Trên cơ sở chức năng, nhiệm vụ quyền hạn của Hội đồng nhân dân mà tổ chức bộ máy Hội đồng nhân dân xã đƣợc sắp xếp nhƣ sau: Chủ tịch, một Phó Chủ tịch, các đại biểu Hội đồng nhân dân. Nhƣ vậy trong thực tế, bộ máy hoạt động của Hội đồng nhân dân xã chỉ bao gồm Chủ tịch, Phó Chủ tịch và các đại biểu Hội đồng nhân dân. Trong đó, Chủ tịch phải là đại biểu và do Hội đồng nhân dân xã bầu ra. Phó Chủ tịch hoạt động chuyên trách, làm nhiệm vụ thƣờng trực Hội đồng nhân dân. Trong quá trình hoạt động của mình, Hội đồng nhân dân xã đã sử dụng Ủy ban nhân dân xã để giúp việc cho Hội đồng nhân dân trong việc chuẩn bị nội dung, Nghị quyết các kỳ họp cũng nhƣ triển khai Nghị quyết sau kỳ họp. Lần đầu tiên, tại Luật tổ chức Hội đồng nhân dân và Ủy ban nhân dân năm 2003, quy định Chủ tịch Hội đồng nhân dân (và Chủ tịch Ủy ban nhân dân) ở mỗi dơn vị hành chính không giữ quá hai nhiệm kỳ liên tục (Điều 6). Quy định này, nhằm mục đích giám sát đối với các đại diện đƣợc bầu ra và tạo cơ hội để các nhân tố mới tham gia vào hoạt động của cơ quan quyền lực nhà nƣớc.
Trong cuộc bầu cử đại biểu Hội đồng nhân dân các cấp nhiệm kỳ 2004 – 2009 ngày 25/4/2004, cử tri cả nƣớc bầu đƣợc 306.126 đại biểu. Trong đó, đại biểu Hội đồng nhân dân cấp tỉnh là 3.852, cấp huyện là
23.462, cấp xã là 278.812. So với nhiệm kỳ 1999 – 2004, số lƣợng đại biểu Hội đồng nhân dân ba cấp tăng 63.460 đại biểu (cấp tỉnh tăng 390, cấp huyện tăng 4554, cấp xã tăng 58.518). Cơ cấu đại biểu tƣơng đối hợp lý, chú trọng tỷ lệ đại biểu nữ, ngoài Đảng và trẻ tuổi. ở Hội đồng nhân dân xã, tỷ lệ đại biểu nữ là 20,10%; ngƣời ngoài Đảng chiếm 30,80%; đại biểu tái cử là 39,20%. Chất lƣợng đại biểu đƣợc nâng lên so với nhiệm kỳ trƣớc, đảm bảo các tiêu chuẩn về trình độ, năng lực, uy tín, đạo đức, chính trị. (Theo Bảng thống kê về số lƣợng và cơ cấu đại biểu Hội đồng nhân dân, Trang 311 Kỷ yếu Hội nghị toàn quốc về tổ chức và hoạt động của Hội đồng nhân dân và Uỷ ban nhân dân năm 2006 của Uỷ Ban thƣờng vụ Quốc hội ). Cơ cấu tổ chức của Thƣờng trực Hội đồng nhân dân các cấp nhiệm kỳ 2004 – 2009 có nhiều đổi mới so với nhiệm kỳ 1999 – 2004. Thƣờng trực Hội đồng nhân dân xã đƣợc thành lập bao gồm: Chủ tịch và Phó Chủ tịch (không có chức danh ủy viên thƣờng trực nhƣ ở cấp Tỉnh và cấp Huyện). Thƣờng trực Hội đồng nhân dân xã do Hội đồng nhân dân xã bầu ra. Nhiệm kỳ của Thƣờng trực Hội đồng nhân dân theo nhiệm kỳ của Hội đồng nhân dân (5 năm). Về bố trí nhân sự, hầu hết Chủ tịch Hội đồng nhân dân xã là Bí thƣ, Phó Bí thƣ thƣờng trực nên đã tăng cƣờng đƣợc sự lãnh đạo của các cấp ủy Đảng đối với hoạt động của Hội đồng nhân dân. Tuy nhiên, qua báo cáo của các tỉnh, thành phố cho thấy còn một số cấp ủy địa phƣơng chƣa có sự quan tâm đúng mức đến vấn đề này nên việc bố trí cán bộ chƣa tƣơng xứng với vị trí, vai trò của Hội đồng nhân dân. Việc bố trí đại biểu chuyên trách trong Thƣờng trực Hội đồng nhân dân tăng lên so với nhiệm kỳ trƣớc đây nên hoạt động của Thƣờng trực Hội đồng nhân dân xã đã có tính thƣờng xuyên và hiệu quả hơn (Ở các xã thƣờng bố trí Phó Chủ tịch hoạt động chuyên trách).