Có những trường hợp áp dụng phương pháp so sánh trực tiếp và phương pháp chi phí không phù hợp, ví dụ như trong điều kiện thị trường không ổn định, việc sử dụng thông tin thị trường là khó khăn. Vì vậy, việc áp dụng các phương pháp định giá khác sẽ làm tăng tính hiệu quả trong hoạt động định giá tại Chi nhánh, làm cho kết quả định giá chính xác hơn.
Ví dụ: khi định giá BĐS hình thành từ vốn vay hay BĐS dùng để cho thuê mà các khoản thu nhập tương lai từ BĐS có thể dự tính một cách đáng tin cậy thì nên áp dụng phương pháp đầu tư (phương pháp thu nhập). Với những BĐS này, chúng ta nên dự báo những khoản lợi nhuận mà chúng mang lại cho chủ sở hữu căn cứ vào giá thị trường chứ không nên quá phụ thuộc vào sổ sách kế toán và dự toán của chủ sở hữu vì có thể những số liệu này đã bị thay đổi, thổi phồng theo những ý đồ riêng của họ. Có thể dự báo những khoản lợi nhuận của BĐS mang lại dựa vào lợi nhuận trung bình của ngành mà chủ sở hữu muốn đưa BĐS vào hoạt động. Tuy nhiên, để thực hiện phương pháp này, cán bộ thực hiện định giá phải có am hiểu về kỹ thuật dự báo dòng tiền và tính toán rất cẩn thận.
Trường hợp khác, khi định giá những mảnh đất trống có vị trí thuận lợi hoặc nằm trong quy hoạch phát triển thì khi bắt đầu định giá, ngân hàng nên chú ý tới tiềm năng phát triển của khu đất và sử dụng phương pháp thặng dư. Đây là phương pháp phức tạp, đòi hỏi nhiều kiến thức và kỹ năng chuyên môn về định giá tài sản, nên sẽ thích hợp hơn nếu chi nhánh có bộ phận chuyên định giá tài sản, với những cán bộ chuyên sâu về định giá.