Trong phân loại vi nấm, các nhà khoa học nấm vẫn lựa chọn phân loại dựa trên quan sát và phân tích hình thái, phương pháp này thường phải cần các chuyên gia có kinh nghiệm và chỉ phân loại được trên những tiêu bản nấm có đủ cấu trúc sinh sản. Tuy nhiên với tiến bộ của khoa học kỹ thuật ngày càng phát triển, phân loại nấm dựa trên phân tích trình tự ADN là một phương pháp có nhiều ưu việt, nó có thể cho phép một cán bộ trẻ chưa có nhiều kinh nghiệm về phân loại nấm cũng có thể phân loại chúng từ những vật liệu sống của nấm, thậm chí là từ tiêu bản khô. Vùng gen di truyền dùng để phân loại một chủng nấm bất kỳ, từ những mẫu bất kỳ, thậm chí là những mẫu đã bị phá hủy hay các mẫu ngoài môi trường được gọi là vùng ADN mã hóa trong phân loại nấm (ADN barcoding fungi). Thuật ngữ này được đưa ra bởi Hebert và cộng sự (2003), hiện nay có rất nhiều tài liệu nói về vấn đề này, chẳng hạn:
www.barcoding.si.edu,.... Việc dùng một ADN barcoding fungi lý tưởng có thể biểu hiện được mối liên kết về những thay đổi trong cùng một loài (intraspecific) hay giữa các loài chị em (sibling) [71]. Gen CO1- tiểu đơn vị 1 cytochrome C oxidase (the cytochrom C oxidase subunit 1) - vùng ty thểđã được biết đến là vùng ADNr mã hóa dùng trong phân loại nấm chuẩn cho mọi vi sinh vật, tuy nhiên nghiên cứu phân loại học của nấm, có rất ít dữ liệu về CO1 [126; 155]. Hiện nay, các nhà nấm học vẫn sử
dụng đoạn ITS, 28S để phân loại nấm đến loài, trong đó nhiều ý kiến cho rằng nên sử
dụng đoạn ITS là locus chuẩn dùng cho phân loại nấm. Không dừng lại ở đó, các nhà khoa học đang lỗ lực tìm ra những locus có nhiều thông tin hơn trong phân loại nấm. Và việc quan trọng hơn cả là cần phải công bố những kết quả về phân tích trình tự
các chủng nấm có trong các Bảo tàng Giống chuẩn trên thế giới [49]. Những hồ sơ dữ
liệu về trình tự của nấm cũng cần được phổ biến trong một trang web chung để người sử dụng có thể nhận được số liệu thô của mình, so sánh và diễn giải kết quả của mình có chất lượng. Dữ liệu trong ngân hàng genbank có thểđáp ứng được những nhu cầu
đó, vì vậy nó được gọi là "barcoding flag". Trang dữ liệu về ADN barcoding thông dụng nhất hiện nay là: barcoodinglife.org/views/login/phb; www.cbs.know.nl hay the
Trichoderma&Hypocrea database www.isth.infor [49].