Doanh nghiệp có vốn ĐTNN tại Việt Nam là pháp nhân của nước Việt Nam, hoạt động theo luật pháp nước Việt Nam và các hiệp định, các điều ước quốc tế. Do đó, quá trình thành lập và vận hành doanh nghiệp nằm trong khuôn khổ pháp lý của nước Việt Nam, đóng góp lợi ích cho nước Việt Nam.
Về hình thức pháp lý của doanh nghiệp, Pháp luật hiện hành tại Việt Nam quy định tổ chức kinh tế 100% vốn của nhà ĐTNN hoặc tổ chức kinh tế liên doanh giữa các nhà đầu tư trong nước và nhà ĐTNN thành lập doanh nghiệp có vốn ĐTNN theo các loại hình công ty trách nhiệm hữu hạn, công ty cổ phần, công ty hợp danh theo quy định của Luật Doanh nghiệp Việt Nam 2005. Tuy nhiên thực tế Việt Nam là nước đang phát triển, thiếu vốn và ít kinh nghiệm trong quản lý kinh doanh cũng như quản lý nhà nước về doanh nghiệp có vốn ĐTNN, do đó, doanh nghiệp có vốn ĐTNN chủ yếu lựa chọn hình thức công ty trách nhiệm hữu hạn.
Về hành lang pháp lý, Việt Nam liên tục đưa ra các quy định, chính sách ưu đãi để thu hút vốn ĐTNN, thường xuyên sửa đổi, bổ sung và hoàn thiện hành lang pháp lý liên quan để tạo môi trường kinh doanh tốt nhất cho doanh nghiệp có vốn ĐTNN. Ví dụ như doanh nghiệp có vốn ĐTNN sẽ được hưởng các ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp nếu đáp ứng đủ các điều kiện về xuất khẩu hoặc doanh nghiệp mới thành lập.
Tuy nhiên, Việt Nam mới bước sang nền kinh tế thị trường, tiến hành mở cửa và hội nhập kinh tế quốc tế chưa được lâu, hành lang pháp lý cho doanh nghiệp vốn ĐTNN còn chưa vững vàng, các quy định quản lý lỏng lẻo, nhiều chỗ hổng. Hơn nữa thị trường kiểm toán tại Việt Nam còn khá non trẻ, do đó việc kiểm toán doanh nghiệp có vốn ĐTNN còn gặp nhiều khó khăn.
Cụ thể, về sự hiện hữu của doanh nghiệp có vốn ĐTNN ở Việt Nam, theo Tổng Cục Thống kê công bố ngày 29/6/2012, Việt Nam hiện có tới 983 doanh nghiệp có vốn ĐTNN không thể xác minh, trong đó, thành phố Hồ Chí Minh có 760 doanh nghiệp và Hà Nội có 161 doanh nghiệp có vốn ĐTNN. Những doanh nghiệp
thông thường “không thể xác minh” thực chất là các doanh nghiệp hoạt động trá hình, doanh nghiệp ma, thành lập để buôn bán hóa đơn thuế giá trị gia tăng, không thực hiện nghĩa vụ thuế và không có địa chỉ rõ ràng, hoặc các doanh nghiệp đã giải thể trong im lặng, không làm thủ tục "khai tử" khi không hoạt động thực sự. Còn các doanh nghiệp có vốn ĐTNN không thể xác minh này, theo đánh giá của cơ quan thống kê, nguyên nhân được xác minh chính là các nhà đầu tư có vốn ĐTNN làm thủ tục xin cấp phép dự án đầu tư, nhưng khi triển khai dự án, đã không xin được đất hoặc có nhiều nguyên nhân khác nên chủ doanh nghiệp bỏ trốn. Điều này cho thấy tính hiệu quả thấp của thể chế Việt Nam đối với cộng đồng doanh nghiệp có vốn ĐTNN.
Chính vì thế, để kiểm toán doanh nghiệp có vốn ĐTNN tại Việt Nam, Công ty kiểm toán cần nâng cao tính hoài nghi nghề nghiệp, xác định các rủi ro trọng yếu có thể xảy ra, các thủ thuật nhà đầu tư thường áp dụng để luật. Đặc biệt, kiểm toán viên cần nắm rõ các văn bản về doanh nghiệp có vốn ĐTNN, và các quy định hiện hành có liên quan. Đối với các văn bản đang mâu thuẫn, chưa rõ ràng và có nhiều cách hiểu thì Công ty kiểm toán cần có công văn chính thức hỏi Bộ Tài chính để được hướng dẫn cụ thể hơn.