- Hầu hết cán bộ, công chức, viên chức cơ quan chƣa có nhiều kiến thức về lĩnh vực logistics.
- Trình độ ngoại ngữ của phần lớn cán bộ, công chức, viên chức của cơ quan quản lý chƣa tốt. Nhất là trình độ tiếng Anh và một số ngoại ngữ quan trọng trong thƣơng mại quốc tế.
- Mới khoảng 03 % cán bộ công chức, viên chức đƣợc học cao cấp chính trị, 06% đƣợc học về trình độ trung cấp chính trị và quản lý Nhà nƣớc. Đây là con số quá khiêm tốn về trình độ trong bộ máy cơ quan quản lý Nhà nƣớc chuyên ngành hàng hải.
- Việc bố trí cán bộ, công chức và viên chức có nhiều điểm chƣa hợp lý: Các cán bộ, công chức, viên chức có trình độ cao, có khả năng chuyên môn, ngoại ngữ thƣờng đƣợc bố trí co cụm ở một vài phòng chức năng. Đối với bộ phận trực tuyến là bộ phận trực tiếp ngoài hiện trƣờng có trình độ kém hơn, khả năng giao tiếp ngoại ngữ không tốt, nên các thông tin quan trọng phản hồi từ các đối tƣợng và khách thể quản lý đều bị chặn lại từ xa, quyết định quản lý thiếu chính xác, khách quan và khoa học.
- Không giám công khai bảng lƣơng, bảng tiền thƣởng và một số bảng tính khoản chi cho cán bộ công chức làm cho một số cán bộ, công chức, viên chức và ngƣời lao động chƣa cảm nhận đƣợc không khí dân chủ, công khai, minh bạch về lƣơng thƣởng. Gây mất đoàn kết nội bộ.
- Một số cán bộ, công chức, viên chức chƣa có ý thức tự học tập, nâng cao năng lực chuyên môn nghiệp vụ của bản thân.
- Các tổ chức đoàn thể trong cơ quan chƣa tham gia sâu sát vào công tác quản lý nội bộ và công tác tổ chức cán bộ.