Khu di tích Hương Sơn có một hệ thống tài nguyên thiên nhiên rất phong phú, đa dạng song việc phân cấp quản lý cũng như sự phối kết hợp quản lý giữa các ngành, các cấp chưa đồng bộ và hiệu quả cũng như do lượng khách đổ về chùa Hương mùa lễ hội quá lớn dẫn đến tình trạng quá tải, ảnh hưởng không nhỏ đến tài
Rất sạch 0 0% Tương đối sạch 8 8% Bắt đầu ô nhiễm 1 4 15% Ô nhiễm 5154% Bẩn và nhiều rác 2223%
nguyên thiên nhiên, môi trường không khí, nước, các công trình đền chùa, hang động ở đây. Lượng khí thải CO2 từ các động cơ, xe cộ, từ các bếp than, củi của các nhà hàng, kiot đang làm ô nhiễm chùa Hương. Bên cạnh đó việc khai thác du lịch triệt để cũng đang là nguyên nhân phá hủy khung cảnh Hương Sơn. Nhận thức được vấn đề này, Ban quản lý chùa Hương đã có nhiều cuộc họp với các cấp ban ngành cũng như chính quyền huyện Mỹ Đức để tìm ra phương án giải quyết. Các điểm ách tắc giao thông được giảm thiểu, sử dụng các hướng dẫn viên du lịch tình nguyện hướng dẫn khách. Suối Yến trước mỗi mùa lễ hội đều được nạo vét sạch sẽ, trong mùa lễ hội cũng liên tục có các công nhân môi trường đi thu dọn rác trên suối. Mặt khác, Ban quản lý cũng tích cực vận động người dân và khách du lịch có ý thức giữ gìn, bảo vệ khu di tích, không vứt rác bừa bãi, tuyên truyền giáo dục khách chỉ thắp hương theo đoàn hoặc chỉ thắp một nén hương vừa giúp bảo vệ kiến trúc đền chùa hang động vừa giúp không khí nơi thờ cúng thông thoáng, sạch đẹp.
Thời gian qua, Ban quản lý đã ký hợp đồng với Công ty TNHH Yến Hương, giao trách nhiệm quản lý vệ sinh tại Hương Sơn. Các thùng rác được đặt ở nhiều nơi để du khách dễ dàng nhìn thấy, bỏ rác đúng nơi quy định. Ngoài ra UBND xã còn phát động nhân dân cũng tham gia, thực hiện. Do đó khung cảnh môi trường Hương Sơn phần nào được cải thiện, bảo vệ.
Đối với các công trình kiến trúc như đền, chùa các tượng, bia, .... đều được trùng tu hàng năm. Nguồn kinh phí được lấy từ tiền công đức của khách thập phương.
Mặc dù đã có nhiều tiến triển đáng mừng nhưng Ban quản lý vẫn cần quan tâm hơn nữa đến cơ sở vật chất của các di tích, đền chùa, hang động của khu di tích, cần kết hợp với các nhà nghiên cứu trong công tác bảo tồn, trùng tu, xây dựng các công trình kiến trúc để không phá hỏng khung cảnh của cả khu di tích cũng như làm biến dạng các di tích lịch sử.