Do sự phỏt triển tự nhiờn của việc trao đổi hàng hoỏ, cỏc thị trường hỡnh thành. Việc sử dụng tiền kim loại cú vai trũ quan trọng. Trước đõy, người nụng dõn từ cỏc trang trại phải chở bằng đường bộ hoặc đường thuỷ một khối lượng lớn hàng hoỏ và nụng sản đến nộp thuế cho cỏc chỳa đất thường ở rất xa. Nay họ cú thể đem bỏn nụng sản ở cỏc chợ gần trang trại lấy tiền rồi đem nộp thuế bằng tiền cho cỏc chỳa đất nờn đỡ vất vả hơn nhiều. Cỏc thương nhõn cú nhiều tiền thường mua tớch trữ cỏc nụng sản của nụng dõn để khi cú lợi họ đem bỏn lại.
Nền thương nghiệp bỏn buụn phỏt triển, chủ yếu là cỏc mặt hàng ngũ cốc trong đú quan trọng nhất là gạo. Khoảng thế kỉ XV, thị trường buụn bỏn phỏt triển mạnh. Tầng lớp thương nhõn bỏn buụn khụng đụng, nhưng cú thế lực, chiếm độc quyền việc mua bỏn cỏc mặt hàng chớnh. Trước đõy ở cỏc thành phố chỉ cú chúa đất là cú nụng sản dư thừa đem bỏn cho dõn. Nhưng càng về sau, số thị dõn phỏt triển nhanh, nụng sản của cỏc chỳa đất khụng đủ bỏn nữa. Để đỏp ứng nhu cầu đú cần đến dịch vụ bỏn buụn của tầng lớp thương nhõn. Chẳng hạn ở vựng Kyoto, số ngũ cốc thu hoạch được khụng đỏp ứng được nhu cầu của nhõn dõn, dõn phải mua thờm của cỏc thương nhõn đi buụn của cỏc vựng rất xa đưa về bỏn. Cỏc nhà buụn gạo cú tổ chức chặt chẽ. Việc kinh doanh của họ phỏt triển theo đà tăng dõn số ở Kyoto,
hỡnh thành một thị trường lớn bỏn gạo. Thị trường này hoạt động mạnh từ năm 1400. Tầng lớp thương nhõn buụn gạo chiếm độc quyền ở thị trường này. Họ quyết định việc thay đổi hoặc giữ giỏ gạo khụng chỉ ở kinh đụ mà ở khắp cỏc vựng trong nước.
Cỏc nhà buụn gạo lợi dụng vị trớ độc quyền của mỡnh để bắt bớ người tiờu dựng. Năm 1431 ở Kyoto, bọn buụn gạo đầu cơ tớch trữ gạo khụng đem bỏn cho dõn, đợi dịp bỏn đắt với giỏ cắt cổ. Hành động này đó gõy ra nạn đúi ở kinh đụ. Chớnh quyền Mạc phủ ra lệnh phải bỏn gạo cho dõn, họ thi hành lệnh đú vài ngày rồi lại thụi. Chẳng những thế họ cũn bảo nhau ngừng khụng chuyển gạo về kinh đụ. Chớnh quyền buộc phải ra lệnh bắt giữ bọn đầu cơ để xột xử.
Khụng những thế, bọn đầu cơ cũn mua chuộc những quan chức cao cấp của chớnh quyền Mạc phủ, vỡ thế chỳng càng hoành hành dữ dội. Chỳng coi luật phỏp nh khụng hề tồn tại. Kỉ luật của chớnh quyền Mạc phủ trong những năm 1441 - 1449 rất lỏng lẻo (đặc biệt là từ sau khi Yoshinori mất năm 1441). Bọn lỏi buụn nắm toàn bộ việc cung cấp gạo cho Kyoto, độc quyền về việc bỏn gạo và kiểm soỏt con đường đưa gạo vào Kyoto nh Shakamato và Otsu. Khi gạo đến, cú những người chở gạo bằng xe bũ hoặc xe ngựa. Cú thời khụng biết ai là thương lỏi và ai là thợ chở thuờ. Việc buụn bỏn gạo trở nờn phức tạp hơn. Nhật kớ của vua Go suko viết năm 1418 kể rằng cú đến vài nghỡn xe kộo gạo chở từ Otsu đưa về vựng phụ cận đền Gion gõy rối loạn cả vựng. Những người này gõy rắc rối và doạ rằng họ sẽ đốt hết cỏc dinh thự nếu nguyện vọng của họ khụng được đỏp ứng. Chớnh phủ Samurai Dokoro đó điều động một lực lượng cảnh sỏt lớn để giữ trật tự, nhiều cuộc bắt bớ đó xảy ra.
Những chi tiết xung quanh việc buụn gạo ở Kyoto cho thấy tổ chức buụn bỏn đú khỏ phỏt triển trong những năm đầu thế kỉ XV khiến Mạc phủ Muromachi khụng thể kiểm soỏt hết được. Trong thời kỡ này, những người buụn gạo đó chia thành những người bỏn buụn và những người bỏn lẻ. Sự
phõn biệt này cú ý nghĩa cả về kinh tế và xó hội, bỏo hiệu sự hỡnh thành một giai tầng mới, lớp thương nhõn bỏn buụn. Tầng lớp này chưa phải là tầng lớp trờn trong xó hội nhưng đó cú khả năng chống đối lại với chớnh quyền do họ nắm giữ quyền cung cấp và quản lớ những mặt hàng thiết yếu.
Hoạt động bỏn buụn thời kỡ này diễn ra khỏ đa dạng ở Nhật Bản. Đú là sự ra đời của cỏc tổ chức bỏn buụn gọi là Tonya. Hỡnh thức này phụi thai từ năm 1175 bằng việc xuất hiện những người chở thuyền thuờ cho quan chức triều đỡnh đi dọc sụng Yodo từ Katsura tới đền Iwashimizu. Những người chở thuyền thuờ này khụng phải là những người làm cụng của một thỏi ấp nào mà là người làm thuờ cho nhiều thỏi ấp gần Katsura, chở người và hàng hoỏ bằng đường thuỷ. Đú là giai đoạn mở đầu cho phương thức vận chuyển rất quan trọng trong thương nghiệp bỏn buụn, sau này phỏt triển lờn thành những hóng vận chuyển hàng hoỏ, húng kho vận hoặc tổ chức nhà thầu hàng hoỏ.
Trong thời kỡ Muromachi, ngoài những thương nhõn bỏn buụn gạo đú cỳ những lỏi buụn buụn gia sỳc, ngựa, hải sản, cỏ và muối. Trong sự phỏt triển nhanh chúng kinh tế tiền tệ, cũn hỡnh thành một tầng lớp người cầm đồ, sản xuất và buụn bỏn rượu, những người làm nghề cho vay lói, trong một số trường hợp đú cỳ những người kinh doanh ngõn hàng, làm nghề đổi tiền đồng và trao đổi ngõn phiếu thanh toỏn.