Cây phát sinh chủng loại được thiết lập từ 375 trình tự vùng 582 cặp base bằng phương pháp Neighbor-Joining với 2000 lần lặp lại. Nhóm ngoại bao gồm các trình
tự của Canis latrans được lược bỏ. Các nhánh thuộc haplogroup C, D, E, F được nhóm lại (các hình tam giác màu đen). Nhánh haplogroup A khơng được thể hiện trong hình. Nhánh haplogroup B được trình bày chi tiết cho thấy bao gồm các trình
tự JF342842.1, EU223476.1, AF531723.1, EU816542.1, HM560915.1, HQ452475.1, JF342826.1, HM560920.1, EU223589.1, JF342908.2, KF661056.1.
Các ưu điểm của việc định loại haplotype bằng công cụ Haplotype identifier so với phương pháp xây dựng cây phát sinh chủng loại có thể được tóm tắt trong bảng sau (Bảng 3.5):
Bảng 3.5: So sánh việc định loại haplotype bằng Haplotype identifier và bằng xây dựng cây phát sinh chủng loại
Haplotype identifier Xây dựng cây phát sinh chủng loại Trình tự có haplotype trùng với haplotype đã công bố Xác định được chính xác haplotype Khơng xác định được Trình tự có haplotype khơng trùng với haplotype đã công bố
Xác định được haplogroup Xác định được haplogroup
Thời gian xác định haplotype
Nhanh (~ 1 giây/trình tự) Thời gian xác định lâu, tùy vào phương pháp sử dụng (10 phút đến 8 giờ)
Phần mềm chuyên dụng
Không cần Cần
Yêu cầu kinh nghiệm Người dùng không cần biết kỹ thuật định loại haplotype
Người dùng phải nắm được kỹ thuật xây dựng cây phát sinh chủng loại
Sự trùng khớp kết quả xác định haplogroup của hai phương pháp và khả năng nhận diện chính xác haplotype của trình tự cho thấy công cụ xác định haplotype đã hoạt động tốt, có thể được sử dụng để xác định các haplotype của các trình tự khác trong cơ sở dữ liệu, và các trình tự của chó lưng xốy Phú Quốc, phục vụ cho các nghiên cứu tiếp theo.
để sử dụng miễn phí thơng qua mạng Internet tại http://chd.vnbiology.com. Việc xác định nhanh haplotype của một đoạn 582 cặp base vùng HV1 DNA ty thể trong đề tài sẽ được thực hiện bằng công cụ này.