Quản lý vĩ mô của chính phủ và NHNN đối với NHTM vẫn còn những hạn chế. Sự cạnh tranh giữa NHTM cũng như việc chạy theo lợi ích trước mắt của một bộ phận ngân hàng đã có những ảnh hưởng tiêu cực đến tín dụng xuất khẩu cho DNNVV .
Hệ thống ngân hàng Việt Nam, với số lượng hơn 40 ngân hàng trong nước, 30 ngân hàng 100% nước ngoài và chi nhánh ngân hàng nước ngoài và khoảng 10 công ty cho thuê tài chính cùng thực hiện các hoạt động của một tổ chức tín dụng được cho là nhiều về số lượng nhưng không thực sự mạnh về chất lượng. Các ngân hàng nhỏ, thiếu thanh khoản thường đưa ra mức lãi suất cao hơn mặt bằng chung nhằm thu hút khách gửi tiền. Đây là nguyên nhân chính khiến thị trường đua lãi suất huy động tiền đồng kéo dài ngay cả khi NHNN áp dụng một loạt biện pháp thắt chặt tiền tệ.
Mặt khác, chính từ nhu cầu vay vốn “nóng” của một số NHTMCP mà hình thành nên hiện tượng các NHTM lớn “kiếm ăn” trên lưng ngân hàng nhỏ. Các NHTM lớn có lợi thế về danh tiếng, mạng lưới rộng khắp... nên dù lãi suất huy động của các NHTM này có thấp thì tổng lượng vốn họ huy động được vẫn khá nhiều. Có vốn, họ mua trái phiếu chính phủ - loại lương khô để khi muốn có thể mang đến NHNN “đổi” thành “tiền tươi thóc thật” và cho các NHTM nhỏ vay. Một phần vốn của hệ thống ngân hàng đã không chảy thẳng vào nền kinh tế mà đi lòng vòng giữa các ngân hàng. Đây là một nguyên nhân khiến cho lãi suất bị đẩy lên cao, doanh nghiệp khó tiếp cận vốn.
Một bất cập khác trong quản lý vĩ mô ngành ngân hàng là việc giám sát và điều tiết nguồn vốn ngân hàng. Có thể nói, nguồn vốn từ ngân hàng những năm qua, phân bổ không hợp lý, tập trung quá nhiều cho những ngành phát triển “nóng” như bất động sản, chứng khoán; trong khi những DNNVV có nhu cầu vay sản xuất, xuất khẩu lại không được ưu tiên vay vốn. Nếu so sánh lợi nhuận, cho vay sản xuất chỉ 17%/năm đã bị doanh nghiệp kêu, trong khi cho vay phi sản xuất, trong đó có bất động sản hiện tới 23-25%/năm, vừa không bị “kêu”, lãi nhiều hơn, lại được đảm bảo bằng chính nhứng tài sản đang tăng giá hàng ngày. Mặc dù tập trung vốn cho các ngành “nóng” mang lại lợi nhuận cao trong ngắn hạn cho ngân hàng, nhưng về dài hạn, nó lại gây ra méo mó cho nền kinh tế, đẩy giá tài sản lên cao bất thường, là cơ hội làm giàu cho những người đầu cơ, gây ra nguy cơ rủi ro tín dụng cho cả hệ thống ngân hàng. Cuộc khủng hoảng tài chính – tín dụng toàn cầu xảy ra từ cuối năm 2008, có nguyên nhân không nhỏ từ những khoản vay bất động sản “dưới
chuẩn” đã cho thấy hậu quả của việc dồn tín dụng cho những ngành phát triển nóng, có yếu tố đầu cơ. Giá tài sản giảm quá nhanh chóng, vượt quá cả dự đoán của các ngân hàng, yếu tố đảm bảo không còn, tài sản nhận thế chấp lại trở thành gánh nặng cho ngân hàng. Ở Việt Nam, hai lĩnh vực mà sự tăng trưởng nóng nhất có lực đỡ từ phía ngân hàng chính là bất động sản và chứng khóan.
- Về cơ chế chính sách còn một số mặt chưa đồng bộ, thiếu tính ổn định lâu dài và nhiều quy định không phù hợp thực tế, làm giảm hiệu quả của hoạt động tín dụng xuất khẩu:
Mặc dù chính sách tín dụng xuất khẩu mới ban hành đã thay đổi khá nhiều so với chính sách trước đây song những hạn chế về tính thiếu ổn định của danh mục mặt hàng, thiếu linh hoạt của lãi suất.... khiến cho doanh nghiệp không có sự chuẩn bị trước. Do việc cung ứng vốn của ngân hàng ảnh hưởng trực tiếp đến hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp nên doanh nghiệp luôn cố gắng tạo mối quan hệ lâu dài, mật thiết với một hoặc một số ngân hàng nhất định. Vì vậy, ngoài yếu tố chi phí vốn, dịch vụ, thủ tục... sự ổn định trong chính sách khách hàng là yếu tố được nhiều doanh nghiệp rất quan tâm.