Bên cạnh loại hình cốt truyện mang màu sắc huyền thoại, giả cổ tích, rất nhiều truyện trong tác phẩm Nguyễn Huy Thiệp còn sử dụng kiểu cốt truyện "ảo cốt truyện". Nghĩa là, trong số những cốt truyện mang màu sắc huyền thoại sẽ còn xuất hiện rất nhiều lớp cốt truyện ảo tồn tại song song, nhiều khi hiện lên trong toàn bộ tuyến tính tác phẩm như những lát cắt không rõ ràng nhưng lại trở thành những điểm nhấn khiến độc giả phải suy ngẫm. Đôi khi chính thủ pháp này lại làm mờ hóa
cốt truyện chính mà nhà văn đang hướng đến. Kiểu cốt truyện này không thiên về thủ pháp "ngoại biên" như truyện cổ tích mà thường chú tâm vào thế giới nội tâm phong phú của nhân vật, nghĩa là thủ pháp "nội hiện" đặc biệt được đề cao. Với kiểu cốt truyện này, nhân vật được miêu tả với một quá trình tâm lí, tích cách phức tạp, có thể sống với những hồi ức về quá khứ và mơ về tương lai trong khi không hiểu thực tại đang sống vì điều gì. Điển hình cho kiểu cốt truyện này là kiểu nhân vật kiếm tìm mà truyện ngắn Con gái thủy thần là tiêu biểu.
Đến với tác phẩm Con gái thủy thần, ta thấy cấu trúc cốt truyện không đơn
thuần được hình thành từ những tác động bởi thế lực siêu nhiên bên ngoài mà hơn hết là do chính tâm tư, suy nghĩ nhân vật tạo ra. Hầu hết những sự kiện, biến cố dẫn đến hành động của nhân vật đều xuất phát từ sự bất an và muốn khám phá ra một bí mật nào đó của cuộc sống. Có những sự kiện đặc biệt xuất hiện trong tác phẩm như những lát cắt làm nhân vật thật khó phân biệt thực ảo. Để rồi nhân vật nghi hoặc về cuộc sống đang tồn tại của mình. Con gái thủy thần là một tổng thể bao gồm ba truyện kể liên tiếp được thống nhất với nhau theo một nhân vật chung, tên Chương. Mỗi đơn vị truyện kể bao gồm một hệ thống các biến cố trong đó biến cố lớn nhất, thời điểm đánh dấu xung đột gay gắt nhất trong truyện và làm thay đổi cuộc đời nhân vật là sự kiện Chương gặp những cô gái có tên Phượng – trùng tên với Mẹ Cả, huyền thoại mà anh đang tìm kiếm bấy lâu. Trong tác phẩm, ba lần Chương gặp cô gái tên Phượng là ba lần trong đời anh ta có những thay đổi và dịch chuyển lớn lao. Tuy nhiên những cuộc gặp gỡ mà Chương miệt mài đi tìm kiếm đó chỉ khiến cho anh ta trở nên lạc lõng, lố bịch và đau đớn vì nhân vật huyền thoại không giống như những gì anh mong đợi. Dù là cô Phượng gặp ở lớp kế toán hay cô Phượng con ông trùm xứ đạo – những người có tình cảm với Chương thì thực ra "cũng chỉ là một mảnh của nàng, con gái thủy thần" [102; 86], còn nhân vật huyền thoại mãi mãi là con số bí ẩn đối với Chương. Phải chăng sự không thỏa mãn về bóng hình nhân vật lí tưởng này một phần do chính tâm tư, suy nghĩ của Chương chi phối?
