Cơ cấu lao động qua đào tạo chưa phù hợp là một hạn chế và trở ngại đáng kể với tỉnh Ninh Bình trong việc thực hiện các mục tiêu CNH, HĐH (tỷ lệ giữa đại học, cao đẳng, trung học chuyên nghiệp, công nhân kỹ thuật là 1-0,4-2,0 (cả nước là 1-2,4-3,5 và các nước phát triển là 1-4-10). Tỷ lệ lao động qua đào tạo vẫn còn thấp; trình độ năng lực của lực lượng lao động qua đào tạo vẫn còn bất cập. Công tác đào tạo nghề trong những năm gần đây phát triển tương đối nhanh, song chưa đáp ứng về số lượng và chất lượng. Công tác dạy nghề phát triển thiếu quy hoạch, quy mô của các cơ sở dạy nghề còn nhỏ lẻ, không đồng bộ; phần lớn trang thiết bị dạy nghề ngoài công lập vừa thiếu vừa lạc hậu; đội ngũ giáo viên sư phạm kỹ thuật chưa đồng bộ, tỷ lệ giáo viên dạy nghề đạt chuẩn còn thấp.
- Chất lượng nguồn nhân lực còn thiếu hụt so với nhu cầu, lực lượng lao động của tỉnh nhìn chung còn yếu cả về thể lực và trình độ, kỹ năng so với yêu cầu ngày càng cao của công cuộc CNH, HĐH, nguồn nhân lực khoa học công nghệ của tỉnh vừa thiếu vừa yếu. Số lao động chưa qua đào tạo còn cao (lao động chưa qua đào tạo tính chung chiếm 63,8%, chưa qua đào tạo nghề chiếm 78%) . Riêng khu vực nông thôn, đại bộ phận là lao động phổ thông, chưa có chuyên môn kỹ thuật (chiếm tới 87,52%). Ninh Bình chưa có giải pháp hữu hiệu để đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao,
chưa có những chuyên gia đầu ngành và những cán bộ kỹ thuật giỏi, có tâm huyết, nhiệt tình đóng góp vào sự phát triển chung của tỉnh.
- Cơ cấu ngành đào tạo còn nhiều mặt bất hợp lý, nội dung đào tạo không bám sát yêu cầu thực tế, từ đó gây ra tình trạng thừa ngành này, thiếu ngành khác và nhiều người phải làm trái nghề và được đào tạo lại làm hạn chế hiệu quả sản xuất và lãng phí ngân sách nhà nước và xã hội. Hơn nữa thị trường lao động trên địa bàn còn manh mún, nên tỷ lệ thất nghiệp và thiếu việc làm vẫn còn cao.
- So với các tỉnh trong khu vực đồng bằng sông Hồng, dân số Ninh Bình chưa phải đông, nhưng sự phát triển kinh tế của Ninh Bình cùng với tiến trình đô thị hóa, nhiều ngành nghề phi nông nghiệp như dịch vụ, du lịch, công nghiệp ngày càng phát triển. Chính phủ đã có Quyết định số 2699/QĐ-UBND, ngày 23/11/2017 phê duyệt tổng thể phát triển kinh tế - xã hội tỉnh Ninh Bình đến năm 2020; Nghị quyết số 54-NQ/TW ngày 14/9/2005 của Bộ Chính trị về phát triển kinh tế- xã hội và đảm bảo quốc phòng, an ninh vùng đồng bằng sông Hồng, trong đó xây dựng tỉnh Ninh Bình trở thành trung tâm kinh tế - văn hoá vùng đồng bằng sông Hồng đến năm 2020, đòi hỏi lực lượng lao động có chất lượng cao, có trình độ chuyên môn kỹ thuật, phẩm chất và tác phong công nghiệp. Trong khi đó vấn đề định hướng nghề nghiệp, đào tạo và đào tạo lại không theo kịp những đòi hỏi mới của sự phát triển KT-XH. Mặc dù tỉnh Ninh Bình đã có trường Đại học, cao đẳng, trường trung cấp chuyên nghiệp và các cơ sở đào tạo nghề, và tỷ lệ lao động qua đào tạo có tăng qua các năm, nhưng việc đào tạo đội ngũ lao động có tay nghề cao còn rất nhiều hạn chế. Và chính hạn chế này đã ảnh hưởng rất bất lợi đến phát triển nguồn nhân lực để, đáp ứng yêu cầu công nghiệp hóa, hiện đại hóa trên địa bàn.
- Quy mô ngành nghề và chất lượng đào tạo của các trường chưa đáp ứng yêu cầu phát triển KT-XH của tỉnh. Đào tạo trung cấp chuyên nghiệp và đào tạo nghề còn chồng chéo và trùng lắp, đào tạo chưa gắn bó với nhu
cầu của thị trường lao động, nên hiệu quả còn rất thấp. Đây là lý do khiến cho chất lượng nguồn nhân lực của tỉnh Ninh Bình còn tụt hậu khá xa so với một số địa phương khác trong nước.
- Sự phân bố đào tạo và sử dụng nguồn nhân lực, nhất là nguồn nhân lực KH-CN cũng còn nhiều mặt bất hợp lý; hơn nữa không bám sát yêu cầu của thực tiễn của các thành phần kinh tế. Hạn chế này cũng góp phần gây ra tình trạng nguồn nhân lực vừa thừa, vừa thiếu và không ổn định. Số lượng lao động có trình độ cao, kỹ thuật cao chủ yếu tập trung trong khu vực kinh tế nhà nước, trong một số ngành công nghiệp, và các cơ quan hành chính; còn ở khu vực kinh tế tư nhân, dịch vụ, nông nghiệp và trong các ngành khác. Hơn nữa, tỷ lệ học sinh học nghề còn thấp, một phần còn do tâm lý của học sinh phổ thông đa số không muốn học nghề mà chỉ muốn thi vào đại học. Hiện tượng “chảy máu chất xám”, hoặc “thừa thầy thiếu thợ” bộc lộ khá rõ ở tỉnh Ninh Bình.
Tỉnh ủy, Hội đồng nhân dân và Ủy ban nhân dân tỉnh Ninh Bình chưa có những cơ chế chính sách và hình thức thích hợp cho việc hình thành đội ngũ chuyên gia giỏi, có trình độ chuyên môn cao.Tiềm lực khoa học và công nghệ còn hạn chế và thiếu tính đồng bộ. Đội ngũ cán bộ khoa học và công nghệ khá đông nhưng thiếu chuyên gia giỏi. Việc thu hút cán bộ khoa học giỏi từ các địa phương khác còn bất cập vì không có bất cứ một cơ quan nào chuyên nghiên cứu triển khai.