Dựa vào các hệ sinh thái của nấm mà nấm được chia ra làm các nhóm:
- Nấm nội sinh (endophyte): Nấm sống trong mô thực vật mà không gây bệnh
cho thực vật, một số loài nấm sống và tạo khuẩn lạc bên ngoài mô thực vật gọi là nấm ngoại sinh (epiphyte) [138].
- Nấm gây bệnh thực vật: Nấm sống trên và trong mô thực vật và gây bệnh cho thực vật [110].
- Nấm tồn tại trong đất: thường chiếm phần lớn tỉ trọng sinh khối vi sinh vật trong đất, nhưng số lượng khuẩn lạc trên 1 đĩa phân lập bằng phương pháp pha loãng thấp hơn so với vi khuẩn. Đây là nhóm vi sinh vật phân hủy chính trong đất,
đặc biệt là trong hệ sinh thái rừng, nhiệm vụ chính là thủy phân các thành phần xenlulo, ki tin và lignin ở lớp đất trên cùng [49].
- Nấm sinh ra từđất và cộng sinh trong rễ: Nấm cộng sinh trong rễ là các loài nấm đất tấn công vào vùng rễ thực vật[49].
- Nấm nước: Nấm sống trong nước hoàn toàn hoặc cần có nước ở một số giai
đoạn của chu trình sống, chúng thường có bào tử hoặc giao tử có khả năng bơi lội. Một nhóm nấm sinh bào tử trần cũng được gọi là nấm hyphomycetes ưa nước, chúng cũng có thể được tìm thấy ở trên cạn, chứ không phải hoàn toàn sống dưới nước, chúng còn được gọi là nấm Ingoldian vì Ingol là tác giả đầu tiên phát hiện ra loại nấm này [82].
- Nấm tồn tại trên phân (coprophilous fungi): là đại diện cho tất cả các loài nấm tồn tại trên phân động vật [49].
- Nấm tồn tại trên một loài nấm khác: Nấm tồn tại trên nấm tồn tại trên một loài nấm khác như một vật kí sinh, cộng sinh hoặc hoại sinh. Phân lập các loài nấm này bằng quan sát dưới kính hiển vi soi mẫu nổi và dùng kim nhọn để phân lập [49].
- Nấm diệt côn trùng: Rất nhiều loài nấm kí sinh trên côn trùng và giết chết vật chủ [147].
- Nấm tồn tại trên xác thực vật.