Người ta thường sử dụng 2 phương pháp để nghiên cứu đa dạng vi nấm tồn tại trên xác thực vật: phương pháp trực tiếp và phương pháp gián tiếp. Phương pháp gián tiếp là phương pháp chỉ quan sát và phân loại các chủng nấm hình thành trên môi trường nuôi cấy khi đặt các miếng lá mục đã rửa sạch lên môi trường nuôi cấy mà không phân lập từng khuẩn lạc riêng lẻ [37]. Phương pháp trực tiếp là phân lập nấm bằng các phương pháp khác nhau:
i) Kỹ thuật pha loãng các mảnh xác thực vật: Các mảnh xác thực vật được nghiền nhỏ và pha loãng bằng nước cất vô trùng ở các nồng độ khác nhau. Sau đó
được trải lên bề mặt đĩa thạch môi trường, quan sát sự hình thành khuẩn lạc và tinh sạch từng khuẩn lạc riêng rẽđể phân loại [178]. Phương pháp này vẫn có hạn chế là lẫn một số chủng nấm tồn tại trong hệ sinh thái đất.
ii) Kỹ thuật rửa bề mặt: Các mảnh xác thực vật sau khi được thu thập về
phòng thí nghiệm được rửa bằng nước cất vô trùng và một số chất tẩy rửa (Aerosol OT (di-iso-octyl sodium sulfosuccinate), cồn 70o,.... Sau đó để khô xác thực vật một cách tự nhiên, rồi đặt lên đĩa thạch môi trường, để ở nhiệt độ thích hợp, quan sát và phân lập nấm sau 5-10 ngày nuôi cấy [69].
iii) Kỹ thuật tách bào tửđơn độc: Dùng kim nhọn để tách bào tử riêng rẽ khi quan sát dưới kính hiển vi. Phương pháp này sẽ phân lập được những bào tử có kích thước lớn, hình dạng đặc biệt. Tuy nhiên đòi hỏi người phân lập phải có kỹ thuật tốt và đủ kinh nghiệm để thực hiện [82].
iv) Kỹ thuật dùng buồng ẩm để kích thích bào tử nảy mầm: Xác thực vật được cắt nhỏ, kích thước 5 x 1,5cm và để vào các đĩa Peptri có đựng nước và giấy vô trùng
đủ ẩm. Khuẩn lạc nấm sẽ được hình thành sau 5-10 ngày, tách riêng từng khuẩn lạc và phân loại chúng. Phương pháp này sẽ phân lập được nấm tồn tại trên xác thực vật, tuy nhiên người phân lập cũng cần phải có kinh nghiệm và kỹ thuật tốt.
1.5.4 Một số kết quả nghiên cứu đa dạng vi nấm tồn tại trên xác thực vật ở một số nước trên thế giới