a). Động vật thủy sinh
Về cấu trúc thành phần và số lượng của động thực vật thủy sinh ở vùng ngọt hóa đã hình thành một khu hệ động, thực vật phiêu sinh nước ngọt chiếm ưu thế cả về thành phần loài và số lượng, các loài gốc biển chỉ tồn tại và phát triển ở vùng cửa sông và các kênh rạch phía ngoài đê biển và đê sông. Về mùa khô các loài gốc cửa sông, cửa biển tăng lên rõ rệt. Các loài nước lợ như Acatia clausi, Acartiella sinensis chiếm ưu thế ở hầu hết các điểm. Riêng loài giáp xác chân chèo Thermocyclops hyalinus chỉ chiếm ưu thế ở một số điểm. Tuy nhiên trong vùng ngọt hóa thành phần và số lượng động thực vật phiêu sinh nước ngọt vẫn chiếm ưu thế.
Khu hệ động vật đáy gồm những loài gốc biển như các loài giun nhiều tơ, các loài giáp xác có thể thích ứng tồn tại, sinh sản và phát triển trong môi trường nước ngọt, chúng chiếm ưu thế cả về thành phần và số lượng. Các loài động vật đáy như ốc, hết có nguồn gốc nước ngọt chỉ mới hình thành ở một số điểm khu vực gần cửa sông với số lượng không nhiều. Hiện tượng ốc hến chết vào mùa khô và mùa mưa chứng tỏ quá trình ngọt hóa đã hình thành khu hệ nhuyễn thể nước ngọt, tuy nhiên các loài này rất nhạy cảm với sự thay đổi độ mặn của nước trong vùng, quá trình thích ứng với điều kiện sinh thái chưa ổn định làm cho chúng thường hay chết.
b). Thủy hải sản
Sóc Trăng có bờ biển chạy dài 76 km với 3 cửa sông chính là cửa Định An, cửa Trần Đề (sông Hậu) và cửa Mỹ Thanh (sông Mỹ Thanh) là nơi trú ngụ của nhiều loại thủy, hải sản nước lợ và nước mặn có giá trị kinh tế, qua điều tra xác định có 661 loài cá, 35 loài tôm trong đó có cả các loài tôm hùm, tôm rồng, 23 loài mực gồm các họ mực nang, mực ống và mực sim, ngoài ra còn có nhiều loài cua, ghẹ và nhuyễn thể khác. Khả năng khai thác hải sản gần bờ có thể được trên 20 nghìn tấn năm, ngoài ra còn có điều kiện, vươn ra khai thác xa bờ để tăng sản lượng và hiệu quả khai thác lên hơn nữa.
C
Tuy nhiên, trong những năm nguồn tài nguyên này đang bị suy giảm đáng kể. Do tình trạng khai thác quá mức bằng các phương tiện mang tính hủy diệt (đánh bắt nghêu bằng ghe cào) đã và đang làm suy giảm nguồn tài nguyên tại khu vực vùng biển và ven biển tỉnh Sóc Trăng. Các loài thủy hải sản khác như cá kèo, các ngác, cua... cũng đang bị khai thác cạn kiệt. Các loại đáy đóng ngang sông và cửa các lạch triều đang khai thác triệt để các loại thủy sản với kích thước mắt lưới nhỏ.
Ở một vài thời điểm, nước biển ven bờ thường xuất hiện váng dầu, nhưng với số lượng không đáng kể nên mức độ gây ảnh hưởng là không lớn. Năm 2007, cũng giống như một số tỉnh trong khu vực như Trà Vinh, Cà Mau, Bạc Liêu... Sóc Trăng cũng bị ảnh hưởng bởi sự cố tràn dầu (dầu thô từ ngoài biển khơi bị sóng đánh giạt vào bờ. Do số lượng dầu thô tràn vào bờ biển của tỉnh là khá lớn (thu gom được 8,5 tấn dầu thô) nên khả năng ảnh hưởng lớn đến môi trường sống các giống loài khu vực ven biển, ảnh hưởng xấu đến nguồn nước cấp phục vụ nuôi thủy sản, gây ô nhiễm nước tại khu vực vùng đệm và nội đồng.
c). Động vật hoang dã
Do quá trình khai thác bừa bãi, vượt quá khả năng tái tạo lại, hơn nữa nơi cư trú của các giống loài hoang dã ngày càng thu hẹp nên đã làm cho chúng ngày càng suy giảm cả về số lượng và chủng loại. Hiện nay các giống loài hoang dã chủ yếu tập trung nhiều ở những nơi có rừng như huyện Cù Lao Dung, rừng tràm tại các nông lâm trường, rừng phòng hộ ven biển, ven sông thuộc các huyện Long Phú, Vĩnh Châu, Mỹ Xuyên. Với hiện trạng động vật hoang dã ngày càng suy giảm, nhằm duy trì và phát triển tính đa dạng các giống loài, để bảo vệ cân bằng sinh thái có lợi cho con người, cần có những biện pháp hợp lý trong phát triển kinh tế - xã hội ở địa phương.
Trước đây, các giống loài động vật hoang dã trên địa bàn tỉnh khá phong phú gồm một số giống loài đặc trưng thường gặp như: các loài chim nước (bồ nông, còng cọc, cò, sếu, chích, le le, cúm cúm...), các loài thú (khỉ, chồn hương, chồn đèn, cầy, rái cá...), các loài bò sát (các loài rắn dưới nước và trên cạn, trăn, tắc kè...). Do khai thác bừa bãi, quá trình đô thị hóa và công nghiệp hóa nông nghiệp nông thôn nên nơi cư trú của các giống loài hoang dã ngày càng thu hẹp, làm cho chúng ngày càng suy giảm về số lượng lẫn số loài.
d). Đa dạng nông nghiệp
Trong các tiến bộ khoa học được áp dụng rộng rãi trong sản xuất nông nghiệp, tạo giống cây trồng có vị trí hàng đầu, nhiều giống cây trồng có năng suất cao được đưa vào sản xuất. Các giống cây trồng ngày càng mở rộng diện tích gieo trồng, loại bỏ dần các giống cây trồng truyền thống, vì lý do này mà nhiều nguồn giống quý hiếm bị mai một, trong số các loại cây lương thực chính, quỹ gen lúa là biến động nhiều nhất.
Các giống vật nuôi cũng bị giảm sút nhiều. Nhiều loài giảm số lượng đáng kể hoặc gần như mất hoàn toàn, nhiều giống bị pha tạp.
C