Xã hội nguyên thủy chưa hề biết đếm tổ chức tôn giáo. Lúc đầu thủ lĩnh dòng họ và các bộ lạc điều hành lễ nghi tôn giáo. Dần dần xuất hiện những người chuyên thực hiện việc thờ cúng: thầy mo, thầy lang v.v..Các nhóm tôn giáo hình thành các liên minh thần bí không trùng với với các cộng đồng dân tộc. Cùng với quá trình phân hoá xã hội, phân hoá lao động thì đẳng cấp tư thế được hình thành, và cùng với họ là tổ chức tôn giáo.
Những môn đệ của một tín ngưỡng xác định tập hợp thành cộng đồng tôn giáo. Rồi xuất hiện các tiểu nhóm tôn giáo tách biệt trong khuôn khổ của cộng đồng dựa trên hình thức khác nhau. Sự tồn tại và hoạt động của cộng đồng với tư cách một chỉnh thể thống nhất do tổ chức đảm bảo
Truyền thống và tập quán, quy luật giao hội hay quy chế giáo hội, các quy tắc toà thánh,v.v..là những thứ quy định cơ cấu của tổ chức tôn giáo. Các nguyên tắc tổ chức quy định những bộ phận cấu thành của tổ chức tôn giáo, địa vị và chức năng, các quy tắc phối hợp và phục tùng trong hoạt động của các cá nhân và các khâu tổ chức riêng biệt, các đầu mối hoạt động và tương ứng là các nhà hoạt động có nhiệm vụ bảo đảm sự thống nhất của tổ chức. Tuỳ thuộc vào điều kiện xuất hiện và tồn tại mà các tổ chức tôn giáo có hình thức quân chủ ( Cơ đốc
giáo, chính thống giáo), Nghị viện có quốc vương (thanh giáo), dân chủ cộng hoà ( canvanh, đạo Báp ) và các hình thức khác.
1.Thời nguyên thủy.
Ở thời kỳ này, khoa học kỹ thuật chưa có, bao trùm và ngự trị lên đời sống xã hội là tôn giáo. Cuộc sống tôn giáo là cái có sẵn và cố định giống như lề thói thường ngày.
Vì thế, ở thời nguyên thủy, tổ chức tôn giáo là một cấu trúc xã hội biệt lập và không tồn tại. Nhà thờ và xã hội là một, những vai trò tôn giáo có chiều hướng hòa lẫn với các vai trò khác. Giữa lứa tuổi, giới tính, họ hàng có sự khác nhau khá quan trọng về vai trò của cá nhân. Trong hầu hết những xã hội nguyên thủy, tuổi tác là một tiêu chí quan trọng cho vị trí lãnh đạo trong cuộc sống nghi lễ. Phụ nữ không hề bị loại trừ ra khỏi cuộc sống tôn giáo như các nhà dân tộc học vị nam quan niệm, mà cuộc sống của họ ở một mức độ nào đó tách biệt và tập trung vào những khủng hoảng của cuộc sống nữ giới. Lễ nghi thường được truyền lại trong một nửa hay cả thị tộc, nhưng thường các thần thoại được quan tâm hơn cả và nó thường có mối liên hệ với tổ tiên.
2. Thời tiến sử.
Tổ chức tôn giáo Tiền sử nhìn chung trong thời kỳ này vẫn hợp nhất vớicác cấu trúc xã hội khác, nhưng sự gia tăng các nhóm khác biệt dưới khía cạnh chức năng và thức bậc đã dẫn đến sự gia tăng về hành vi cúng tế của các tổ chức tôn giáo. Vì mọi nhóm trong xã hội tiền sử đều có khuynh hướng sở hữa những hành vi và nội dung cúng tế riêng cho mình. Sự xuất hiện của một hệ thống hai đẳng cấp cùng với sự gia tăng dân cư (do hoạt đông nông nghiệp tạo ra) có diện mạo tôn giáo của nó. Nhóm có địa vị cao hơn, tức nhóm có xu hướng độc quyền về quyền lực chính trị và quân sự thường khẳng định một địa vị tôn giáo cao hơn. Những gia đình danh giá tự hào về dòng dõi thần thánh của họ và sở hữu những chức năng giáo sỹ đặc biệt. Vua – thần, người trung gian chính của trong thần dân của ông ta và các thần linh là trường hợp điển hình và là phổ biến trong các xã hôi tiền sử. Giới giáo sỹ gắn liền với các trung tâm cúng tế có thể tách hẳn ra nhưng họ thường xuyên giữ một vị trí thấp hơn so với các giới chính trị - những người mà ở giai đoạn này họ chưa hoàn toàn loại bỏ cương vị lãnh đạo tôn giáo của mình.
Hạn chế cơ bản nhất của tôn giáo tiền sử là việc không phát triển các tập thể tôn giáo tách biệt bao gồm cả thành viên và giáo sỹ. Những trung tâm cúng tế cung cấp phương tiện thuận lợi cho việc hiến sinh và thờ cúng cho mọi người chủ yếu mang tính chất tạm thời. Các nhóm, tự bản thân họ không được không được tổ chức như một tập thể mặc dù chính giới giáo sỹ có thể được tổ chức tương đối chặt chẽ. Sự xuất hiện của sự cúng tế thần bí và nhóm hội tôn giáo liên quan đến sự tổ chức lại biểu tượng tôn giáo và thống nhất hành động - cái biểu thị một sự chuyển hóa tới một loại hình chính kế tiếp của tổ chức tôn giáo.
