CHƢƠNG 3 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN
3.1. Xây dựng cơ sở dữ liệu đoạn 582 cặp base vùng HV1DNA ty thể chó
3.1.1. Cơ sở dữ liệu đoạn 582 cặp base vùng HV1DNA ty thể chó
Bằng cơng cụ BLAST tìm trong cơ sở dữ liệu về DNA của GenBank, 5567 trình tự nucleotide có nguồn gốc từ các cá thể thuộc loài Canis lupus có độ tương
đồng cao với vùng trình tự HV1 của trình tự chuẩn (mã số truy cập GenBank U96639.2) được xác định và lưu trữ vào cơ sở dữ liệu. Trong số này, 1921 trình tự chỉ bao gồm một phần của đoạn trình tự 582 cặp base sẽ khơng được phân tích định loại haplotype. 3646 trình tự cịn lại được nhóm thành 804 nhóm dựa vào sự giống nhau và khác nhau của trình tự. Trong số 804 nhóm trình tự này, 319 nhóm trình tự được nhận diện là các haplotype đã được cơng bố, 485 trình tự cịn lại mang các bộ đột biến mới. Các trình tự DNA ty thể này thuộc về 15 phân loài khác nhau, trong đó, 4464 trình tự thuộc về phân lồi chó nhà (Canis lupus familiaris) (Bảng 3.1).
Bảng 3.1: Các lồi/phân lồi có trình tự DNA ty thể trong cơ sở dữ liệu
S T T Lồi/phân lồi Số lƣợng trình tự S T T Lồi/phân lồi Số lƣợng trình tự
1 Canis lupus 990 9 Canis lupus hodophilax 10
2 Canis lupus campestris 1 10 Canis lupus labradorius 1
3 Canis lupus chanco 41 11 Canis lupus laniger 2
4 Canis lupus desertorum 1 12 Canis lupus lupaster 10
5 Canis lupus dingo 28 13 Canis lupus lupus 3
6 Canis lupus familiaris 4464 14 Canis lupus pallipes 5
7 Canis lupus hattai 1 15 Canis lupus signatus 9
8 Canis lupus variabilis 1
Tổng cộng có 319 haplotype đã được ghi nhận bao gồm 234 haplotype thuộc haplogroup A, 49 haplotype thuộc haplogroup B, 20 haplotype thuộc haplogroup C,
9 haplotype thuộc haplogroup D, 4 haplotype thuộc haplogroup E và 3 haplotype thuộc haplogroup F (Phụ lục 6). Các haplotype trong mỗi haplogroup được đánh số liên tiếp nhau, tuy nhiên, trong các haplogroup xảy ra hiện tượng một số haplotype trong chuỗi đã khơng có. Ở haplogroup A, khơng có haplotype A37, A108, A118, A191, A211, A228-A244, A247, A250, A252, A253, A255-257, A259, A260, A263-A272, dù có haplotype nhóm A có số thứ tự cao nhất được công bố là A275. Ở haplogroup B, haplotype B55 là haplotype có số thứ tự cao nhất nhưng khơng có haplotype B31, B42, B43, B51, B53, B54. Tương tự, haplotype C9 và D9 cũng không được ghi nhận. Có lẽ do trong cộng đồng nghiên cứu thuộc lĩnh vực này khơng có cá nhân, tổ chức nào đảm nhiệm cơng việc đánh số thứ tự các haplotype nên công việc này diễn ra tự phát, hoặc người sau đánh số thứ tự của haplotype mới tiếp theo haplotype cao nhất mà họ biết, hoặc phỏng đoán số haplotype, hoặc do nhận định sai haplotype… Điều này cho thấy cần thiết phải có một cơng cụ quản lý việc đánh số các haplotype mới nhằm mang lại sự thống nhất của thông tin được chia sẻ trong cộng đồng.