Hiện nay, phỏp luật hiện hành cũn thiếu cơ sở để xỏc định và đề cao vai trũ, trỏch nhiệm cỏ nhõn của cỏc Điều tra viờn, Kiểm sỏt viờn, Thẩm phỏn và Hội thẩm cũng nhƣ tớnh độc lập của cỏc cơ quan tiến hành tố tụng. Mặc dự tất cả những ngƣời này đều cú chức danh tƣ phỏp, nhƣng thực tế, quyền hạn tố tụng hầu hết tập trung trong tay những ngƣời là Thủ trƣởng của cỏc cơ quan tiến hành tố tụng và đõy mới thực sự là những ngƣời cú thẩm quyền đƣa ra cỏc quyết định quan trọng và chịu trỏch nhiệm chớnh trong cỏc giai đoạn tố tụng. Cũn đụng đảo đội ngũ nhõn viờn cú chức danh tƣ phỏp, những ngƣời trực tiếp tiến hành tố tụng thỡ chỉ hoạt động trờn danh nghĩa, cũn thực chất họ giống nhƣ ngƣời trợ lý, nhõn viờn giỳp việc, cỏn bộ trong đơn vị của cỏc cơ quan tiến hành tố tụng.
Ngoài ra, về tổ chức của cỏc cơ quan tƣ phỏp cũng chƣa thực sự bảo đảm trở thành hệ thống thống nhất. Hệ thống Cơ quan điều tra hiện nay cú quỏ nhiều đầu mối, trong khi đú, mỗi cơ quan lại nhƣ một lónh thổ khộp kớn. Do vậy, giữa cỏc cơ quan điều tra khú cú sự phối hợp chặt chẽ, nhƣng lại chồng chộo khi tiến hành điều tra cỏc vụ ỏn cụ thể, khú phõn định đƣợc thẩm
quyền hành chớnh và thẩm quyền tố tụng khi cú sự phối hợp. Hơn nữa, luật tố tụng hiện hành lại quy định về quyền và nghĩa vụ điều tra chung cho một loạt cỏc cơ quan khụng đồng nhất về tớnh chất, vị trớ và nhiệm vụ sẽ dẫn đến những khập khiễng khú trỏnh trong triển khai thực hiện cỏc hoạt động điều tra cụ thể. Việc phõn cấp điều tra giữa Cơ quan điều tra cấp tỉnh với Cơ quan điều tra cấp huyện cũng chƣa thật hợp lý và thiếu căn cứ, chủ yếu dựa vào tiờu chớ mức độ nghiờm trọng của tội phạm và mức hỡnh phạt cú thể phải chịu. Cũn đối với Viện kiểm sỏt thỡ do nguyờn tắc tập trung thống nhất, lónh đạo trong ngành nhiều khi bị lạm dụng quỏ mức vào tiến trỡnh tố tụng nờn vẫn cũn cỏc trƣờng hợp thỉnh thị, xin ý kiến cấp trờn cho ý kiến chỉ đạo. Những ý kiến chỉ đạo này thƣờng dƣới dạng văn bản hành chớnh (Cụng văn) chứ khụng phải văn bản tố tụng, nhƣng trờn thực tế lại rất cú hiệu lực đối với cỏc Viện kiểm sỏt cấp dƣới và nếu cú ai đú thắc mắc thỡ sẽ đƣợc giải thớch là do cơ chế tập trung thống nhất lónh đạo trong ngành.
Nguyờn nhõn tiếp theo của những bất cập, hạn chế là chỳng ta vẫn chậm ban hành cỏc cỏc văn bản hƣớng dẫn thi hành Bộ luật hỡnh sự, Bộ luật tố tụng hỡnh sự cũng nhƣ cỏc Quy chế trong nội bộ cỏc cơ quan tiến hành tố tụng để quy định rừ nhiệm vụ, quyền hạn, trỏch nhiệm của từng chức danh tƣ phỏp trong hoạt động tố tụng. Cho đến nay, ở Viện kiểm sỏt nhõn dõn tối cao mới chỉ cú Quy chế tạm thời về cụng tỏc thực hành quyền cụng tố và kiểm sỏt việc tuõn theo phỏp luật trong việc điều tra cỏc vụ ỏn hỡnh sự và Quy chế tạm thời về thực hành quyền cụng tố và kiểm sỏt việc tuõn theo phỏp luật trong việc xột xử cỏc vụ ỏn hỡnh sự. Toà ỏn tối cao vẫn chƣa cú quy chế làm việc rừ ràng quy định về mối quan hệ giữa nhõn viờn và Thủ trƣởng. Ngay cả Quy chế của Cơ quan điều tra cấp Bộ vẫn chƣa đƣợc ban hành mà ở cỏc tỉnh thỡ đang dƣới dạng dự thảo. Nhiều quyền hạn tố tụng bị thẩm quyền hành chớnh chi phối là lấn ỏt do lề lối làm việc đó quen với mệnh lệnh hành chớnh dẫn đến sự thụ động trong cụng việc. Cơ chế bỏo cỏo quỏ nhiều ở cỏc
cơ quan cũng phần nào làm hạn chế đến hiệu quả cụng tỏc của những nhõn viờn tƣ phỏp do mất nhiều thời gian làm bỏo cỏo và chờ ý kiến cấp trờn.
