Nhóm/giống chó Chỉ số đa dạng haplotype
Serra da Estrela 0,8520 ± 0,0299 Chó chăn cừu Bồ Đào Nha 0,4841 ± 0,1094
Chó Shepherd Đức 0,6842 ± 0,0917 Chó Maltese 0,8046 ± 0,0697 Kangal 0,8407 ± 0,0274 Chó Ngao Tây Tạng 0,8063 ± 0,0181 Shiba 0,8161 ± 0,0447 Jindo 0,7308 ± 0,0640 Pungsan 0,9064 ± 0,0244 Chó Thái Lan 0,9493 ± 0,0124
Chó lưng xốy Phú Quốc 0,9042 ± 0,0127
Chó nhà Việt Nam 0,8814 ± 0,0201
Các chỉ số đa dạng nucleotide và đa dạng haplotype ở chó lưng xốy Phú Quốc cũng như ở giống chó nhà Việt Nam đều ở mức cao. Cây phát sinh chủng loại thể hiện được vị trí và một phần mối quan hệ tương đối giữa các haplotype gần gũi. Để tìm hiểu rõ hơn về mối quan hệ giữa các haplotype trong giống chó lưng xốy Phú Quốc và chó nhà Việt Nam trong mẫu khảo sát, các haplotype thuộc haplogroup A, B, C, E trên cây phát sinh chủng loại được thể hiện thành dạng mạng lưới (Hình 3.12).
Hình 3.12: Kết hợp cây phát sinh chủng loại và mạng lưới thể hiện mối quan hệ của các haplotype
Mối quan hệ giữa các nút được xác định bởi phần mềm Arlequin 5.5, với dữ liệu là các trình tự 582 cặp base của 100 chó lưng xốy Phú Quốc và 100 chó nhà Việt Nam. Kích thước của nút (biểu thị haplotype) tỷ lệ thuận với số lượng cá thể mang haplotype tương ứng, trừ nút B1 do có số lượng cá thể rất lớn (n=45). Màu đỏ: chó lưng xốy Phú Quốc; màu xanh lục: chó nhà Việt Nam: màu xanh dương: haplotype trung gian đã được phát hiện trên thế giới; màu vàng:haplotype trung gian chưa được phát hiện trên thế giới. Dòng
Sự đa dạng trong các haplotype có thể xảy ra do q trình đột biến trong nội bộ quần thể, có thể là kết quả của sự di nhập di truyền từ quần thể khác. Trong mạng lưới trên, các haplotype ở chó nhà Việt Nam và chó lưng xốy Phú Quốc tạo thành một mạng lưới với các nút liên kết khá gần gũi nhau. Mỗi haplotype đều chỉ sai khác 1 hoặc 2 nucleotide so với haplotype gần nhất trong mẫu khảo sát, ngoại trừ An1 và A132 sai khác lần lượt 3 và 4 nucleotide so với haplotype gần nhất. Tuy nhiên, các haplotype này đều chỉ sai khác 1 nucleotide so với một haplotype đã được phát hiện trên thế giới. Cụ thể là An1 chỉ sai khác 1 nucleotide ở vị trí 15630 đối với haplotype A22 và 1 nucleotide ở vị trí 15632 so với haplotype A85. Haplotype A132 cũng sai khác 1 nucleotide ở vị trí 15464 so với haplotype gần nhất là A42. Haplotype A132 này cũng đã từng được phát hiện trong quần thể chó ở Việt Nam trong một nghiên cứu độc lập trước đây của Oskarsson và cộng sự [54]. Các haplotype có quan hệ gần gũi nhau cho thấy một khả năng lớn là quần thể chó lưng xốy Phú Quốc và chó nhà Việt Nam được hình thành từ rất ít các cá thể ban đầu. Trong cả hai giống chó khảo sát đều khơng có nhiều các haplotype có tần số thấp, cho thấy quần thể chó lưng xốy Phú Quốc và chó nhà Việt Nam đều đang ở trạng thái cân bằng hoặc suy giảm về kích thước quần thể.
Đáng chú ý, các haplotype A9 và A29 được phát hiện trong mẫu khảo sát của chó lưng xốy Phú Quốc và chó nhà Việt Nam. Đây là hai haplotype có ở chó dingo, trong đó chó mang haplotype A29 được xem như là thủy tổ của chó dingo ngày nay. Ngồi ra, trong giống chó nhà Việt Nam cũng có mang haplotype A200, là haplotype cũng được phát hiện ở dingo [72] và chưa từng được phát hiện ở nơi khác trên thế giới. Một điểm quan trọng khác, hai haplotype cổ Arc1 và Arc2 cũng được ghi nhận trong số mẫu chó lưng xốy Phú Quốc và chó nhà Việt Nam qua sự hiện diện của các haplotype A9 (ở cả hai giống chó khảo sát) và A7, A8, A75 (ở chó nhà Việt Nam). Do sự phân hủy DNA qua thời gian ở các mẫu cổ vật, các haplotype Arc1 và Arc2 chỉ được xác định dựa vào trình tự nucleotide từ vị trí 15458 đến 15720 của vùng HV1. So với các haplotype trong quần thể chó ngày nay, haplotype Arc1 có thể tương đương với các haplotype A3, A5, A6, A7, A8, A9 do
các haplotype này có vùng trình tự từ vị trí 15458 đến 15720 giống nhau và giống với Arc1. Tương tự, Arc2 tương đương với haplotype A75, A120, A192, A194. Các sai khác giữa các haplotype này đều nằm ngồi vùng trình tự nucleotide 15458- 15720.