Trong truyện ngắn Con gái thủy thần, nhân vật Chương suốt đời đi tìm một
ai, con gái thủy thần… Nàng ở đâu, con gái thủy thần… ?". Câu hỏi ấy đã khuấy động, dẫn dắt và ảnh hưởng đến cả cuộc đời Chương. Trong truyện tác giả đã xây dựng hình ảnh Mẹ Cả như là một huyền thoại, một cổ mẫu trong dân gian để nhân vật Chương suốt cuộc đời đi tìm kiếm, khám phá và giải mã. Mẹ Cả là con của giao long, được sinh ra trong một đêm mưa gió dưới gốc muỗm bên sông… Việc Chương đi tìm Mẹ Cả chính là muốn đi giải thiêng triệt về những huyền thoại đã mất. Với Chương, hành trình tìm đến với biển và Mẹ Cả thực chất là hành trình chạy trốn khỏi kiếp sống mòn mỏi, vô vọng, tẻ nhạt, tầm thường của cuộc sống thực đã và đang đè nặng lên bao thế hệ những người dân miền quê hiền lành, lam lũ... Không chấp nhận được thực tế cuộc sống, nên Chương quyết định cuộc hành trình tìm kiếm, khám phá để thỏa mãn những khúc mắc trong tâm thức của mình. Kết thúc truyện, nhân vật Chương vẫn trên hành trình không ngừng nghỉ đi về phía biển với một câu hỏi đầy day dứt: "Con gái thủy thần! Nàng ở đâu? Nàng ở chỗ nào? Vì cái gì? Bởi lẽ gì? Để tôi mượn màu son phấn ra đi" [102 ; 96]. Có thể nói hành trình Chương đi tìm Mẹ Cả thực chất là hành trình của nhân vật đi tìm cái bản nguyên đích thực của cuộc đời mình, đi tìm cái cao cả, tuyệt đích cần hướng đến của cuộc đời mình. Có nghĩa là yếu tố "nội biên" đang được truy vấn mạnh mẽ.
Vốn được nuôi dưỡng và tái sinh từ nguồn mạch dân gian, sàng lọc và tiếp thu từ khối truyện kì ảo khổng lồ thế giới nên truyện ngắn Nguyễn Huy Thiệp không đơn thuần chỉ là những câu chuyện li kì, kì ảo. Ở đó, tất cả yếu tố ảo xuất hiện trên tác phẩm phẩm đã được nhà văn xử lí tinh xảo. Và cũng không phải chỉ một trong hai truyện ngắn của Nguyễn Huy Thiệp mang màu sắc huyền thoại, giả cổ tích, ảo cốt truyện mà bên cạnh đó còn có hàng loạt những tác phẩm mang sắc thái này. Một loạt những truyện ngắn có thể kể đến như: Kiếm sắc, Vàng lửa, Phẩm tiết; Nguyễn Thị Lộ, Chút thoáng Xuân Hương… cũng đậm chất kì ảo huyền thoại. Dù là truyện mang màu sắc huyền thoại, kì ảo, hay những truyện miêu tả hiện thực “trần trụi”, “tàn nhẫn”, người ta vẫn nhận thấy niềm tin, cũng như khát vọng đi tìm cái Thiện, cái Đẹp, niềm tin mang tính nguyên sơ, hồn hậu của dân gian: “ở hiền gặp lành”, “gieo gió gặt bão”… như những “hòn than đỏ ủ nóng”
trong truyện ngắn Nguyễn Huy Thiệp. Đó mới thấy được sáng tác của Nguyễn Huy Thiệp là ngòi bút đòi đấu tranh cho công lý, đấu tranh đòi sự công bằng cho xã hội vốn dĩ "rậm rạp và bụi bặm".
Như vậy, với loại truyện "ảo cốt truyện" nhiều khi những sự kiện bên ngoài tác động vào nhân vật dường như chỉ là cái cớ để nhân vật truy tìm chính mình, chứ không hẳn là làm thay đổi cuộc đời nhân vật. Sẽ có một sai số bé nhỏ nếu ta chỉ đề cập đến những tác động ngoại biên mà không chú trọng đến thế giới nội tâm phong phú làm ảnh hưởng đến cuộc đời nhân vật. Chính thế giới nội tâm này đã chi phối tính muôn mặt đời thường của con người hiện đại để khái quát lên những vấn đề có ý nghĩa thân thiết với cuộc sống thường ngày của họ. Đặc điểm này có chút tương đồng với kiểu truyện "giả cổ tích", nhưng vẫn có điểm khác biệt bởi những đặc tính riêng biệt của nó như hiện lên trên các mặt tâm lý nhân vật (hồi ức, kí ức), trữ tình ngoại đề (triết lí, miêu tả cảnh vật), hoặc cho nhân vật hành động khác với truyện cổ nhưng vẫn mang màu sắc huyền thoại để phản ánh những vấn đề của thời đại. Đó chính là đặc tính của cốt truyện "ảo cốt truyện" trong sáng tác của Nguyễn Huy Thiệp.