Trong phân loại nấm sợi, do có sự lựa chọn khác nhau về vùng gen dùng trong phân loại mà việc phân tích mối tương quan giữa các loài được đánh giá ở các mức
độ khác nhau. ARNr 18S (small-subunit (SSU)- ARNr tiểu đơn vị nhỏ) là vùng đủ
lớn và chứa các vùng rất bảo thủ cũng như các vùng biến đổi. Việc xác định trình tự
rARN 18S được dùng để phân tích mối quan hệ gần gũi của các nhóm nấm có mối quan hệ họ hàng gần ở bậc phân loại cao từ cấp ngành đến cấp loài [33; 164;185].
ARNr 28S đoạn D1D2 có vùng biến đổi, chứa nhiều thông tin và cho phép phân loại từ mức độ các bậc phân loại cao đến bậc phân loại loài, vì vậy chỉ cần phân tích một đoạn ngắn vùng gen biến đổi (vùng D1D2- khoảng 600 bp) cũng đã có thể so sánh, đánh giá mối quan hệ họ hàng gần giữa các loài nghiên cứu[65]. Đoạn gen này được sử dụng rộng rãi trong phân loại đến mức độ chi, loài cho nấm men [100; 101], nấm Đảm [32] và nấm Túi [64; 112]. Trình tự gen vùng ITS là vùng có nhiều biến đổi hơn nên có thể dùng trình tự gen này để phân loại mức độ loài ở nấm men
[65] và hầu hết các nấm sợi phổ biến như Trichoderma [158], Penicillium [74],
Aspergillus [176],…
Tuy nhiên với sự phát triển của sinh học phân tử, ngày nay để phân loại đến loài đối với mỗi chi nấm người ta sử dụng những đoạn trình tự gen khác nhau. Chẳng hạn để phân loại đến loài chi Penicillium phải dùng tới 4 đoạn gen: Dưới đơn vị
cytochrome C có khả năng oxi hóa 1 (cox1), β-tubulin (benA), nhân tố kéo dài dịch mã 1-α (tef1-α), và calmodulin (cmd) [187]. Để phân loại các loài thuộc chi
Aspergillus, 5 đoạn gen:beta tubulin (BT2), calmodulin (CF), ITS và LUS ADNr
(ID) và RNA polymerase II (RPB2) đã được sử dụng [136]. Để phân loại đến loài chi thuộc nhóm Mucorales người ta phải dùng đến trình tự đa gen: 28S ADNr vùng D1/D2, ADNr vùng ITS, actin, và nhân tố kéo dài dịch mã (EF-1α).