So với thời kỡ trước, nụng nghiệp trong thời kỡ này cú sự tăng trưởng. Một trong những nguyờn nhõn dẫn đến sự tăng trưởng kinh tế của Nhật Bản đú là vị trớ xó hội của người nụng dõn được cải thiện, đặc biệt ở cỏc tỉnh miền Tõy, cú thể núi họ được tự do hoàn toàn. khoảng cuối thế kỉ XIV, nụng dõn trở thành một tầng lớp xó hội những người tiểu nụng. Họ họp thành phường hội ở cỏc làng và cú sự phối hợp hoạt động với cỏc phường hội nụng dõn ở cỏc làng khỏc. Sự tự do đó cải thiện vị trớ của họ và những người sống gần thị trấn hoặc cỏc thành phố lớn như Kyoto và Nara cú thể bỏn sản phẩm họ làm ra để lấy tiền mặt.
Thị trường bỏn hàng của họ cũng được mở rộng, những sản phẩm họ làm ra nh gạo và rau, kể cả đồ thủ cụng làm ra trong thời kỡ nụng nhàn được bỏn ra thị trường nhanh chúng kớch thớch họ sản xuất. Sản lượng khụng ngừng tăng trưởng, việc ỏp dụng những phương phỏp để thõm canh cũng ngày càng được đẩy mạnh. Việc trồng lỳa, đặc biệt là ngũ cốc được đặc biệt coi trọng. Việc phõn phối nhõn lực và phõn cụng lao động được thực hành chặt chẽ nhất là vào thời điểm gieo cấy, chăm bún và gặt hỏi hoa màu. Tuỳ theo điều kiện khớ hậu khớ hậu, lỳa được trồng ba vụ trong năm, lỳa sớm, lỳa trung bỡnh và lỳa muộn. Phương thức trồng trọt đỳ cũn cú mục đớch tăng lượng lương thực dự trữ bự đắp vào những năm mất mựa do thiờn tai hoặc những hoàn cảnh khụng may khỏc. Trong việc gieo cấy lỳa người ta rất coi trọng việc chọn giống.
Trong cỏc thế kỉ thứ XIII giống lỳa ở Đụng Dương (Chăm pa) qua đường Trung Hoa được du nhập vào Nhật Bản. Nụng dõn Nhật rất chuộng giống lỳa này vỡ nỳ ngắn ngày, thu hoạch nhanh và nú chống được rột, sõu bệnh. Giống lỳa này được trồng nhiều ở cỏc tỉnh miền Tõy. Theo những tài liệu gốc cú được ở Sannuki và Harima, khoảng một phần ba diện tớch lỳa trồng là loại giống du nhập từ Đụng Dương. Loại gạo này cú nhược điểm là khụng trắng và khụng thơm lắm nhưng sản lượng cao thớch hợp với cỏc tầng lớp nghốo. Trờn đồng ruộng xuất hiện đến 100 loại giống lỳa, 14 loại đậu. Nhờ việc ỏp dụng cỏc guồng để tưới nước nờn ở nhiều vựng, mỗi năm cú thể cấy được 2 vụ. Trước đõy người Nhật chỉ trồng bụng ở phớa Nam, thời kỡ này cũn trồng sang cả phớa Đụng. Cỏc loại cõy cụng nghiệp nh gai, sơn, cỏc loại cõy lấy dầu dựng trong cụng nghiệp nhuộm được dựng nhiều hơn.
Trong việc trồng lỳa, việc trồng giúng lỳa mạch cũng được đẩy mạnh hơn thời kỡ trước đõy. Trong thế kỉ XIII, sản lượng lỳa mạch tăng trưởng nhanh. Chớnh quyền Mạc phủ ở Kamakura khuyến khớch trồng xen canh tăng vụ, khuyờn nụng dõn trồng lỳa mạch sau khi gặt lỳa. Từ thời kỡ Muromachi cỏc du khỏch từ Triều Tiờn sang thăm Nhật Bản tỏ ra khỏ thớch thỳ với phương thức trồng trọt này. Trờn cựng một mảnh đất người ta quay vụ lỳa: Lỳa mạch-lỳa-lỳa mỡ, nhất là ở cỏc cỏnh đồng phỡ nhiờu gần Amagasaki.
Cỏc sản phẩm nụng nghiệp khỏc nh cỏc loại thực vật cũng cú mặt nh cõy chố. Đõy là một sản phẩm tương đối quan trọng. Cú nhiều đất chuyờn trồng chố ở gần vựng Uji. Yoshimitsu khuyến khớch việc trồng chố thành bụi. Nhiều loại cừy khỏc cũng được trồng nh cõy gai, dõu tằm, cõy làm thuốc nhuộm, sơn và dầu vừng để thắp đốn.
Vào thời kỡ Muromachi, việc trồng cõy ăn quả chưa phỏt triển, vỡ thế diện tớch đất trồng cõy ăn quả chưa nhiều. Cỏc loại quả tươi được xem nh một trong những mún ăn sang trọng. Về sau do nhu cầu tiờu dựng, việc
trồng cõy ăn quả mới được khuyến khớch, nhất là cõy hồng và dưa hấu. Cú nhiều khu vườn trồng cỏc loại cõy ăn quả để bỏn ra thành phố. Ngoài ra, người ta cú thể ướp muối hoặc ướp đường cỏc loại hoa quả tươi nh mừn ngõm với dấm đường, hồng khụ và cỏc loại quả ướp lạnh nh Santo-Yokan.