Đặc biệt, trong quần thể chó lưng xốy Phú Quốc khảo sát, có tỷ lệ lớn các haplotype thuộc haplogroup E được ghi nhận (23%). Trong khi các haplotype A, B, C chiếm khoảng 97% các cá thể chó và phổ biến trên tồn thế giới (trừ nhóm C khơng có ở châu Mỹ) thì các haplotype thuộc ba nhóm haplogroup D, E và F là các haplogroup hiếm, chỉ chiếm chưa đến 3% cá thể chó trên thế giới và chúng chỉ phân bố giới hạn ở một số vùng lãnh thổ như Thổ Nhĩ Kỳ, Tây Ban Nha và vùng Scandinavia đối với haplogroup D; ở Siberia, Nhật Bản, Hàn Quốc, Indonesia, Thái Lan và Việt Nam đối với haplogroup E và chỉ ở Nhật Bản trong trường hợp haplogroup F [74]. Hiện tượng chỉ tồn tại với số lượng ít với vị trí phân bố hẹp gợi ý rằng những haplotype thuộc haplogroup D, E, F này có nguồn gốc từ lần thuần hóa thứ hai, là kết quả của q trình lai giữa sói cái và chó đực. Hiện tượng lai giữa chó sói cái và chó đực cũng đã được ghi nhận trong nghiên cứu trên nhiễm sắc thể Y trong quần thể chó sói ở Ý [33]. Nhiều nghiên cứu trước đây có thu thập các mẫu chó đều khơng phát hiện được các cá thể chó có haplotype thuộc haplogroup E hoặc có nhưng có tỷ lệ rất thấp [9], [40], [42], [54], [55], [74], [90]. Khơng tính các kết quả nghiên cứu trong đề tài này, đến nay chỉ có 13 cá thể chó mang haplotype E được ghi nhận trước đây bao gồm 3 mẫu mang haplotype E1 và 1 mẫu mang haplotype E4 tại Thái Lan, 3 mẫu E1 tại Hàn Quốc, 3 mẫu E1 tại Triều Tiên, 1 mẫu E1 tại Việt Nam, 1 mẫu E3 tại Indonesia và 1 mẫu E2 tại Siberia. Nghiên cứu của Pang và cộng sự [55] cũng bao gồm 7 cá thể chó lưng xốy Thái Lan và 3 cá thể chó lưng xốy Nam Phi nhưng tất cả cá thể này đều mang haplotype thuộc haplogroup A và haplogroup B, khơng có cá thể chó lưng xốy nào mang haplotype thuộc haplogroup E được ghi nhận.
3.3.3. Quan hệ di truyền của chó lưng xốy Phú Quốc với các giống chó khác
3.3.3.1. Quan hệ di truyền của chó lưng xốy Phú Quốc với các giống chó khác trên thế giới thế giới
Chó lưng xốy Phú Quốc, chó nhà Việt Nam cùng với 10 giống chó khác nhau trên thế giới đã được phân tích để đánh giá mức độ khác biệt di truyền giữa các giống chó nhằm khai thác thơng tin về mối quan hệ di truyền giữa chúng. Thơng tin về trình tự 582 cặp base vùng HV1 ở 10 giống chó này đã được cơng bố trước đây bởi các nhóm nghiên cứu khác nhau trên thế giới. Những trình tự được định loại haplotype theo hệ thống khác với hệ thống được sử dụng trong nghiên cứu này sẽ được định loại haplotype lại dựa trên các trình tự nucleotide đã cơng bố. Các giống chó được được khảo sát phân bố ở các vùng địa lý khác nhau, ở châu Âu có giống chó Serra da Estrela, chó chăn cừu Bồ Đào Nha [90], chó Shepherd Đức, vùng Địa Trung Hải có chó Maltese [83], ở cầu nối lục địa Á – Âu có chó Kangal (Thổ Nhĩ Kỳ) [42], [55], Đông Nam Á có chó Thái Lan [54], Đông và Đông Bắc Á có chó Ngao Tây Tạng [63], chó Shiba (Nhật Bản) [51], chó Jindo (Hàn Quốc) và chó Pungsan (Triều Tiên) [74] (Phụ lục 9).
Trong phân tích AMOVA, 12 giống chó khảo sát được phân thành 6 nhóm khác nhau theo vị trí phân bố của chúng (Phụ lục 10). Giống chó Serra da Estrela, chó chăn cừu Bồ Đào Nha, Shepherd Đức và chó Maltese được xếp vào nhóm chó châu Âu; giống chó Kangal được xếp vào nhóm chó Thổ Nhĩ Kỳ; giống chó Shiba, Jindo, Pungsan được xếp vào nhóm chó Đơng Bắc Á; chó Ngao Tây Tạng được xếp vào nhóm chó Trung Quốc; chó Thái Lan được xếp vào nhóm chó Thái Lan, chó lưng xốy Phú Quốc và chó nhà Việt Nam được xếp vào nhóm chó Việt Nam. Kết quả phân tích cũng ghi nhận tương tự như ở nhiều nghiên cứu trước đây [79], [90] rằng sự khác biệt di truyền giữa các quần thể chó ở quy mơ khu vực thường không cao. Trong khảo sát này, sự khác biệt di truyền giữa các nhóm chó ở các khu vực địa lý khác nhau tương ứng với 13% sự đa dạng của các quần thể chó trên thế giới (Bảng 3.14). Sự đa dạng di truyền trong tồn bộ các quần thể chó chủ yếu là do sự khác biệt di truyền giữa các cá thể trong mỗi quần thể (giống) chó (78,85%). Tuy
mức độ khác biệt di truyền giữa các giống chó cũng chỉ tương ứng với 8,15% sự đa dạng của các quần thể chó nhưng sự khác biệt này, cũng như tất cả các sự khác biệt di truyền giữa các nhóm chó ở các khu vực địa lý khác nhau và giữa các cá thể trong mỗi quần thể đều có ý nghĩa về mặt thống kê (p<0.05).