Từ các bước phân loại 1 chủng nấm nhưđã trình bày ở trên, có một số trường hợp xảy ra:
i) Kết quả phân loại hình thái trùng với kết quả phân tích trình tự gen, khi đó có thể kết luận đến loài.
Chủng phân lập
Nuôi cấy trên môi trường dùng để phân loại
Quan sát các đặc điểm hình thái điển hình: - Đặc điểm quan sát bằng mắt thường. - Đặc điểm quan sát dưới kính hiển vi: Cuống sinh bào tử, tế bào sinh bào tử; bào tử,...
- Các phương thức hình thành bào tử
- Thời gian: 7-14 ngày hoặc 1-3 tháng (đối với loài phát triển chậm). - Nhiệt độ 25oC.
Tra cứu các khóa phân loại: - Ở mức độ chi - Ở mức độ loài - Thời gian: 3-5 ngày - Nhiệt độ 25oC. Thu sinh khối Tách chiết ADNr Blast search Phân tích trình tự ADNr PCR ADNr Phân tích cây chủng loại phát sinh Định tên đến loài Độ tương đồng lớn hơn 98% Độ tương đồng nhỏ hơn 98% Kết luận
ii) Kết quả phân loại hình thái không trùng với kết quả phân tích trình tự gen, khi đó kết quả phân loại dựa vào kết quả phân tích hình thái.
iii) Phân tích hình thái không có loài (chi) tương tự, thêm vào đó kết quả
phân tích trình tự gen ADNr có độ tương đồng nhỏ hơn 98%. Khi đó chủng nghiên cứu được nghi ngờ là một bậc phân loại mới, có thể ở mức độ lớp, bộ, họ, chi hoặc loài.
Một loài được khẳng định là mới nếu chúng có hình thái khác biệt với tất cả
các loài đã công bố trong chi. Cũng có thể khẳng định một loài là mới khi dựa vào trình tự ADNr đoạn 18S, 28S và vùng ITS của chủng nghiên cứu, chúng có độ tương
đồng thấp hơn 98% và vị trí trên cây phân loại nằm trên một nhánh khác biệt so với các loài gần gũi [49].
Một chủng nấm được khẳng định là chi nấm mới nếu chúng có hình thái và cách phát sinh bào tử khác biệt hoàn toàn so với các chi gần gũi. Chủng nghiên cứu
được khẳng định là chi mới dựa vào phân tích trình tự ADNr, đặc biệt là ADNr đoạn 18S [49].
Một số trường hợp chủng nghiên cứu còn được khẳng định là lớp mới mà chỉ
dựa vào quan sát hình thái: Hình thái vách tế bào sợi nấm, các cơ quan sinh bào tử, kiểu phát sinh bào tử của chủng nghiên cứu và phân tích trình tự ADNr đơn gen 18S [29] hoặc đa gen 18S, 28S, ITS, nhân tố kéo dài dịch mã 1a (EF1a) và RNA polymerase II dưới đơn vị 1 và 2 (RPB1, RPB2) [184].