Suy giảm chất lượng nước và gia tăng ô nhiễm nước ở khu vực hạ lưu đã nêu trong mục 2.2.1. Có 2 nguyên nhân chính gây ra tình trạng trên đó là:
1) Do gia tăng các nguồn xả thải và chất ô nhiễm chảy vào sông
Điều này đã thấy rõ khi phân tích các nguồn gây ô nhiễm nước khu vực hạ lưu sông Trà Khúc trong mục 2.2.1.1 do áp lực của đô thị hóa và phát triển KTXH khu vực hạ lưu. Việc chưa quản lý kiểm soát các nguồn gây ô nhiễm và thực hiện tốt biện pháp xử lý nước thải đã làm suy giảm chất lượng nước và gia tăng ô nhiễm nước ở khu vực hạ lưu nhất là đoạn sông chảy qua TP Quảng Ngãi trong thời gian vừa qua. Hiện nay tỉnh Quảng Ngãi đã gia tăng quản lý kiểm soát ô nhiễm, bước đầu đã thu được kết quả
nhất định.
2) Do suy thoái cạn kiệt nguồn nước sông trong thời gian mùa kiệt các năm gần đây
Suy thoái cạn kiệt nguồn nước sẽ làm gia tăng ô nhiễm nước do nước sông bị
suy giảm khả năng pha loãng và khả năng tự làm sạch của nước. Khu vực hạ lưu Trà Khúc trong những năm gần đây bị suy thoái cạn kiệt nguồn nước nghiêm trọng trong thời gian mùa kiệt nên tạo điều kiện để ô nhiễm nước xảy ra và ngày càng gia tăng.
2.4.2.2 Suy thoái thủy sinh vật và nguồn lợi thủy sản
Suy thoái thủy sinh vật và nguồn lợi thủy sản khu vực hạ lưu sông Trà khúc là hậu quả của: (i) suy thoái và cạn kiệt nguồn nước, (ii) gia tăng ô nhiễm nước, và (iii) còn do ảnh hưởng của việc vận hành đập Thạch Nham, (iv) ảnh hưởng của khai thác cát sỏi trong lòng sông, và (v) khai thác quá mức nguồn lợi thủy sản / khai thác bằng các hình thức hủy diệt .
a) Suy thoái và cạn kiệt nguồn nước làm suy giảm điều kiện môi trường sống của cá và thủy sinh vật khiến chúng cũng bị suy thoái
- Không đảm bảo nguồn nước cho phát triển bình thường của cá và thủy sinh vật ( đi lại, nguồn dinh dưỡng, tìm kiếm thức ăn...)
- Làm thu hẹp, mất đi một diện tích nơi cư trú và tìm kiếm thức ăn rất đáng kể
của cá và thủy sinh vật trên các bãi ven sông (bãi đẻ trứng, nơi sinh trưởng, phát triển) vào mùa kiệt làm giảm sinh khối thuỷ sinh, giảm kích thước quần thể, đặc biệt các quần thể có giá trị kinh tế và khai thác như cá bống.
b) Ô nhiễm nước làm suy giảm, nếu ở mức cao sẽ làm chết cá và thủy sinh vật, hệ sinh thái nước sẽ bị suy thoái và tàn lụi. Hiện tượng cá chết hàng loạt xảy ra ở khúc sông hạ lưu từ cầu Trường Xuân tại xã Tịnh Hà tới các xã Tịnh Long, Tịnh
Khê, Tịnh An huyện Sơn Tịnh, mặt nước tại những nơi đó thấy rõ có một lớp váng màu vàng, có mùi chua và hôi.
c) Ảnh hưởng của đập Thạch Nham
Không kểđến việc khai thác quá mức nguồn nước đến tự nhiên làm cạn kiệt nguồn nước ở khu vực hạ lưu của đập, việc xây đập và hoạt động của đập Thạch Nham có những ảnh hưởng tiêu cực đến đời sống của cá và thủy sinh vật như sau:
- Ngăn cản, làm mất đường đi của cá nhất là trong những ngày nước không qua ngưỡng tràn, ảnh hưởng đến các loài cá có tập tục di cư theo mùa như cá chình hoa trên sông Trà Khúc.
