Vùng siêu biến 2 (Hypervariable region 2 – HV2): nằm ở đầu 3’ của vùng CR, dài khoảng 350 cặp base, có tốc độ tiến hóa chậm hơn HV1 từ 10 – 20 lần. Đây là vùng bảo thủ nhất có chứa một số đơn vị cấu trúc mà trình tự sắp xếp của chúng khơng thay đổi ngay cả ở bậc phân loại họ [67].
Một đoạn trình tự lặp lại (Variable number tandem repeat – VNTR): nằm giữa HV1 và HV2 với 10 nucleotide lặp lại (5’-GTACACGT(A/G)C-3’) khoảng 30 lần (16.130 – 16.430). Số lần lặp lại tùy vào mỗi cá thể nên trình tự này gây ra khó khăn trong q trình nghiên cứu và thường được loại đi khi phân tích di truyền vùng CR [73].
1.4. Các nghiên cứu về nguồn gốc tiến hóa, phát sinh chủng loại và đa dạng di truyền của chó truyền của chó
1.4.1. Các nghiên cứu khảo cổ
Nguồn gốc của các lồi được thuần hóa hiếm khi được ghi chép rõ ràng. Số lượng, thời điểm và địa điểm của những sự kiện khởi đầu q trình này có lẽ khó được xác định do những ghi nhận khảo cổ học không liền mạch [94], [95]. Vấn đề khó khăn này được minh họa rõ nét với trường hợp của chó nhà. Dữ liệu khảo cổ học có được cho phép kết luận nguồn gốc của chó nhà có thể xuất phát từ một hoặc nhiều con chó sói xám, hoặc chó rừng lơng vàng Canis aureus [95]. Tuy nhiên, tiêu chuẩn duy nhất được sử dụng để phân biệt chó và chó sói ở những khu vực khảo cổ là hình dạng xương. Hầu hết các lồi chó hiện nay đều có hình thái khác biệt với cả chó sói và chó rừng vàng. Sự khác biệt này thường được dùng để phân biệt giữa các lồi ở thực địa. Do đó, chỉ những lồi có hình thái khác biệt nhau mới có thể phân biệt được, và giai đoạn khởi đầu của quá trình thuần hóa của chó, khi mà những
khác biệt về kiểu hình cịn rất ít, nên khơng được xác định. Thậm chí đối với hàng trăm giống chó hiện diện ngày nay, vốn chỉ xuất hiện trong vài trăm năm trở lại đây, thì thời điểm xuất hiện và hình thành giống mới cũng khơng được xác định [68].
Mặc dù có nhiều bản vẽ hoặc bản viết từ thời cổ đại thể hiện sự tồn tại của một số giống chó, nhưng khởi nguồn của các giống chó này vẫn hầu như khơng thể được biết cặn kẽ. Những mẫu chó hóa thạch lâu đời nhất có thể phân biệt được với chó sói thể hiện ở hộp sọ với phần mũi to và ngắn, và kích thước cuống não lớn. Dựa trên kích thước hộp sọ, những con chó đầu tiên được xác định là lớn hơn hay bằng chó sói. Dựa theo các mẫu hóa thạch, khoảng chừng 14000 năm trước đã có sự đa dạng về kích thước của các giống chó. Tchernov và Valla (1997) cơng bố tìm thấy những hóa thạch của chó thu thập tại một khu mộ cổ ở bắc Israel, được xác định có niên đại khoảng 11.000 năm trước đây, là con chó trưởng thành có khối lượng nhỏ, khoảng 11 kg, trong khi những con khác có trọng lượng lên đến 16,7 kg [86]. Sự xuất hiện của con chó có kích thước nhỏ vào thời kỳ này tương ứng với sự thay đổi điều kiện sống của người từ văn hóa săn bắt - hái lượm sang trồng trọt. Có lẽ việc trồng trọt cần phải định cư, ít gặp thú dữ nên các con chó có kích thước nhỏ, chiếm ít khơng gian sống hơn trở nên thích hợp hơn với con người. Các giống chó khác nhau với các đặc điểm khác nhau cũng dần được thể hiện qua các bản vẽ ở từng thời kỳ (Hình 1.6). Các bản vẽ được xác định của người Ai cập cổ đại từ 6500 trước đã thể hiện hình ảnh giống chó đua với chân dài và chân mảnh, và với nhiều màu lông khác nhau. Nhiều đồ trang sức được xác định khoảng từ 4000 đến 3000 năm trước cơng ngun có khắc hình các giống chó khác nhau, ngồi chó săn cịn có các con chó lơng xù, kích thước nhỏ. Thời kỳ này, loài người bắt đầu thiết lập cuộc sống ở các đơ thị (người Sumer, ở phía Nam Lưỡng Hà, Iraq ngày nay) nên có lẽ cần các giống chó khác nhau đảm nhận các cơng việc khác nhau như tham gia săn bắn, canh giữ nông trại, diệt chuột gây hại mùa màng hoặc chỉ để làm cảnh…
Khoảng 1400 trước đây, bắt đầu có những ý tưởng đầu tiên về bảo tồn giống. Người Salish ở Bắc Mỹ ni được giống chó có lơng dài và dày để lấy lông làm nguyên liệu để may chăn giữ ấm. Nhận thức được giá trị kinh tế của giống chó này,
họ đã giữ chúng ở điều kiện cô lập tuyệt đối, thường nuôi trên các đảo hoặc trong hang để tránh việc giao phối với các giống chó có lơng thơng thường khác.
Với việc thành lập các câu lạc bộ những người chơi chó giống nào cuối thế kỷ 19 - đầu thế kỷ 20, các luật lệ về lai giống chó được đặt ra. Các tiêu chuẩn nhận diện các giống chó được đặt ra thành văn bản. Những tiêu chuẩn của mỗi giống chó được ghi nhận và đặt ra bao gồm kích thước đặc trưng, hình dạng, màu lơng, và đơi khi bao gồm cả tập tính nữa. Những luật lệ này có hai tác động quan trọng lên việc hình thành và phát triển các giống chó: (1) Chúng tạo điều kiện hợp lệ cho việc ra đời một giống chó mới, vì những thay đổi nhỏ trong kiểu hình sẽ hình thành một bộ tiêu chuẩn mới để hình thành một giống chó mới; (2) về mặt di truyền, luật quy định để một chó con được đăng ký thuộc một giống chó nào đó thì bố mẹ chúng đều là những con chó đã được đăng ký và chứng nhận thuộc giống chó đó.
Cho đến nay đã có rất nhiều giống chó khác nhau ra đời với kích thước khác nhau (giống này có thể có kích thước gấp 50 lần giống kia), hình dáng thân khác nhau, hình dáng đầu khác nhau và có tập tính khác nhau.