Phát triển dịch vụ NHĐT còn giúp cho NHTM nâng cao hiệu quả quản lý. Hiệu quả quản lý ở đây muốn đề cập đến việc giảm thiểu được các chi phí hoạt động của ngân hàng thương mại như: chi phí tiếp thị, chi phí nhân viên, chi phí giấy tờ tài liệu, các chi phí vận hành giao dịch, các chi phí quản lý khác.
Hiệu quả quản lý cịn được nhìn nhận một cách rõ hơn khi chúng ta so sánh giữa kênh phân phối truyền thống với dịch vụ NHĐT. Chẳng hạn khi một giao dịch chuyển khoản được thực hiện, nếu giao dịch ở kênh phân phối truyền thống khách hàng phải đến trực tiếp ngân hàng xuất trình ủy nhiệm thanh tốn ( ủy nhiệm chi, lệnh chi) cho ngân hàng, chứng từ này được ghi đầy đủ các yếu tố một cách chính xác, nếu khách hàng cung cấp sai bất kỳ yếu tố nào trên ủy nhiệm thanh tốn thì khách hàng phải hoàn thành lại cho đến khi ủy nhiệm thanh tốn đó đúng và được ngân hàng chấp nhận. Sau khi chứng từ giao dịch của khách hàng hợp lệ thì giao dịch viên ngân hàng sẽ thực hiện lệnh thanh toán cho khách hàng bằng những bút tốn ghi có và ghi nợ, đồng thời giao dịch viên lưu chứng từ. Chứng từ giao dịch phải được thực hiện kiểm soát bởi một kiểm soát viên ngân hàng. Tuy nhiên, nếu so với giao dịch truyền thống thì giao dịch qua NHĐT sẽ đơn giản hơn, khách hàng chỉ ở nhà, ở cơ quan hoặc bất kỳ nơi nào miễn là có kết nối dịch vụ, họ có thể thực hiện lệnh chuyển khoản thơng qua chiếc máy vi tính hoặc điện thoại di động, lệnh thanh toán sẽ được hệ thống điện tử ngân hàng thực hiện một cách tự động, chứng từ giao dịch cũng là chứng từ điện tử. Do đó, khi thực hiện phân tích và so sánh thì cho ta thấy rằng giao dịch qua NHĐT giúp cho ngân hàng tiết kiệm được nhiều khoản chi
phí, tiết kiệm được nhân sự. Không chỉ thế, rủi ro khi thất lạc chứng từ giao dịch dường như được xử lý hồn tồn. Như vậy, dịch vụ NHĐT khơng những giúp cho NHTM tối thiểu được các chi phí hoạt động kinh doanh mà cịn góp phần làm giảm thiểu rủi ro giao dịch.
Song song với việc giảm thiểu chi phí hoạt động và giảm rủi ro là mang lại cho NHTM một danh tiếng tốt khi phát triển dịch vụ NHĐT. Vì những thuận tiện, an tồn, nhanh chóng mà dịch vụ ngân hàng điện tử mang lại cho khách hàng càng nhiều, họ càng thích sử dụng và đương nhiên hình ảnh thương hiệu của ngân hàng sẽ không ngừng được nâng lên trong lịng khách hàng của họ.
Chính từ việc chi phí được giảm, rủi ro được hạn chế, hình ảnh được tạo dựng làm cho hiệu quả kinh doanh của ngân hàng được tăng lên. Lợi nhuận được tạo ra, nhiều khách hàng biết đến làm cho tốc độ tăng trưởng được cải thiện.