Chăn nuôi tạo ra một khối lượng chất thải lớn ra môi trường xung quanh nếu không được xử lý sẽ gây ô nhiễm và ảnh hưởng lớn đến đời sống của người dân.
Công ty xây chuồng trại riêng, độc lập theo kiểu chuồng công nghiệp, số lượng phân lợn thải ra cần có các biện pháp xử lý.
Đối với chuồng nuôi lợn giống nhất là chăn nuôi lợn giống hướng nạc yêu cầu chuồng trại phải cao ráo, hướng gió, thiết kế bảo đảm thoáng mát về mùa hè, kín ấm vào mùa đông, có hàng rào ngăn cách nhằm quản lý việc ra vào, tránh tiếp xúc với vật nuôi khác, xây nền chuồng có thể dốc từ 5 - 10oC hướng vào giữa chuồng (có rãnh thoát chất thải ở giữa, hoặc xây dốc về phía cuối chuồng đảm bảo vệ sinh tắm cho lợn hoặc vệ sinh chuồng trại nhanh khô, không ẩm thấp). Thực hiện vệ sinh chuồng trại thường xuyên, vệ sinh máng đựng thức ăn và vòi uống nước. Bên cạnh đó công ty nên sử dụng các thuốc khử trùng thường xuyên để tránh dịch bệnh xảy ra và tránh lây lan ra các vùng khác.
Cần thực hiện triệt để nguyên tắc “cùng nhập, cùng xuất”, không nuôi gối lứa. Sau khi xuất chuồng, kết thúc một lứa nuôi phải vệ sinh dụng cụ chăn nuôi, cọ rửa chuồng trại, rắc vôi bột, phụ thuốc khử trùng sau ít nhất 10 ngày mới nuôi lứa khác.
Cần quy hoạch tốt công tác giữ vệ sinh môi trường, tiếp tục củng cố bổ sung và hoàn thiện các trang thiết bị xử lý chất thải từ các chuồng nuôi, tránh tình trạng thải chất thải chưa qua xử lý ra thẳng sông, ao ngòi, kênh, rạch... gây ô nhiễm cho môi trường xung quanh.