Để tìm hiểu rõ hơn về sự khác biệt di truyền, đặc biệt là giữa chó lưng xốy Phú Quốc và các giống chó khảo sát, khoảng cách di truyền giữa các giống chó được tính dựa trên chỉ số DA theo phương pháp của Nei và Li [50]. Kết quả phân tích cho thấy chó lưng xốy Phú Quốc có mối quan hệ di truyền gần gũi nhất với chó nhà Việt Nam (Hình 3.13) với khoảng cách di truyền là 0,33899, điều này có thể được dự đốn khi có sự chia sẻ số lượng lớn các haplotype giữa hai giống chó này. Việc cùng chia sẻ mơi trường sống và gần gũi về mặt di truyền gợi ý rằng hai giống chó này có tổ tiên chung, hoặc giống chó này có nguồn gốc từ giống chó kia. Khoảng cách di truyền của chó lưng xốy Phú Quốc với các giống chó khác cũng khá tương ứng với khoảng cách địa lý theo con đường hai con đường di cư của chó do Wang và cộng sự (2016) cơng bố [96]. Theo đó, chó nhà có nguồn gốc từ chó sói cách đây hơn 33.000 ngàn năm. Vị trí chúng xuất phát được cho là tại Đông Nam
Nguồn biến thiên Tổng bình phƣơng sai khác Độ biến thiên Tỷ lệ phần trăm biến thiên Chỉ số F Giá trị P Giữa các nhóm chó 512,086 0,55663 13 0,13001 0,01369 Giữa các quần thể trong nhóm 111,69 0,348993 8,15 0,09369 0 Trong nội bộ quần thể 2538,619 3,37582 78,85 0,21152 0 Tổng cộng 3162,395 4,28145 100
châu Á, quanh vùng rìa biên giới giữa Việt Nam và Trung Quốc ngày nay, sau đó phát tán ra khắp thế giới. Ở vùng này, sự đa dạng di truyền là cao nhất rồi giảm dần theo quãng đường di cư của chó nhà. Nhận định này cũng đã tái xác nhận kết quả trước đó của Pang và cộng sự [55] khi nghiên cứu trên DNA ty thể rằng chó nhà có nguồn gốc ở phía Nam sơng Dương Tử, Trung Quốc khoảng 16.000 năm trước. Từ vị trí này, chó nhà theo hai con đường di cư chính khác nhau, một nhánh di cư lên phía Bắc sơng Dương Tử, một nhánh di cư về phía đơng, qua vùng Đơng Nam Á, đến Trung Đơng. Tại đây, một nhóm chó tiếp tục di cư về phía Thổ Nhĩ Kỳ rồi đến châu Âu, và một nhóm chó khác đã di cư ngược về phía Bắc sơng Dương Tử, kết hợp với nhóm chó sẵn có tại đây, di cư lên phía Nga ngày nay rồi tiến về Tân Lục Địa. Gần gũi nhất với chó nhà Việt Nam, khoảng cách di truyền của chó lưng xốy Phú Quốc tăng dần khi so sánh với giống chó Kangal (Thổ Nhĩ Kỳ), đến giống chó Maltese (vùng Địa Trung Hải), rồi đến các giống chó Bồ Đào Nha, của Đức. Tương ứng với con đường di cư thứ hai, khoảng cách di truyền giữa chó lưng xốy Phú Quốc và chó Pungsan (Triều Tiên) cũng khá thấp rồi tăng dần lên khi so với giống chó Shiba (Nhật Bản) rồi Jindo (Hàn Quốc). Giống chó khác biệt lớn nhất với chó lưng xốy Phú Quốc là chó Ngao Tây Tạng với khoảng cách di truyền lên đến 4,24085. Không chỉ khác biệt lớn với chó lưng xốy Phú Quốc, có thể thấy chó Ngao Tây Tạng có khoảng cách di truyền lớn với hầu hết các giống chó khác trong khảo sát này. Khoảng cách địa lý và địa hình cách biệt của vùng cao nguyên Tây Tạng với các vùng cịn lại có lẽ là rào cản ngăn việc giao phối tự nhiên giữa giống chó này với các giống chó khác trên thế giới.
Một điểm đáng chú ý là chó Thái Lan khơng quá gần gũi về mặt di truyền với chó nhà Việt Nam nhưng lại gần gũi với nhóm chó Đơng Á bao gồm Shiba, Jindo và Pungsan. Khoảng cách di truyền giữa chó lưng xốy Phú Quốc và chó Thái Lan lên đến 2,27668, gần gấp 7 lần so với khoảng cách di truyền giữa chó lưng xốy Phú Quốc và chó nhà Việt Nam (0,33899). Đây là cơ sở cho phép khẳng định chó lưng xốy Phú Quốc có nguồn gốc từ chó nhà Việt Nam, khơng phải từ chó Thái Lan như những phỏng đốn trước đây.
Hình 3.13: Khoảng cách di truyền ước tính giữa một số giống chó trên thế giới
Khoảng cách di truyền giữa một số giống chó trên thế giới được thể hiện tỷ lệ thuận với độ đậm của màu xanh. Số liệu cụ thể của mỗi khoảng cách được trình bày trong
Phụ lục 11
3.3.3.2. Quan hệ di truyền của chó lưng xốy Phú Quốc và chó nhà Việt Nam
Mối quan hệ di truyền gần gũi giữa chó lưng xốy Phú Quốc và chó nhà Việt Nam được tiếp tục làm rõ thêm với phân tích AMOVA. Trong phân tích này, tất cả các mẫu chó nhà Việt Nam và chó lưng xốy Phú Quốc trong nghiên cứu của đề tài được phân chia thành hai nhóm: nhóm chó lưng xốy Phú Quốc và nhóm chó nhà Việt Nam. Nhóm chó lưng xốy Phú Quốc bao gồm quần thể chó lưng xốy Phú Quốc sống tại Phú Quốc và quần thể chó lưng xốy Phú Quốc sống tại Thành phố
Hồ Chí Minh; nhóm chó nhà Việt Nam bao gồm quần thể chó nhà sống tại Kiên Giang, và quần thể chó nhà sống tại Thành phố Hồ Chí Minh và vùng phụ cận.
Kết quả phân tích AMOVA cho thấy chó lưng xốy Phú Quốc và chó nhà Việt Nam khơng có sự sai khác di truyền đáng kể (Bảng 3.15). Trong sự đa dạng quần thể chó sống tại Việt Nam nói chung, sự khác biệt giữa chó lưng xốy Phú Quốc và chó nhà Việt Nam cũng rất nhỏ, chỉ tương ứng với 4,38% sự đa dạng quần thể. Sự khác biệt giữa ba quần thể nhỏ có giá trị âm (được xem như bằng 0 trong phân tích AMOVA [20], [89]) cho thấy có sự tương đồng di truyền lớn giữa các quần thể này. Sự đa dạng trong quần thể chó sống tại Việt Nam nói chung chủ yếu là do sự đa dạng di truyền giữa các cá thể trong các quần thể mà khơng phụ thuộc vào vị trí địa lý (khoảng 96%). Giá trị thống kê F thấp cùng với giá trị p lớn (>0,05) cho thấy sự khác biệt giữa các quần thể chó này khơng có ý nghĩa thống kê, hay nói cách khác, cho phép khẳng định về sự tương đồng di truyền giữa các quần thể chó sống tại Việt Nam. Như vậy, chó lưng xốy Phú Quốc và chó nhà Việt Nam nói chung có mối quan hệ di truyền rất gần gũi nhau, có cùng tổ tiên chung, và phân hóa thành hai nhánh rất muộn so với các giống chó khác.