C hương trình kiểm tốn xác định những số dư tài khoản có mức rủi ro lớn hơn mức rủi ro thấp nhất có thể chấp nhận được - mửc rủi ro có thể bỏ qua thông tin trọng yếu về tài khoản. C hương trình kiểm toán được thiết kế để thực hiện trực tiếp các trắc nghiệm đối VỚI số dư tài khoản. Vi dụ, nếu KTV xác định rủi ro về khả nàng hàng tồn kho đã lỗi thời có thể vẫn tồn tại hoặc kiềm kê hàng tồn kho có thể bị "thổi phồng" lên, trong trư ờ ng hợp này KTV sẽ phát tnến các trắc nghiệp cụ thể đối với số dư tải khoản hàng tồn kho. Chẳng hạn. KTV có thể quan sát háng tồn kho hoặc phân tích số vịng quay của hàng tồn kho.
T rong trư ờ ng hợp khả náng tồn tại rủỉ ro cao về các sai phạm bị bỏ qua, chương trình kiểm tốn phải mờ rộng, ờ một số trường hợp khác, chương trình kiểm tốn có thể chỉ đơn giản là việc so sánh số dư tài khoản với phần tài liệu có liẽn quan hoặc những xu hướng biến động, hoặc những ước tỉnh nhằm xác định khả năng số dư tài khoản bị sỏ sót. Mặc dù các cơng ty kiểm tốn đâ xảy dựng những chương trình kiểm tốn chuẩn cho nhiều năm kiểm toán, nhưng những chương trình kiểm tốn sử dụng cách tiếp cận dựa vào rúi ro kiểm tốn có thể được vận dụng theo cách thức biến đổi thích hợp trong quan hệ với khả nàng tiềm ẩn rủi ro bỏ qua sai phạm trọng yếu.
Trọng tảm của m ột chương trinh kiểm toán là các thủ tục kiểm toán. Thủ tục kiểm toán là những dự kiến còng việc cụ thể để thu thập một dạng bằng chửng cá biệt trong điều kiện và hoàn cảnh cụ thẻ. Thủ tục kiểm toán rất đa dạng có thể áp dụng hiệu quả trong trường hợp này nhưng lại khống đem lại kết quả mong muốn trong những tình huống tương tự. Như vậy, ngoài việc thiết kế một chương trình kiểm tốn hợp !ý. kết quả kiểm tốn cịn phụ thuộc vào người thự c hiện chương trin h kiểm toán. Trong những cồng ty kiểm toán lớn, chương trinh kiểm toán áp dụng cho khách hàng cụ thẻ được KTV sử dụng theo một chươ ng trinh kiểm toán chuẳn cho các khoản mục hoặc nghiệp vụ. Các chươ ng trinh kiềm toán này do các chuyên gia kiểm toán hàng đầu viết với chỉ phí khá cao nhưng bù lại khi KTV thực hiện theo, chúng có thể làm giảm rủi ro kiểm toán.