Đõy là giai đoạn mà nền kinh tế của Việt Nam bắt đầu mở cửa, cỏc nhà tài trợ, cộng đồng quốc tế bắt đầu tập trung cho Việt Nam nhiều hơn. Y tế cũng là lĩnh vực đặc biệt được quan tõm. Đồng thời, Chớnh phủ cũng đó cú những quy định cụ thể hơn trong việc tiếp nhận ODA.
Trong nửa cuối của giai đoạn này (từ 1996 - 2000), ngoài việc hợp tỏc với cỏc đối tỏc truyền thống như: Thụy Điển, WHO, UNICEF, UNFPA, Bộ Y tế bắt
đầu hợp tỏc với nhiều đối tỏc hơn như: Ngõn hàng Thế giới (WB), Ngõn hàng phỏt triển chõu Á (ADB), cộng đồng chung chõu Âu (EC), Chớnh phủ cỏc nước Nhật Bản, Phỏp, Hà Lan, Đức, ểc, Hàn Quốc, Anh, Italia ... .
Một trong những lĩnh vực ưu tiờn của giai đoạn này là tập trung trong việc nõng cấp cỏc trang thiết bị bệnh viện, trong đú phải kể đến sự đúng gúp của cỏc Chớnh phủ Phỏp, Nhật Bản, ểc, ... .
Dự ỏn tỏi thiết bệnh viện Chợ Rẫy, viện trợ khụng hoàn lại của Chớnh phủ Nhật Bản được xõy dựng trong thời gian này. Đồng thời, phớa Nhật cũng hỗ trợ xõy dựng toà nhà ODA Nhật Bản tại bệnh viện Bạch Mai.
Bờn cạnh đú, cỏc Dự ỏn trong giai đoạn này cũng tập trung vào hỗ trợ kỹ thuật cho cỏc lĩnh vực chăm súc sức khỏe bà mẹ, trẻ em, y tế cơ sở, chăm súc sức khỏe ban đầu. ít cú cỏc dự ỏn liờn quan đến đầu tư xõy dựng cơ bản, trừ dự ỏn Hỗ trợ y tế quốc gia vay WB đang trong giai đoạn đầu.
Thời kỳ này, Bộ Y tế bắt đầu thực hiện cỏc chương trỡnh, dự ỏn cú tớnh chất hỗ trợ cỏc vấn đề liờn quan đến chiến lược phỏt triển của ngành như: dự ỏn Hỗ trợ y tế quốc gia (HTYTQG) vay vốn WB, chương trỡnh hợp tỏc Y tế Việt Nam - Thụy Điển, cỏc dự ỏn trong quỹ thường xuyờn của WHO, cỏc dự ỏn thuộc chương trỡnh hợp tỏc với UNICEF, UNFPA, một số cỏc dự ỏn song phương khỏc. Cho đến thời điểm năm 2000, hầu hết cỏc dự ỏn của Bộ Y tế là dự ỏn viện trợ khụng hoàn lại, cỏc dự ỏn vay tại thời điểm đú là: dự ỏn HTYTQG vay của WB, Sản xuất năm loại vắc xin vay của Hàn Quốc, Nõng cấp trang thiết bị 4 bệnh viện vay của Italia.
Vấn đề nhõn lực thực hiện dự ỏn tại thời gian này cũng là điểm hạn chế của Bộ Y tế, do trước đõy chỉ tiếp nhận cỏc khoản viện trợ nhỏ, lẻ, cụng việc xõy dựng dự ỏn khỏ đơn giản, nờn cũn thiếu cỏc cỏn bộ cú kinh nghiệm trong quản lý dự ỏn.