Chức năng quản lý ngân quỹ, quản lý nợ luôn gắn liền với chức năng quản lý quỹ NSNN và các quỹ tài chính nhà nước. Thông qua việc hình thành gắn kết quản lý nợ và ngân quỹ sẽ giúp cho việc tổng hợp các luồng thông tin về chấp hành ngân sách; giao dịch về đầu tư ngân quỹ; giao dịch nợ (phát hành nợ; trả nợ gốc; mua lại nợ; chi trả lãi); giao dịch mua bán các tài sản tài chính được tập trung, thống nhất. Qua đó, giúp cho việc dự báo sự biến động của các luồng tiền vào, ra được chính xác; đồng thời, tạo thuận lợi cho việc ra các quyết định vay nợ (xác định vay trong nước hay vay ngoài nước; loại tiền tệ sẽ vay; kỳ hạn vay; công cụ tiến hành vay nợ,…) hoặc đầu tư ngân quỹ (danh mục đầu tư; kỳ hạn đầu tư, loại tiền đầu tư,…).
Tuy nhiên, việc vay nợ của NSNN từ trước tới nay thường chỉ quan tâm đến việc bù đắp thiếu hụt ngân sách mà chưa quan tâm đến việc liên kết với quản lý ngân quỹ. Do vậy, tại nhiều thời điểm tồn ngân quỹ lớn, song ngân
sách vẫn phải đi vay thông qua phát hành trái phiếu và phải trả các khoản lãi trái phiếu dài hạn cho đến ngày đáo hạn. Điều này làm cho chi phí vay nợ cao, thị trường trái phiếu Chính phủ kém phát triển và hiệu quả vay nợ thấp. Vì vậy, cần phải định ra mục tiêu của quản lý nợ là đảm bảo các nhu cầu tài chính của NSNN và đáp ứng các nghĩa vụ thanh toán với chi phí thấp nhất trong trung và dài hạn với mức rủi ro cho phép. Với mục tiêu quản lý nợ như trên sẽ gắn quản lý nợ với khuôn khổ tài khoá trung hạn cũng như kế hoạch ngân sách hàng năm. Trên cơ sở đó, cơ quan quản lý ngân quỹ xây dựng mục tiêu quản lý nợ, kế hoạch huy động và hoạt động tái cơ cấu quản lý nợ.
Để thực hiện mục tiêu trên, cần phải đẩy mạnh cải cách công tác phát hành trái phiếu Chính phủ theo hướng chuẩn hoá để giao dịch trên thị trường, xây dựng và thúc đẩy thị trường trái phiếu Chính phủ làm tăng tính thanh khoản của trái phiếu; các trái phiếu chính phủ có thể mua lại được. Qua đó, cho phép KBNN sử dụng ngân quỹ một cách linh hoạt để mua hoặc bán lại trái phiếu Chính phủ đã phát hành với các mục đích:
(1) Giảm dư nợ trái phiếu Chính phủ thông qua việc dùng ngân quỹ để mua lại trái phiếu Chính phủ đã phát hành, từ đó làm giảm chi phí trả lãi tiền vay.
(2) Cơ cấu lại nợ thông qua việc sử dụng ngân quỹ để mua lại trái phiếu Chính phủ đã phát hành và phát hành đợt mới với ngày đáo hạn mới. Việc cơ cấu lại nợ một mặt giúp giảm chi phí trả lãi; mặt khác, phân tán gánh nặng trả nợ gốc, lãi trái phiếu Chính phủ vào cùng một thời điểm cụ thể.
(3) Thúc đẩy thị trường trái phiếu hoạt động và hình thành lãi suất chuẩn trái phiếu Chính phủ trên thị trường.
Theo kinh nghiệm của các nước đã tiến hành cải cách quản lý ngân quỹ, thì thông qua việc cơ cấu và mua lại nợ, hàng năm NSNN sẽ giảm được khoảng từ 8 - 10% chi phí trả lãi vay nợ (nếu Việt nam giảm được 5% chi phí lãi vay trái phiếu thì với số dư nợ đến năm 2010, mỗi năm tiết kiệm được
khoảng 800 - 1.000 tỷ đồng).