Từ đầu thế kỉ XV, sau hơn nửa thế kỉ phỏt triển tương đối ổn định của chớnh quyền Muromachi, lịch sử Nhật Bản lại trải qua một quỏ trỡnh tranh giành quyền lực mới. “Động lực căn bản của cuộc chiến tranh đú là sự thốm khỏt đất đai mónh liệt của giới quõn sự địa phương, những người chịu sức ép mạnh mẽ trong việc tăng cường sở hữu của mỡnh” [8, tr.161]. Là những gia tộc lớn, cỏc thủ lĩnh quõn sự cần nhiều đất để chia cho con chỏu và cấp cho chư hầu. Nhưng phần lớn đất đai, về danh nghĩa thuộc quyền sở hữu của nhà nước trong sự quản lớ của đội ngũ quan chức địa phương. Trong điều kiện chớnh quyền trung ương suy yếu, bằng sức mạnh quõn sự, cỏc tập đoàn vừ sĩ đều ra sức lấn chiếm đất đai, biến đất cụng thành sở hữu tư nhõn và khẳng định vị thế của mỡnh trong một trật tự xó hội mới.
Từ cuối thế kỉ XVI, trong phạm vi lónh địa của mỡnh, cỏc lúnh chỳa do cú toàn quyền phõn cấp ruộng đất đồng thời họ cũng thiết lập nờn một hệ thống quản lớ chớnh quyền mới. Cương vực của cỏc lónh địa ngày càng được xỏc định rừ ràng hơn. Trong lónh địa cỳ cỏc làng (mura) đó tự trở thành một đơn vị kinh tế độc lập, hành chớnh tự chủ và phải chụi trỏch nhiệm trước chớnh quyền về việc thu thuế cũng như đảm bảo an ninh. Đừy chớnh là nơi cung cấp lương thực, nhõn lực chủ yếu cho cỏc daimyo. Làng với tư cỏch là một đơn vị hành chớnh cơ sở thấp nhất đúng vai trũ hết sức quan trọng trong việc điều hành sản xuất, thu thuế, đúng gúp nghĩa vụ lao dịch. Làng tự hoàn thiện cơ cấu tổ chức của mỡnh trong một chế độ tự quản. Trong điều kiện kinh tế xó hội cú nhiều biến động, mối quan hệ giữa cỏc nhỳm cư dõn trong làng cũng được thiết lập và đảm đang những chức năng xó hội mới.
Nh vậy, sau khi chớnh quyền Muromachi được thiết lập, mặc dự đú tỡm rất nhiều biện phỏp để nắm lại chớnh quyền quản lớ ở trang viờn nhưng
thế lực của Shugo và dũng họ vừ sĩ ở địa phương vẫn lớn mạnh. Từ thế kỉ XV, nhiều shugo cú thế lực đó chuyển thành shugo daimyo và biến vựng đất này trở thành những vựng trực trị. Do vậy, đội ngũ viờn chức quản lớ trong trang viờn cũng nh trang dõn trước đõy ngày càng bị lệ thuộc vào lúnh chỳa và coi lúnh chỳa là đối tượng thần phục trực tiếp chứ khụng phải là tướng quõn ở Kyoto. Shugo daimyo chớnh là người cú khả năng nhất để bảo vệ lợi ích kinh tế và an ninh cho cỏc tầng lớp dõn cư trong lónh địa. Trong thời gian nội chiến, mỗi daimyo đó tự mỡnh trở thành một tập đoàn phong kiến độc lập, xõy dựng phỏo đài và thiết lập một hệ thống chớnh quyền riờng. Họ ra sức tăng cường nguồn lực tài chớnh, tuyển dụng quõn đội, đặt luật phỏp và thõu túm toàn bộ mọi hoạt động ở địa phương.
Khụng những thế, nhiều shugo daimyo cú thế lực đó kiểm soỏt được cả cỏc cơ sở tụn giỏo và nhiều trang viờn nhỏ yếu khỏc. Chiếm được đất, họ cú toàn quyền sử dụng theo mục đớch của mỡnh và khụng phải dõng nạp một phần thu nhập như trước nữa. Cỏc daimyo khụng ngừng mở rộng thế lực của mỡnh thụng qua con đường chiến tranh và giành đoạt quyền lực.
Trong khi cố gắng xõy dựng một hệ thống chớnh quyền mới nhằm khẳng định sự thống nhất của dừn tộc Nhật Bản, Toyotomi Hideyoshi (Phong Điền Tỳ Cỏt, 1536 - 1598) vẫn luụn chỳ trọng đến vai trũ của cỏc lúnh chỳa, quyền lực và những đặc quyền kinh tế vốn cú của cỏc địa phương. Để kiểm soỏt đất đai, năm 1585 ụng đú tiến hành điều tra ruộng đất (kenchi) trờn toàn quốc, qua đú nắm tổng diện tớch canh tỏc, phạm vi phõn bố, chủ sở hữu và chất lượng ruộng đất. Đồng thời, Toyotomi Hideyoshi cũng thống nhất cỏch đỏnh giỏ chất lượng ruộng đất theo sản lượng và lấy đơn vị đo ruộng đất là koku (thạch) làm chuẩn (1koku tương đương với 120kg). Cuộc điều tra ruộng đất của của Hideyoshi đó dẫn đến nhiều thay đổi lớn trong kinh tế nụng nghiệp. Sau điều tra cỏc chủ hộ (hyakusho) trở thành người đứng tờn ruộng đất của mỡnh, căn cứ vào thu nhập trờn ruộng đất canh tỏc, cỏc hộ phải chụi trỏch nhiệm trước làng về thuế và nếu như
một hộ nào đú khụng cú khả năng trả thuế thỡ cỏc gonin-gumi (tức nhỳm ngũ gia) phải cỏ trỏch nhiệm trả thay.
Hideyoshi với chớnh sỏch Thống chế thõn phận và cuộc điều tra ruộng đất đó trực tiếp phõn định cỏc đẳng cấp trong xó hội. Samurai hoàn toàn bị tỏch khỏi ruộng đất và khụng cú quyền quản lớ trực tiếp đối với cỏc thụn dõn và đất đai nữa. Đẳng cấp vừ sĩ trở thành chiến binh, viờn chức hành chớnh chuyờn nghiệp và nhận lương từ cỏc lúnh chỳa hay vừ sĩ cấp trờn. Cuối thế kỉ XVI, cú những lónh chủ cú thu nhập rất cao, đến 1 triệu koku thúc (Maeda ở Kaga).