Một 1à, ý thức tuân thủ pháp luật về thuế của một số doanh nghiệp xuất nhập khẩu còn thấp.
Một số doanh nghiệp đã 1ợi dụng chính sách ân hạn thuế: trong thời gian được ân hạn thuế doanh nghiệp đã nhập ồ ạt nhiều lô hàng, có số thuế từ hàng trăm triệu đến vài tỷ đồng. Sau đó doanh nghiệp ngừng hoạt động, giải thể;... để trốn tránh nghĩa vụ nộp thuế. Một số doanh nghiệp khác lợi dụng việc cải cách thủ tục hành chính, tạo điều kiện thông thoáng cho hoạt động xuất nhập khẩu của doanh nghiệp đã cố tình thực hiện không đúng quy định, khai báo sai, gian 1ận thuế. Sau khi bị cơ quan hải quan kiểm tra, phát hiện tiến hành truy thu tiền thuế thì các doanh nghiệp này chây ì không nộp.
Hai là, nhiều khó khăn, trở ngại khi áp dụng các biện pháp cưỡng chế.
Trích số du tài khoản của doanh nghiệp tại Ngân hàng hoặc các tổ chức tín dụng để nộp thuế 1à một biện pháp cưỡng chế đối với doanh nghiệp. Thưc tế, biện pháp này gặp nhiều khó khăn trong quá trình thực thi. Một số ngân hàng và tổ chức tín dụng chưa hợp tác chặt chẽ với cơ quan Hải quan vì muốn bảo vệ khách hàng. Một số trường hợp ngân hàng chấp nhận hợp tác với cơ quan Hải quan thì tài khoản của doanh nghiêp không còn số dư. Do đo việc thu thuế từ biện pháp số dư tài khoản của doanh nghiệp tại Ngân hàng hoặc tổ chức tín dụng là không có hiệu quả.
Các biện pháp cưỡng chế như dừng làm thủ tuc hải quan, thu hồi giấy đăng ký chứng nhận kinh doanh, mã số thuế chỉ có hiệu quả đối với doanh nghiệp còn hoạt động. Đối với khoản nợ từ năm 1998 trở về trước, hiện nay phần 1ớn các doanh nghiệp không còn hoạt động không truy tìm được địa chỉ và người đại diện hợp pháp có liên quan để thu hồi nợ.
Điều 65 Luật quản 1ý thuế quy định cho phép xoá nợ tiền thuế, tiền phạt khi doanh nghiệp bị tuyên bố phá sản; cá nhân được pháp luật coi là đã chết, mất tích, mất năng lực hành vi dân sự. Thực tế, việc thực hiện xóa nợ mới xử 1ý được rất ít trong tổng số tiền nợ khó thu, vẫn còn rất nhiều trường hợp treo nợ măc dù không còn đối tượng để thu hồi nợ. Đối với những khoản nợ này, cơ quan Hải quan đã phối hợp với các cơ quan chức nang truy tìm đối tượng nhưng không truy tìm được, đã thực hiện các biện pháp đôn đốc thu hồi nợ đọng nhưng không thu được nợ thuế. Đây 1à vấn đề tồn đọng và trở thành gánh nặng của ngành Hải quan do các khoản nợ tồn đọng này khá lớn.
Ba là, văn bản chính sách pháp 1uật về thuế của Nhà nước còn chưa thống nhất, nhiều nội dung phức tạp, khó thực hiện và nhiều kẽ hở để doanh nghiệp lách luật.
Một số quy định của pháp 1uật thuế và quản lý thuế còn phức tạp, chưa tương thích với chuẩn mực quốc tế/khu vực và mục tiêu đơn giản hoá trong điều kiện hải quan hiện đại. Điều đó biểu hiện trên các goc độ sau đây:
-Về thời hạn nộp thuế: Việc áp dụng thời hạn nộp thuế trong thời gian qua đã có những tác dụng tích cực nhất định đến hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp. Tuy nhiên, với quá nhiều thời hạn nop thuế tùy thuộc vào muc đích NK và sử dụng hàng hóa (tiêu dùng hay sản xuất, sản xuất xuất khẩu, kinh doanh tạm nhập tái xuất hay tạm nhập tái xuất để thi công công trình, dự án sử dụng vốn ODA), cho thấy chính sách quá phức tạp, khó khăn cho thực hiện, có thể nảy sinh vi pham bao gồm cả hành vi không cố ý. Đồng thời với số nợ thuế lớn như hiện nay, trong đó có nhiều khoản nợ khó có khả năng thu hồi thì chi phí (máy móc, thiết bị, nguồn nhân lực) để quản lý, theo dõi nợ thuế, cưỡng chế thuế là rất lớn, cho thấy chính sách này thực sự 1à không hiệu quả.
- Chính sách thuế còn có nhiều nội dung phức tạp, chưa phù hợp với tính chất và đặc điểm cua hoạt động NK, hoặc quy định hàng hóa kinh doanh tạm nhập tái xuất thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng của Luật thuế GTGT cũng không hợp 1ý vì về bản chất vẫn là hoạt động kinh doanh, có lợi nhuận nên cũng cần phải quy định kê khai và nộp thuế GTGT như quy đinh đối với thuế NK và thuế TTĐB.
- Quy định về hồ sơ, thủ tục xét miễn thuế, hoàn thuế, không thu thuế và thanh khoản đối với hang hóa kinh doanh tạm nhập tái xuất, hàng đầu tư thông thoáng, thuận lợi cho doanh nghiệp nhưng cũng 1à kẽ hở để các doanh nghiệp cố tình vi phạm;
- Còn có những nội dung chưa thống nhất, đồng bộ giữa các văn bản trong hệ thống pháp 1uật về thuế
Bốn là, hệ thống cơ sở vật chất chưa đáp ứng yêu cầu nhiệm vụ và một số hệ thống thông tin về cơ sở dữ 1iệu còn nghèo nàn, cụ thể:
- Hệ thống cơ sở vật chất, trang thiết bị phục vụ hoạt động quản 1ý của cơ quan Hải quan còn thiếu và chưa đồng bộ. Đặc biệt là bến bãi, trụ sở làm việc còn chật hẹp. Các máy móc, trang thiết bị chuyên dụng như: máy soi container, máy soi hành lý, hệ thống giám sát bằng camera... chưa được trang bi do không có hạ tầng thích hợp để bố trí, lắp đặt.
- Bên cạnh các hệ thống đã và đang phát huy tốt như hệ thống thông tin quản lý rủi ro, hệ thống theo dõi kế toán thuế KT559, phần mềm... vẫn còn một số hệ thống cơ sở dữ 1iệu nghèo nàn, độ tin cậy chưa cao (như hệ thống thông tin quản lý giá tính thuế GTT01) hoặc có lĩnh vực chưa được trang bị hệ thống thông quản lý (như: quản lý phương tiện vận tải xuất nhập cảnh, quản 1ý công tác phúc tập hồ sơ, công tác theo dõi thanh khoản, hoàn thuế,...) dẫn đến hiệu quả sử dung thấp.