Bên cạnh những thành quả nêu trên, Giáo dục Ninh Bình vẫn còn bộc lộ những tồn tại, hạn chế nhất định: Chất lượng giáo dục còn thấp so với yêu cầu.
Chất lượng giáo dục toàn diện tuy có bước chuyển biến song vẫn còn nhiều hạn chế, nhất là chất lượng giáo dục đạo đức, giáo dục chính trị, giáo dục thể chất; còn nặng về dạy chữ, nhẹ về dạy người.
Phương pháp dạy học còn nặng về lý thuyết, còn tình trạng dạy chay, ít thực hành, thiếu thực tế. Công tác nghiên cứu khoa học, đúc rút sáng kiến kinh nghiệm còn hạn chế, kém hiệu quả, nặng về hình thức. Việc tổ chức thi mặc dù đã có nhiều cải tiến song vẫn còn nặng nề.
Cơ cấu giáo dục còn bất hợp lý, mất cân đối giữa đào tạo nghề với đại học, giữa các ngành nghề và còn chênh lệch giữa các vùng.
Đội ngũ giáo viên ở một số nơi vừa thừa, vừa yếu, vừa không đồng bộ. Một bộ phận giáo viên chưa đạt chuẩn đào tạo nhất là ở bậc học Mầm non. Đào tạo chưa gắn với sử dụng.
Cơ sở vật chất trường học tuy có bước phát triển nhưng vẫn còn thấp so với yêu cầu, nhất là ở bậc Mầm non. Việc triển khai ứng dụng công nghệ thông tin trong GD - ĐT còn chậm, chưa có hiệu quả.
Nguyên nhân chủ yếu của những tồn tại trên là:
+ Nhận thức của một số Cấp uỷ, Chính quyền và nhân dân về quan điểm Giáo dục - Đào tạo cùng với Khoa học – Công nghệ là quốc sách hàng đầu chưa được đầy đủ, sâu sắc, chưa được thực hiện sát sao.
+ Quản lý nhà nước về giáo dục còn bộc lộ nhiều yếu kém; Việc phân cấp quản lý và phân định chức năng, nhiệm vụ của các cấp chưa đồng bộ, thiếu kịp thời. Việc đào tạo – bồi dưỡng cán bộ quản lý giáo dục còn nhiều bất cập trước yêu cầu đổi mới.
+ Đầu tư cho giáo dục vẫn chưa đảm bảo yêu cầu. Cơ chế quản lý ngân sách chưa tạo được thế chủ động cho ngành giáo dục trong việc điều hành, sử dụng nguồn ngân sách.