Phương pháp chọn giống kháng bệnh bạc lá phổ biến và quan trọng nhất cho đến nay là phương pháp lai hữu tính. Phương pháp này tiến hành lai giữa các giống có chứa gen kháng, sau đó chọn lọc các thế hệ phân li. Bằng phương pháp này nhiều giống kháng bệnh đã được tạo ra. Khả năng kháng bạc lá thường do đơn gen quy định, vì vậy việc sử dụng phương pháp lai lại để chuyển gen kháng là rất hiệu quả. Nguyên lý của phương pháp này là sử dụng một giống lúa tốt nhưng không mang gen kháng cần thiết để lai lại với một giống mang gen kháng hữu hiệu. Sau một số lần chọn lọc và lai lại liên tục, giống mới được tạo thành gần như mang toàn bộ nguồn gen tốt của cây lai lại và mang thêm được gen kháng mong muốn. Trong quá trình lai lại, có thể kết hợp với tự phối, chọn lọc các dạng phân ly đểđẩy nhanh quá trình tạo dòng thuần. Ở phương pháp này bắt buộc nhà chọn giống phải sử phương pháp lây nhiễm nhân tạo để xác định con lai có mang gen kháng hay không. Nhưng bằng phương pháp này
đôi khi khó phân biệt được các gen kháng khác nhau, nếu chúng cùng biểu hiện một phổ
kháng nhiễm với các chủng vi khuẩn tương tự. Hoặc nếu gen kháng là gen trội, bằng lây nhiễm nhân tạo ta có thể chọn được cả 2 dạng, dạng đồng hợp tử trội và dạng dị hợp tử, cả 2 dạng này đều biểu hiện kiểu hình như nhau, rất khó để phân biệt. Để khắc phục nhược điểm này, hiện nay phương pháp dùng chỉ thị phân tử, dựa trên các trình tự DNA liên kết chặt với gen kháng, được sử dụng nhằm xác định các gen kháng dễ dàng và có thể phân biệt được các trạng thái alen khác nhau.
Phương pháp lai và kết hợp chỉ thị phân tửđã được ứng dụng rộng rãi trong lai tạo các giống lúa kháng bệnh bạc lá và thu được nhiều thành công đáng kể. Năm 2001, S.Singh và cộng sự đã áp dụng thành công phương pháp lai để tập hợp 3 gen kháng xa5, Xa7 và Xa21
vào giống lúa PR106 (một giống lúa phổ biến ở bang Punjab, Ấn Độ) với sự trợ giúp của chỉ
với bệnh bạc lá. Kết quả các dòng chứa 3 gen kháng trên có khả năng kháng được toàn bộ 17 chủng Xoo tại Punjab và thêm 6 chủng vi khuẩn có nguồn gốc từ Phillipin. Năm 2000, A.C Sachez và cộng sự cũng đã chuyển thành công 3 gen kháng xa5, xa13, Xa21 vào các dòng lúa có kiểu cây mới IR65598-112, IR65600-42, IR65600-96 bằng phương pháp lai backcross. Trong quá trình lai chuyển gen Sanchez cũng sử dụng các chỉ thị phân tử để giúp phát hiện gen được chuyển (RG556, RG207 cho xa5, RG136 cho xa13), độ chính xác của chỉ thị lên
đến 95%.
Ngoài phương pháp chuyển gen kháng bệnh bạc lá bằng lai hữu tính, hiện nay còn có các nghiên cứu nhằm chuyển gen kháng bằng phương pháp cứu phôi và lai tế bào trần. Bằng phương pháp cứu phôi, Amide-Border và cộng sự (1992) đã chuyển gen kháng từ lúa dại vào lúa trồng (K.S.Lee và cộng sự). Bằng cách lai tế bào trần giữa lúa trồng Oryzae sativa L. với nguồn cho gen kháng là lúa dại Oryzae meyeriana, Cheng-qui Yan và cộng sự tiến hành thành công việc tạo dòng tế bào mang gen kháng bạc lá. Kết quả thu được 29 dòng cây lai xoma, hình thái biểu hiện giống cả hai bên bố mẹ và trong đó có 2 dòng biểu hiện tính kháng cao, 8 dòng biểu hiện tính kháng vừa (Cheng - qui Yan và cộng sự, 2004).