Kết quả điều tra cho thấy: 1/10 phiếu (tức là 10%) đánh giá nghiệp vụ làm thủ tục hải quan NK được thực hiện tốt, 6/10 phiếu (tức là 60%) đánh giá là đạt yêu cầu, 3/10 phiếu (tức là 30%) đánh giá là vẫn còn thiếu sót; số điểm trung bình là 3.2. Nhìn chung công tác làm thủ tục hải quan của công ty đã đạt yêu cầu nhưng vẫn còn nhiều thiếu sót. 100% số phiếu điều tra cho rằng: thủ tục hải quan là do công ty tự thực hiện chứ không thuê đại lý hải quan. Công việc này do nhân viên chuyên phụ trách làm thủ tục hải quan thuộc phòng XNK đảm nhiệm. Công ty áp dụng hình thức khai hải quan điện tử và 100% đánh giá thủ tục hải quan ở Việt Nam là khá phức tạp và họ cho rằng việc sử dụng hải quan điện tử là rất hữu ích. Khi phỏng vấn các nhân viên vì sao họ lại đánh giá thủ tục hải quan là khá phức tạp thì họ đều trả lời là: Do có quá nhiều giấy tờ phải chuẩn bị khi tiến hành thủ tục hải quan. Khâu chuẩn bị giấy tờ là vô cùng quan trọng. Nếu nhân viên không chuẩn bị giấy tờ đầy đủ, xảy ra tình trạng thiếu giấy tờ khi làm thủ tục, nhân viên mất rất nhiều thời gian để chạy đi chạy lại bổ sung giấy tờ, chưa kể đến thời gian chờ đợi để nộp hồ sơ hải quan. Công ty thường làm thủ tục hải quan tại cảng Hải Phòng (nếu nhập khẩu theo điều kiện CIF), tại cửa khẩu Lạng Sơn, Lào Cai (nếu nhập khẩu theo điều kiện DAF). Công ty tiến hành làm thủ tục hải quan theo đúng quy định gồm các bước:
* Khai báo hải quan: 100% số phiếu điều tra cho rằng khâu khai báo hải quan là khâu quan trọng nhất trong quy trình làm thủ tục hải quan. Nhân viên phụ trách làm thủ tục hải quan chuẩn bị hồ sơ hải quan và tiến hành khai báo hải quan. Hồ sơ hải quan bao gồm: tờ khai hải quan (2 bản chính), hợp đồng thương mại (1 bản sao), hóa đơn thương mại (1 bản chính), vận tải đơn (1 bản chính), bảng kê chi tiết (1 bản chính), giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa C/O (1 bản chính)… Khi tiến hành khai báo hải quan, công ty phải tự khai báo về hàng hóa, tự xác định mã số hàng hóa, thuế
suất, tự tính thuế và phụ thu phải nộp. Khâu này rất quan trọng nếu công ty khai không chính xác hay nhầm lẫn sẽ phải tiến hành làm lại rất mất thời gian.
* Xuất trình hàng hóa: Sau khi kiểm tra bộ hồ sơ, nếu hợp lệ thì cán bộ hải quan sẽ tiến hành kiểm tra hàng hóa thực tế của công ty. Tìm hiểu thêm về khâu này, thì khi được hỏi các lô hàng máy móc thiết bị ngành than NK về thường được hải quan kiểm tra và xếp vào luồng hàng hóa nào thì các nhân viên cho biết tùy thuộc vào lô hàng đó là hàng hóa gì mà hải quan sẽ quyết định hình thức kiểm tra nhưng thông thường hàng hóa NK của công ty được phân vào luồng xanh (miễn kiểm tra và cho phép thông quan ngay) là chủ yếu, ít khi bị phân vào luồng vàng (kiểm tra đại diện), còn lại chưa bao giờ công ty bị chuyển tới luồng đỏ. Hàng hóa được phân vào luồng xanh thường là những hàng hóa có thuế nhập khẩu bằng không, hàng hóa bị phân vào luồng vàng thường là những hàng hóa phải chịu thuế nhập khẩu. Nếu lô hàng NK của công ty bị phân vào luồng vàng thì công ty sẽ phải chịu mọi chi phí về việc mở, đóng các kiện hàng đồng thời sắp xếp hàng hóa thuận tiện cho việc kiểm tra. Thông thường việc kiểm tra sẽ diễn ra nhanh chóng, 2 nhân viên hải quan sẽ đối chiếu hồ sơ hải quan với hàng hóa thực tế xem có sự phù hợp hay không dưới sự chứng kiến của nhân viên công ty.
* Thực hiện quyết định hải quan: Sau khi kiểm tra hồ sơ hoặc kiểm tra thực tế hàng hóa, nếu đúng như khai báo hải quan thì lô hàng sẽ được giải quyết thông quan. Công ty nhận lại toàn bộ hồ sơ hải quan và thông báo thuế. Trong vòng 30 ngày kể từ ngày nhận được thông báo thuế, công ty có trách nhiệm nộp thuế đầy đủ tại Kho bạc Nhà nước và mang giấy chứng nhận nộp tiền về cho hải quan để viết biên lai thuế. Đồng thời, công ty cũng tiến hành nộp lệ phí hải quan và các phí liên quan khác.
Trong quá trình làm thủ tục hải quan, công ty vẫn còn mắc phải một số thiếu sót như: thủ tục hải quan rườm rà, việc kiểm tra tính toán mức thuế còn chậm, khai sai mã tên hàng dẫn đến tính sai thuế suất, chưa chuẩn bị kỹ và thiếu các giấy tờ cần thiết… làm kéo dài thời gian hàng hóa lưu kho, lưu bãi khiến công ty mất thêm thời gian và các khoản chi phí lưu kho.