Đây là khâu phát sinh rủi ro chính trong kinh doanh thẻ. Hàng loạt thiệt hại của ngân hàng và các tổ chức thẻ quốc tế gần đây đều xảy ra trong khâu phát hành và thanh toán thẻ.
a. Thẻ mất cắp thất lạc (Lost-Stolen Card).
Chủ thẻ bị mất cắp hoặc bị thất lạc thẻ và thẻ được người khác sử dụng trước khi chủ thẻ kịp thông báo cho ngân hàng phát hành biết để có biện pháp hạn chế sử
dụng hoặc thu hồi thẻ. Các tổ chức tội phạm có thể in nổi mã hoá lại thẻ để thực hiện các giao dịch về thẻ giả mạo. Trường hợp này dễ dẫn đến rủi ro cho chủ thẻ hoặc cho ngân hàng phát hành thẻ.
b. Tạo băng từ giả (Skimming).
Đây là loại giả mạo giao dịch thẻ sử dụng công nghệ kỹ thuật cao trên cơ sở thu thập thông tin trên băng từ của chủ thẻ thanh toán tại các cơ sở chấp nhận thẻ. Các tổ chức tội phạm làm thẻ giả sử dụng các phần mềm riêng rẽ để mã hoá và tạo các băng từ trên thẻ giả, sau đó sẽ thực hiện các giao dịch giả mạo. Trong trường hợp này dẫn đến các rủi ro cho ngân hàng thanh toán, ngân hàng phát hành và chủ thẻ. Loại giả mạo này đang có xu hướng gia tăng ở các nước có hoạt dộng kinh doanh thẻ phát triển.
c. Rủi ro về đạo đức.
Rủi ro này phát sinh khi nhân viên các cơ sở chấp nhận thẻ đã cố tình in ra nhiều bộ hoá đơn thanh toán thẻ, nhưng chỉ giao một bộ hoá đơn cho chủ thẻ ký thanh toán. Sau đó bộ hoá đơn in dư sẽ bị giả mạo chữ ký của khách hàng để yêu cầu ngân hàng thanh toán chi trả. Thiệt hại xảy ra có thể làm ảnh hưởng đến ngân hàng thanh toán và ngân hàng phát hành.
Ngoài các rủi ro chính trên, còn một số nguy cơ rủi ro khác có thể xuất hiện nếu ngân hàng thành viên không chú trọng đúng mức tới việc quản lí hệ thống xử lí dữ liệu và quản trị hệ thống kỹ thuật.
Cho đến nay để phòng ngừa và quản lí rủi ro, góp phần hạn chế tổn thất cho các ngân hàng thành viên, các tổ chức thẻ quốc tế đã xây dựng nên một hệ thống các quy tắc tiêu chuẩn về quản lí rủi ro và bảo mật cho các thành viên tuân thủ, một hệ thống mạng trực tuyến (on-line) giữa các tổ chức thẻ quốc tế với các thành viên đã được xây dựng để xử lí, trao đổi thông tin quản lí rủi ro toàn cầu. Bên cạnh đó, các tổ chức thẻ quốc tế đã tổ chức các chương trình dịch vụ hỗ trợ, các chương trình tập huấn đào tạo nghiệp vụ...nhằm nâng cao trình độ cũng như trợ giúp kỹ thuật và nghiệp vụ cho các ngân hàng thành viên ndshằm phòng ngừa và quản lý rủi ro. Nhưng vấn đề thiết yếu là bản thân các ngân hàng thành viên phải có sự quan tâm đặc biệt đến vấn đề này của ngân hàng mình.
Tóm lại hoạt động kinh doanh thẻ ngân hàng chứa đựng rất nhiều rủi ro, do đó để nâng cao chất lượng trong kinh doanh thẻ, giảm mất mát và tối đa hoá thu nhập, ngân hàng cần đặc biệt chú trọng vào công tác phòng chống rủi ro.