Là một trong những địa phương có nguồn thu BHXH lớn nhất cả nước (chỉ sau TP Hồ Chí Minh), BHXH Hà Nội là một trong những đơn vị dẫn đầu cả nước về những thành tích đạt được trong công tác thu BHXH bắt buộc.
Tuy nhiên, thời gian qua cũng như hiện nay, BHXH Hà Nội đã và đang đối mặt với một thách thức rất lớn là: Nợ đọng BHXH bắt buộc kéo dài với số lượng lớn của nhiều đơn vị doanh nghiệp. Tính đến tháng 6/2011, tổng số tiền nợ BHXH bắt buộc của các đơn vị với BHXH thành phố Hà Nội lên tới 542,6 tỷ đồng, chiếm 5,2% tổng số thu năm 2011, trong đó nợ từ 12 tháng trở lên chiếm tới 245,3 tỷ đồng.
Số tiền nợ nói trên đã phản ánh cơ chế thu BHXH bắt buộc còn nhiều bất cập, công tác thu BHXH còn nhiều khó khăn nhất là những doanh nghiệp nhà nước chuyển sang cổ phần thuộc các ngành giao thông, xây dựng, dệt may…tìm mọi cách đối phó. Lý do các doanh nghiệp đưa ra là: ảnh hưởng của suy thoái kinh tế việc sản xuất kinh doanh đình trệ, công trình xây dựng đã hoàn thành nhưng chủ đầu tư chưa thanh toán dẫn đến doanh nghiệp làm ăn thua lỗ, không có khả năng đóng BHXH bắt buộc cho người lao động.
Trước tình hình đó, BHXH Hà Nội đã triển khai rất nhiều biện pháp, như: Kiến nghị với UBND thành phố Hà Nội cho thành lập tổ công tác liên ngành chỉ đạo thu hồi nợ BHXH, với thành phần bao gồm: Thanh tra thành phố, Sở lao động – thương binh và xã hội, sở Y tế, sở Kế hoạch - đầu tư, sở Tài chính, Cục thuế, Liên đoàn lao động. Với những đơn vị cố tình nợ đọng kéo dài, BHXH Hà Nội kiên quyết hơn trong xử lý bằng cách khởi kiện ra tòa các đơn vị, doanh nghiệp này, buộc doanh nghiệp phải thực hiện nghĩa vụ của mình với người lao động. Với biện pháp mạnh mẽ này, BHXH Hà Nội đã thu hồi được 4 tỷ đồng sua khi khởi kiện thành công 9 doanh nghiệp ra tòa, bao gồm: Công ty TNHH một thành viên sản xuất thương mại và xuất khẩu lao động; Công ty tư vấn và xây dung Đông HảI; Công ty TNHH Nhà nước một thành viên Nghe nhìn Hà Nội; Công t TNHH sản xuất, xuất nhập khẩu đầu tư; Công ty cổ phần tư vấn xây dung Thương mại á Âu; Công ty cổ phần dịch vụ cơ điện lạnh TSC; Công ty cổ phần Hà Sơn; Công ty cổ phần Cavico xây dựng cầu hầm; Công ty cổ phần đầu tư và xây dựng công trình giao thông 874.