Đào tạo được nguồn nhân lực có chất lượng đã là vấn đề khó khăn và phức tạp, song sử dụng một cách có hiệu quả nguồn nhân lực có chất lượng cao lại không dễ. Trên thực tế, việc sử dụng nguồn nhân lực có chất lượng ở tỉnh Ninh Bình còn rất lãng phí. Đáng chú ý, việc sử dụng nguồn nhân lực có trình độ CMKT cũng đang còn nhiều vấn đề bức xúc: Trong khi thiếu hụt khá trầm trọng nguồn nhân lực được đào tạo, thì những người có trình độ cao lại tập trung nhiều nhất trong các lĩnh vực kiến trúc, xây dựng,
quản lý, kinh doanh, phiên dịch. Chính vì vậy, những năm gần đây Ủy ban nhân dân tỉnh Ninh Bình đã cụ thể hóa quá trình tiếp nhận người tài, theo hướng ưu tiên cho các ngành cơ bản và kỹ thuật, như: CNTT, điện tử viễn thông, y tế (bác sỹ, dược sỹ, cử nhân kỹ thuật, cử nhân điều dưỡng), các ngành quản lý đô thị (xây dựng, kiến trúc, giao thông), hành chính công, luật, tài chính kế toán, du lịch, ngữ văn, báo chí, ngoại ngữ.
Việc phân bố nguồn nhân lực chưa hợp lý còn biểu hiện ở chỗ một số lượng khá lớn những người đã được đào tạo có trình độ cao tập trung ở thành phố Ninh Bình, thị xã Tam Điệp. Trong khi đó ở các huyện, quận, vùng ngoại ô lại rất thiếu nguồn nhân lực này. Nhìn từ góc độ khác, hầu hết lực lượng lao động đã được đào tạo có trình độ cao của tỉnh Ninh Bình đang “dồn nén” trong các ngành phi sản xuất; còn trong các ngành trực tiếp sản xuất còn rất thiếu vắng. Việc phân bổ nguồn nhân lực có trình độ CMKT cũng còn nhiều bất hợp lý theo quận huyện, chẳng hạn ở thành phố Ninh Bình là 48.501 người; huyện Gia Viễn là 16.011 người; thị xã Tam Điệp 14.372 người; trong khi đó huyện Yên Mô là 3.772 người.
Mặt khác, để kích thích quá trình tự đào tạo nâng cao chất lượng nguồn nhân lực, thì đòn bẩy tiền lương là công cụ quan trọng, song vấn đề tiền lương vẫn còn nhiều vấn đề bất hợp lý. Mặt bằng thu nhập đối với lao động có trình độ đại học mới ra trường ở tỉnh hiện nay khoảng 1,5 triệu đồng - 2 triệu đồng, riêng đối với lao động có kinh nghiệm được trả từ 2- 3,2 triệu đồng/tháng nhưng số lượng tuyển cũng không được nhiều, và đó cũng là một trong những nguyên nhân khiến cho nhiều sinh viên quê quán ở Ninh Bình tốt nghiệp khá, giỏi đã làm việc cho các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài hoặc chuyển vào Thành phố Hồ Chí Minh, hoặc ở lại Hà Nội.