- Tác động xấu đến nơi cư trú của cá: vào thời kỳ nước lớn, nước chảy tràn qua đập. Khi đó, đập trở thành một kiểu thác, ghềnh nhân tạo. Nước xáo trộn mạnh đã vận chuyển đi các vật liệu trầm tích nhỏ như bùn, cát, sỏi, mảnh vụn, cũng như động, thực vật thuỷ sinh, hình thành trong mùa kiệt ở vùng đáy đá làm xóa sổ nơi cư trú tự nhiên của cá và thủy sinh vật ngay sau đập. Lòng sông ngay sau đập trở nên bị cứng, mất ý nghĩa là nơi cư trú của quần xã động, thực vật thuỷ sinh, đặc biệt các nhóm sinh vật đáy.
- Đập làm thay đổi chếđộ thủy văn sẽ làm thay đổi các kiểu nơi cư trú như vực sông-suối, bãi cát chắn trên sông, đồng bằng ngập lụt ven sông, lòng sông. Quá trình biến đổi nơi cư trú diễn ra trong một thời gian dài sẽ làm thay đổi cấu trúc thành phần loài thuỷ sinh. Thảm thực vật bãi ven sông cũng bị thay đổi, như gia tăng số lượng bụi mai dương mọc ở các bãi ven sông, doi cát giữa sông, theo số liệu điều tra của 4 lần thực địa, ước tính tổng cộng khoảng hơn 10ha trên tổng số 90,2 ha các thảm cây bụi tươi hoặc thậm chí chuyển sang một kiểu hệ sinh thái khác nhưđất trống, qua đó tác động đến đời sống của cá và thủy sinh vật.
- Đập gây bất lợi tới chu trình sống của cá và thủy sinh vật: Nhịp sống tự nhiên của cá và thuỷ sinh vật (như thời kỳ sinh sản, sinh trưởng, kiếm mồi..) sẽ bị tác động rất nhiều do không hòa nhịp được với chế độ dòng chảy của sông đã bị biến đổi do vận hành lấy nước của đập. Tất cả những điều đó cũng làm yếu đi nhịp sống và sự phát triển của quần xã sinh vật, làm suy giảm năng suất sinh học của HST thủy vực.
d) Khai thác quá mức nguồn lợi thủy sản / khai thác bằng các hình thức hủy diệt : Tại hạ lưu sông Trà Khúc, việc khai thác cá và các nguồn lợi thuỷ sản hiện nay còn tương đối tùy tiện không có sự kiểm soát chặt chẽ, dẫn tới cá bống và các loài thủy sản khác đang bị suy kiệt, hậu quả của nhiều ảnh hưởng tiêu cực nhưđã nêu ở trên. Việc khai thác bằng các công cụ có tính hủy diệt như xung điện là phổ biến và diễn ra hàng ngày không thấy có sự kiểm soát của các cơ quan chức năng của tỉnh. Điều đó làm cho cá và thủy sinh vật càng cạn kiệt và khó có khả năng hồi phục
e) Ảnh hưởng của khai thác cát sỏi trong lòng sông
Vào mùa kiệt, có thể thấy hầu hết các khúc sông ở hạ lưu sau đập Thạch Nham tới TP. Quảng Ngãi, tình trạng khai thác cát, sỏi diễn ra hàng ngày với mức độ ngày càng lớn, năm sau cao hơn năm trước để thỏa mãn nhu cầu xây dựng. Việc khai thác cát, sỏi lòng sông, một mặt làm biến dạng hình thái lòng sông - biến đổi nơi cư trú tự nhiên, mặt khác gây đục nước sông, làm mất đi lớp bùn trên bề mặt đáy, là thức ăn của nhiều loài thủy sinh vật, qua đó ảnh hưởng đến thủy sinh vật và hệ sinh thái thủy sinh.