3.Thời Tôn giáo lịch sử.
Đặc tính căn bản của tổ chức tôn giáo thời kỳ này là sự liên quan đến sự xuất hiện những tập thể tôn giáo tách biệt. Tôn giáo đơn nhất của các tôn giáo tiền sử, có xu hướng phân thành ít nhất hai hệ thống thứ bậc tương đối độc lập, môt là chính trị và một là tôn giáo. Với sự xuất hiện của tầng lớp lãnh đạo tôn giáo song song với tầng lớp lãnh đạo chính trị, vấn đề hợp pháp hóa quyền lực chính trị bước vào một giai đoạn mới. sự hợp pháp hóa giờ đây nằm trên sự cân bằng tinh tế của các quyền lực giữa lãnh đạo tôn giáo và chính trị. Nhưng sự tách biệt rõ ràng giữa tôn giáo và chính trị thể hiện rõ nhất ở cấp độ lãnh đạo, và dường như nó cũng thâm nhập vào trong dân chúng, do đó vai trò của tín đồ và thần dân trở nên khác biệt. Ảnh hưởng của sự tách biệt này là đã tạo ra sự căng thẳng và khả năng dẫn đến xung đột. Chính điều này tác động và làm thay đổi quang cảnh xã hội. Trong các tổ chức tôn giáo hầu hết đều có sự đối đầu giữa tầng lớp lãnh đạo và tầng lớp chính trị: sự đối đầu giữa Giáo sỹ và Nhà vua, giữa nhà hiền triết và tiểu vương các nước Hồi giáo, giữa giáo hoàng đạo Kito và hoàng đế…. thì cũng đều thể hiện sự “yếu thê” của giới chức chính trị.
Tôn giáo cũng như các tổ chức của nó đóng vai trò cung cấp hệ tư tưởng và sự cố kết xã hội. Cụ thể trong thời kỳ này, nó đóng vai trò to lớn cho nhiều cuộc nổi dậy và các phong trào cải cách trong các nền văn minh lịch sử.
4. Thời cận đại.
Nếu như trong các thời kỳ trước, hình ảnh về trật tự vũ trụ (người, thần linh, các sự vật hiện tượng) đều được sắp xếp theo một trật tự cao thấp thì đến thời kỳ này đánh dấu sự sụp đổ của cả thế giới trần tục lẫn thế giới siêu nhiên. Các tổ chức tôn giáo cũng có sự thay đổi này. Quyền lực của giáo hoàng bị loại bỏ. Về mặt tư tưởng, những người được Chúa trọn lên thiên đường thay vì trước kia là một nhóm lãnh tụ tôn giáo có phầm chất thì ở thời kỳ này, những người được Chúa trọn thực ra là một nhóm tiên phong trong việc hoàn thành kế hoạch thần thánh.
Cả nhà thờ và Nhà nước đều đánh mất một số ý nghĩa được cụ thể hóa mà chúng có ở thời Trung cổ. Cả nhà thờ và Nhà nước đều có những phạm vi quyền lực vô hạn, nhưng với sự thể chế hóa hoàn toàn về thông luật thì cả hai đều không có quyền thống trị lẫn nhau hay thống trị toàn bộ xã hội. Tuy nhiên, nhà thờ hoạt động trong một thời gian dài như là một dạng tổ chức nắm giữ văn hóa và đạo lý, nhiều sự phát triển trong triết học, văn học và phúc lợi xã hội có điểm xuất phát từ mục sư hay các nhóm nhà thờ.
5. Thời hiện đại.
Khoa học ngày càng phát triển kéo theo sự sụp đổ của giáo lý chính thống trong các tôn giáo, của hệ thống chuẩn mực đạo đức từng được tôn giáo ủng hộ. Thế nhưng, những đau khổ trong mỗi cá nhân buộc người ta lại tìm đến tôn giáo. Những nhóm tôn giáo cụ thể điều chỉnh thời
gian linh thiêng thực hành thờ cúng và cầu nguyện cho phù hợp với điều kiện hiện tại. Hiệp hội tôn giáo tự nguyện ở phương Tây đạt được sự hợp pháp hóa hoàn chỉnh lần đầu tiên trong hoàn cảnh thời cận đại, nhưng đặc biệt ở những giai đoạn sớm thì tính kỷ luật và sự quản lý trong nhóm này rất căng thẳng. Bước vào thời kỳ hiện đại, các tổ chức tôn giáo được hình thành theo mô hình hội viên cởi mở và linh hoạt hơn. Mỗi cá nhân khi tham gia vào tổ chức vạch ra những giải pháp căn bản cho riêng mình, nhà thờ chỉ cung cấp cho mỗi người một môi trường thuận lợi cho sự hoạt động tôn giáo mà không áp đặt lên mỗi tín đồ những câu trả lời có sẵn. Mỗi tín đồ luôn luôn chủ động, tích cực với tư cách là một người sùng đạo đồng thời cũng là một thành viên của xã hội.