipelines used for injection of seawater into oil fields", Applied and Environmental 72 61 Luận văn Thạc sỹ Sinh học Nguyễn Thị Giang Microbiology,74 (9), pp 2841–2851 73 Steyn B (2005), Proteomic analysis of the biofilm and biofilm associated phenotypes of Pseudomonas aeruginosa cultured in batch, PhD dissertation, The Faculty of Natural and Agricultural Sciences, University of Pretoria, Pretoria 74 Sutherland IA (2001), “Biofilm exopolysaccharides-a strong and sticky framework”, Microbiology, 147, pp 3-9 75 Tolker-Nielsen T, Brinch UC, Ragas PC, Andersen JB, Jacobsen CS and Molin S (2000), “Development and dynamics of Pseudomonas sp biofilms”, Journal of Bacteriology, 182, pp 6482–6489 76 Tolker-Nielsen T and Molin S (2000), “Spatial organization of microbial biofilm communities”, Microbial Ecology, 40, pp 75–84 77 Watnick PI., Fulner KJ.and Kolter R (1999), “A role for the mannose-sensitive hemagglutinin in biofilm formation by Vibrio cholera El Tor”, Journal of Bacteriology, 181, pp 3606-3609 78 William CRV, Mark S and Mark P (2003), “The application of biofilm science to the study and control of chronic bacterial infections”, Jouranl of Clinial Investigation, 112, pp 1466–1477 79 Wingender J, Neu TR and Flemming HC (1999), In Microbial extracellular polymeric substances - Characterization, Structure and Function (Eds, Wingender, J., Neu, T R.and Flemming, H C.), Springer 80 YE Yang-fang, MIN Hang and DU YU-feng (2004), “Characterization of a strain of Sphingobacterium sp and its degradation to herbicide mefecnacet”, Journal of Enviromental Sciences, 16(2), pp 343347 Website tham khảo 81 http://www.biofilm.montana.edu 82 http://www.en.wikipedia.org 83 www.vigova.com 62 Luận văn Thạc sỹ Sinh học Nguyễn Thị Giang PHỤ LỤC Trình tự rADN 16S chủng H2.2 TCAGGATGAACGCTAGCGGCAGGCCTAATACATGCAAGTCGGACGGGATCCAT CGGAGAGCTTGCTCGAAGATGGTGAGAGTGGCGCACGGGTGCGTAACGCGTGAGCAA CCTACCTCTATCAGGGGGATAGCCTCTCGAAAGAGAGATTAACACCGCATAACATCAT CAGTTCGCATGTTCGGTTGATTAAATATTTATAGGATAGAGATGGGCTCGCGTGACATT AGCTAGTTGGTAGGGTAACGGCTTACCAAGGCGACGATGTCTAGGGGCTCTGAGAGG AGAATCCCCCACACTGGTACTGAGACACGGACCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTA AGGAATATTGGTCAATGGGCGGAAGCCTGAACCAGCCATGCCGCGTGCAGGATGACT GCCCTATGGGTTGTAAACTGCTTTTGTCCAGGAATAAACCTCAATACGTGTATTGAGCT GAATGTACTGGAAGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACG GAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGCCTATTA AGTCAGGGGTGAAATACGGTGGCTCAACCATCGCAGTGCCTTTGATACTGATGGGCTT GAATCCATTTGAAGTGGGCGGAATAAGACAAGTAGCGGTGAAATGCATAGATATGTCT TAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTCACTAAGCTGGTATTGACGCTGATGCACGAAAG CGTGGGGATCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCCTAAACGATGATAACT CGATGTTGGCGATAGACAGCCAGCGTCTTAGCGAAAGCGTTAAGTTATCCACCTGGGG AGTACGCCCGCAAGGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGG AGCATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTGAAAGTTAGTG AAGGATGCAGAGACGCATCCGTCCTTCGGGACACGAAACTAGGTGCTGCATGGCTGTC GTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATGTT TAGTTGCCAGCATGTAGTGGTGGGGACTCTAAACAGACTGCCTGTGCAAACAGAGAGG AAGGTGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGCTA CAATGGATGGTACAGCGGGCAGCTAGCCGGCAACGGCATGCTAATCTCTAAAAGCCAT TCACAGTTCGGATTGGGGTCTGCAACTCGACCCCATGAAGTTGGATTCGCTAGTAATC GCGTATCAGCAATGACGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAA GCCATGAAAGTTGGGGGTACCTAAAGCATGTGACCGCAAGGAGCGTGTCAGGGTAAA ACCGATAATTGGGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGA ATAACCTCCTTT Trình tự rADN 16S chủng T2.2 TCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGGACCGACG GGAGCTTGCTCCCTTAGGTCAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCT GTAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATGCTTGATTGAACCGC 63 Luận văn Thạc sỹ Sinh học Nguyễn Thị Giang ATGGTTCAATCATAAAAGGTGGCTTTTAGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCA TTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAG GGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGT AGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAA GGTTTTCGGATCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTACCGTTCGAATAGGGC GGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCG GTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGCG GTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTG GGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTA GAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGACGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAG GCGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAAC GATGAGTGCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGCAGCAAACGCATTAAG CACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCC CGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGT CTTGACATCCTCTGACAACCCTAGAGATAGGGCTTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAG GTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGA GCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGT GACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGG CTACACACGTGCTACAATGGGCAGAACAAAGGGCAGCGAAGCCGCGAGGCTAAGCCA ATCCCACAAATCTGTTCTCAGTTCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGCTG GAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTAC ACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACCTTTT GGAGCCAGCCGCCGAAGGT Trình tự rADN 16S chủng T4.1 AGATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGGGGTGATGGT GCTTGCACTATCACTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCTTAGGAATCTGCCTATTAG TGGGGGACAACATCTCGAAAGGGATGCTAATACCGCATACGTCCTACGGGAGAAAGC AGGGGATCACTTGTGACCTTGCGCTAATAGATGAGCCTAAGTCGGATTAGCTAGTTGG TGGGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACGATCTGTAGCGGGTCTGAGAGGATGATCCGCC ACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTG GACAATGGGGGGAACCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTATGGTT GTAAAGCACTTTAAGCGAGGAGGAGGCTCTTTTGGTTAATACCCAAGATGAGTGGACG TTACTCGCAGAATAAGCACCGGCTAACTCTGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACAGAGGG TGCAAGCGTTAATCGGATTTACTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGCGGCCAATTAAGTCA AATGTGAAATCCCCGAGCTTAACTTGGGAATTGCATTCGATACTGGTTGGCTAGAGTG TGGGAGAGGATGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGA ATACCGATGGCGAAGGCAGCCATCTGGCCTAACACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCAT GGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGATGTCTACTAGC CGTTGGGGCCTTTGAGGCTTTAGTGGCGCAGCTAACGCGATAAGTAGACCGCCTGGGG 64 Luận văn Thạc sỹ Sinh học Nguyễn Thị Giang AGTACGGTCGCAAGACTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGG AGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGCCTTGACATAGTAGA AACTTTCCAGAGATGGATTGGTGCCTTCGGGAATCTACATACAGGTGCTGCATGGCTG TCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTTTCC TTACTTGCCAGCATTTCGGATGGGAACTTTAAGGATACTGCCAGTGACAAACTGGAGG AAGGCGGGGACGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGGCCAGGGCTACACACGTGCTA CAATGGTCGGTACAAAGGGTTGCTACCTAGCGATAGGATGCTAATCTCAAAAAGCCGA TCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACTCCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATC GCGGATCAGAATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACA CCATGGGAGTTTGTTGCACCAGAAGTAGCTAGCCTAACTGCAAAGAGGGCGGTTACCA CGGTGGCCGAG 65 Luận văn Thạc sỹ Sinh học Nguyễn Thị Giang QCVN 01 - 79 : 2011/BNNPTNT – Quy chuẩn kỹ thuật Quốc gia Cơ sở chăn nuôi gia súc gia cầm – Quy trình kiểm tra đánh giá điều kiện vệ sinh thú y Bảng D1: Yêu cầu vệ sinh nƣớc thải chăn nuôi gia súc T Tên tiêu T 2 Nhiệt độ pH Nhu cầu oxy hóa học (COD5) Nhu cầu oxy sinh hóa (BOD5) Tổng chất rắn lơ lửng (TSS) Sulfua hòa tan Nitơ tổng số (TN) Photpho tổng số (TP) Amoni (theo NH3) Arsen 10 Thuỷ ngân 11 Chì 12 Cadimi 13 Coliform 66 ...  _ _ Nguyễn Thị Giang NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC, KHẢ NĂNG SỬ DỤNG NITƠ CỦA MỘT SỐ CHỦNG VI KHUẨN TẠO BIOFILM PHÂN LẬP TẠI VI? ??T NAM Chuyên ngành M? ?số : : Sinh học thực nghiệm 60 42 30... đa dạng sinh học tự nhiên Xuất phát từ thực tiễn đó, tiến hành đề tài: ? ?Nghiên cứu đặc điểm sinh học, khả sử dụng nitơ số chủng vi khuẩn tạo biofilm phân lập Vi? ??t Nam. ” Luận văn Thạc sỹ Sinh học... nhƣ vai trị chuyển hóa nitơ tự nhiên, tiến hành đề tài: ? ?Nghiên cứu đặc điểm sinh học, khả sử dụng nitơ số chủng vi khuẩn tạo biofilm phân lập Vi? ??t Nam? ?? 25 Luận văn Thạc sỹ Sinh học Nguyễn Thị Giang