Hiệp ước Basel II cũng giao cho cơ quan quản lý NH xem xét đánh giá xem TCTD có đủ tiêu chuẩn sử dụng hệ thống đánh giá rủi ro nội bộ để phân loại rủi ro tài sản của TCTD. Nhưng trong thực tế tại VN, NHNN, cơ quan quản lý lại khơng đủ trình độ để kiểm chứng hệ thống đánh giá rủi ro của các TCTD có đúng hay khơng. Việc giám sát cũng mang tính giám sát tuân thủ hơn là giám sát rủi ro.
Ngày 30/7/2009, NHNN đã cơng bố quyết định của Thủ tướng Chính phủ về việc thành lập Cơ quan TTGS ngân hàng trực thuộc NHNN. Cùng với đó là nhiệm vụ đánh giá, phân tích mức độ rủi ro, năng lực quản trị rủi ro và tình hình tài chính, hoạt động của đối tượng được thanh tra, giám sát; phát hiện và đưa ra cảnh báo các rủi ro gây mất an toàn hoạt động NH và nguy cơ dẫn đến vi phạm pháp luật về tiền tệ, hoạt động NH, cũng như kiến nghị các biện pháp ngăn chặn,
xử lý rủi ro và các hành vi vi phạm. Tuy nhiên, thực tế các hoạt động của Cơ quan TTGS NH cũng chỉ mang tính giám sát tuân thủ hơn là giám sát rủi ro.
Đồng thời, công nghệ để thực hiện việc giám sát ngân hàng của VN còn nhiều hạn chế, việc cập nhật các báo cáo thơng tin để đánh giá cịn mang tính thơ sơ (báo cáo giấy), các tiêu chuẩn chung cho việc thiết lập các báo cáo chưa cụ thể dẫn đến số liệu báo cáo của các NHTM cịn chưa chính xác cho việc đánh giá.. Công nghệ cho việc kiểm tra các thông tin báo cáo có khớp đúng chưa có.
Trong cơ quan giám sát, chất lượng nguồn nhân lực chưa cao, chưa đồng đều. Trong thời gian qua có những thời điểm nhu cầu nguồn nhân lực NH gia tăng đột biến, hình thành sự chuyển dịch lao động bất hợp lý, ảnh hưởng đến chất lượng nguồn nhân lực của NH. Theo báo cáo của NHNN, đội ngũ nhân viên NH được đào tạo ở bậc thạc sĩ và tiến sĩ chiếm chưa đầy 10%, trình độ đại học chiếm khoảng 61%, kỹ năng nghề nghiệp vẫn còn hạn chế, khả năng tiếp cận và xử lý cơng việc theo nhóm cịn gặp nhiều khó khăn.