Hệ thống Tòa án của nước ta được tổ chức theo địa giới hành chính, chia làm 3 cấp: Cấp huyện, tỉnh và trung ương. Chính vì vậy, tỉnh Vĩnh Phúc trong thời gian qua (từ khi Luật tổ chức Tòa án nhân dân năm 2002 có hiệu lực đến nay) thực hiện Nghị định của Chính Phủ về chia, tách, điều chỉnh địa giới cấp huyện thì năm 2003 tỉnh Vĩnh Phúc có 6 huyện và 1 thị xã, năm 2004 chia tách, điều chỉnh và thành lập mới 01 thị xã và 01 huyện, đến năm 2008, thực hiện Nghị quyết của Ủy ban thường vụ Quốc hội thì 01 huyện chuyển về Hà Nội, năm 2009 thành lập thêm 01 huyện mới. Với sự điều chỉnh về địa giới hành chính như trên, Tịa án nhân dân ở tỉnh Vĩnh Phúc cũng như cơ cấu, tổ chức của Tòa án nhân dân tỉnh Vĩnh Phúc cũng được điều chỉnh theo. Cụ thể, năm 2004 thành lập thêm 02 Tòa án nhân dân cấp huyện (TAND thị xã Phúc Yên và TAND huyện Tam Đảo); năm 2008 Tòa án nhân dân cấp huyện (TAND huyện Mê Linh) chuyển về Hà Nội; năm 2009, 01 Tòa án nhân dân huyện được thành lập (TAND huyện Sông Lô). Như vậy, cho đến nay hệ thống tổ chức Tịa án tỉnh Vĩnh Phúc gồm có Tòa án nhân dân tỉnh và 09 Tòa án nhân dân cấp huyện.
Thực hiện quy định tại Điều 27 của Luật tổ chức Tòa án nhân dân năm 2002, cơ cấu tổ chức của Tòa án nhân dân tỉnh Vĩnh Phúc gồm: Ủy ban Thẩm phán, các Tịa chun trách (Hình sự, Dân sự, Kinh tế, Hành chính, Lao động) và bộ máy giúp việc (được thực hiện đúng theo Quyết định số 17/2003/TCCB ngày 17/2/2003 của Chánh án Tòa án nhân dân tối cao được Ủy ban thường vụ Quốc hội phê chuẩn bộ máy giúp việc của Tòa án nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương gồm có: Văn phịng, Phịng giám đốc kiểm tra, Phòng Tổ chức - Cán bộ); Tòa án nhân dân cấp huyện được thực hiện đúng theo quy định tại Điều 32 của Luật tổ chức Tòa án nhân dân năm 2002.
Tháng 10 năm 2002, khi tiếp nhận công tác quản lý tổ chức từ Sở tư pháp Vĩnh Phúc chuyển giao, toàn ngành Toà án nhân dân tỉnh Vĩnh Phúc chỉ có 116 người, được phân làm 2 cấp, cấp huyện có 7 tồ với 70 người, trong đó
có 36 Thẩm phán; cấp tỉnh có 46 người, trong đó có 15 Thẩm phán. Về trình độ, có 08 người có trình độ Thạc sỹ Luật, 98 người có trình độ Đại học, 11 người trình độ luân huấn, cao đẳng, 06 người có trình độ trung cấp và có 14 người có trình độ cử nhân, cao cấp lý luận chính trị. Năm 2006, Ban cán sự Đảng Tòa án nhân dân tỉnh Vĩnh Phúc xây dựng Nghị quyết về việc tuyển dụng cán bộ cơng chức ngành Tịa án. Theo đó, một trong những chỉ tiêu bắt buộc đối với tuyển dụng ngạch Thư ký là phải tốt nghiệp Đại học luật hệ chính quy, những cán bộ, Thẩm phán được tuyển dụng trước đó chưa có bằng Cử nhân luật được cơ quan tạo điều kiện cho đi học Đại học. Chính vì vậy, đến nay, toàn ngành Toà án nhân dân ở tỉnh Vĩnh Phúc có 153 biên chế được phân bổ, Tịa án nhân dân tỉnh có 51 người (thiếu 04 biên chế), Tịa án nhân dân cấp huyện có 102 người, trong đó có 54 Thẩm phán; cấp tỉnh có 17(cịn thiếu 6 Thẩm phán) , cấp huyện có 37 Thẩm phán; trong đó: 14 người có trình độ Thạc sỹ luật, 10 người đang theo học Thạc sỹ luật, 141 người có trình độ Đại học, 12 người có trình độ Cao đẳng, trung cấp (đối với những ngạch: Kế toán, Kỹ thuật viên đánh máy và Nhân viên Văn thư - Lưu trữ), 20 người có trình độ cử nhân, cao cấp lý luận chính trị. Đối với cơng tác cán bộ ngành Tịa án Vĩnh Phúc từng bước được kiện tồn, cơng khai hóa, thực hiện chính sách ln chuyển cán bộ giữa Tòa án nhân dân tỉnh và Tòa án nhân dân cấp huyện và giữa các Tòa án nhân dân huyện với nhau. Bố trí cán bộ phù hợp với năng lực trình độ nhằm phát huy cao nhất khả năng của cán bộ, cơng chức. Qua đó, trong những năm qua, toàn ngành Toà án nhân dân tỉnh Vĩnh Phúc đã đạt được những thành tựu lớn trong việc xây dựng, kiện toàn cơ cấu tổ chức đáp ứng việc thực hiện chức năng nhiệm vụ bảo vệ pháp chế xã hội chủ nghĩa và giáo dục cơng dân trong tồn xã hội nói chung, trên địa bàn tỉnh Vĩnh Phúc nói riêng.
Với cơ cấu tổ chức như vậy cùng với những điều kiện về cơ sở vật chất, trang thiết bị hoạt động tương đối đầy đủ đã tạo điều kiện cho cán bộ, thẩm phán làm tốt công tác chuyên môn. Bên cạnh những thuận lợi ngành Toà án
nhân dân tỉnh Vĩnh Phúc cũng gặp khơng ít khó khăn như thiếu Thẩm phán ở cả cấp huyện và cấp tỉnh, một số cán bộ, Thẩm phán trình độ cịn hạn chế nên khi giải quyết án còn lúng túng, bị động ảnh hưởng đến chất lượng chuyên mơn. Tuy nhiên nhận thức được những khó khăn lãnh đạo ngành đã dựa trên quy chế làm việc bố trí cơng việc một cách khoa học, nghiêm túc đồng thời tích cực kiểm tra uốn nắn khắc phục thiếu sót và biểu dương những thành tích, những cá nhân làm tốt. Đến năm 2009 ngành Toà án nhân dân tỉnh Vĩnh Phúc lấy khâu đột phá trong công tác giải quyết các loại án là nâng cao chất lượng viết bản án và phát hành bản án, theo đó chỉ đạo và yêu cầu các Thẩm phán phải hết sức thận trọng trong câu chữ, trong nhận định và đánh giá chứng cứ, kết quả đã có những chuyển biến tích cực.