1) Khai thác sử dụng quản lý và bảo vệ tài nguyên nước
Qua mấy chục năm phát triển, đến nay trên LVS Trà Khúc đã có được hệ thống công trình KTSD nước với quy mô rất lớn bao gồm 250 công trình thủy lợi lớn nhỏ, trong đó có HTTL Thạch Nham là hệ thống công trình thủy lợi lớn nhất, cung cấp lượng nước tưới ổn định cho toàn bộ hạ lưu sông Trà Khúc và chuyển sang cho vùng Nam sông Vệ, cho khu công nghiệp Dung Quất đóng góp rất lớn cho phát triển KTXH của tỉnh Quảng Ngãi.
Quản lý tài nguyên nước LVS Trà Khúc hiện vẫn theo phương thức truyền thống chủ yếu là quản lý riêng rẽ theo từng ngành dùng nước. Trên LVS chưa xây dựng
được cơ chế và chính sách cho sử dụng nước tổng hợp. Để PTBV tài nguyên nước thì phải tạo cơ sởđể thực hiện vấn đề này trong các giai đoạn tới.
Quản lý lưu vực sông
Trên LVS Trà Khúc hiện chưa có quy hoạch LVS được phê duyệt để thực hiện, và cũng chưa thành lập được ban quản lý LVS để quản lý các hoạt động phát triển và bảo vệ lưu vực. Kết quả thu được về quản lý LVS hiện còn rất hạn chế. Việc quản lý bảo vệ mặt đệm ở thượng nguồn trong đó có quản lý bảo vệ rừng đầu nguồn, quản lý kiểm soát các hoạt động khai thác khoáng sản trái phép có những thời gian chưa chặt
chẽ nên đã làm cho suy thoái điều kiện mặt đệm của lưu vực, ảnh hưởng đến biến đổi chếđộ thủy văn của sông ở khu vực hạ lưu.
2) Các nghiên cứu về tài nguyên nước và phát triển tài nguyên nươc
- Về nghiên cứu các đặc tiểu khí hậu thủy văn hệ thống sông suối có đề tài “Nghiên cứu đặc điểm khí hậu, đặc điểm thủy văn của tỉnh Quảng Ngãi ” [18], và đề tài “Tổng hợp, bổ sung cơ sở dữ liệu khí hậu-thủy văn tỉnh Quảng ngãi đến năm 2010” [19] của Đài KTTV Trung Trung Bộ đã cung cấp các thông tin dữ liệu rất đầy đủ chếđộ khí hậu, thủy văn làm cơ sở cho đánh giá TNN lưu vực sông.
- Về nghiên cứu đánh giá nguồn nước và cân bằng nước phục vụ cho KTSD tài nguyên nước của LVS Trà Khúc đã có những đề tài như: “Nghiên cứu đánh giá cân bằng nước LVS Trà Khúc cho Phát triển KTXH tỉnh Quảng Ngãi” [46], luận văn cao học “Cân bằng nước và PTBV tài nguyên nước LVS Trà Khúc tỉnh Quảng Ngãi” [52]. Các phương án KTSD hợp lý nguồn nước cho các nhu cầu tưới, sinh hoạt và công nghiệp của LVS đã được đề xuất từ kết quả tính toán cân bằng nước của các nghiên cứu trên. Tuy nhiên, trong các nghiên cứu đó chủ yếu xem xét nhu cầu sử dụng nước của các ngành dùng nước, chủ yếu là tưới trên LVS, đều chưa đề cập đến vấn đềđảm bảo nhu cầu nước cho HST và môi trường ở khu vực hạ du.
- Nghiên cứu nhu cầu nước cho HST và môi trường hạ lưu có đề tài “Nghiên cứu cơ sở khoa học và phương pháp tính toán ngưỡng khai thác sử dụng nước và DCMT lưu vực sông Ba và sông Trà Khúc” [25], kết quả của đề tài này đã tạo cơ sở khoa học ban đầu cho khai thác sử dụng hợp lý và duy trì DCMT ở khu vực hạ lưu.
- Để phòng chống các rủi ro thiệt hạ do nước gây ra như sạt lở bờ, bồi lấp bùn cát trong lòng sông và khu vực cửa sông, có nhiều đề tài và dự án nghiên cứu đã được thực hiện như là dự án “Nghiên cứu diễn biến dòng sông Trà Khúc và lập các dự án xây dựng công trình bảo vệ bờ ở hạ lưu sông Trà Khúc; các dự án xây dựng công trình chỉnh trị chống sạt lở bờ sông Trà Khúc tại thị trấn Sơn Tịnh, tại xã Tịnh Long, đề tài cấp Nhà nước “Nghiên cứu đề xuất các giải pháp ổn định các cửa sông Miền Trung ”
- Để bảo vệ môi trường nước và HST thủy sinh cũng có các đề tài, dự án nghiên cứu của Trường ĐHTL như dự án “ Điều tra khảo sát chất lượng nước các sông Miền Trung và đề xuất giải pháp khắc phục” [21], đề tài “nghiên cứu đề xuất
giải pháp tổng hợp khôi phục và bảo vệ HST thủy sinh hạ lưu sông Trà khúc” [26],
đề tài “ Nghiên cứu một số cơ sở khoa học bảo vệ môi trường nước và HST thủy sinh hạ lưu sông Trà Khúc” [27]. Ngoài ra cũng có các đề tài nghiên cứu xây dựng cơ sở dữ liệu về TNN để quản lý dữ liệu như “Điều tra, thu thập tài liệu, xây dựng cơ sở dữ liệu các nguồn nước mặt và nước dưới đất phục vụ quản lí khai thác sử dụng hợp lí TNN trên địa bàn tỉnh Quảng Ngãi” của tình Quảng Ngãi (2009-2010) do Liên đoàn Quy hoạch và Điều tra TNN miền Trung thực hiện.
Ngoài ra còn một sốđề tài dự án đi sâu về quy hoạch, thiết kế các công trình KTSD nước lớn trên LVS như hồ Nước Trong, công trình thủy điện Đăk Drinh đã làm rõ một số biện pháp công trình KTSD nước sẽ được xây dựng trên LVS trong giai đoạn tới có tham gia bổ sung nguồn nước cho đập Thạch Nham và cải thiện môi trường khu vực hạ lưu.