ngân hàng nước ngoài được phép thành lập ngân hàng 100% vốn nước ngoài tại Việt Nam, điều này dẫn đến các Ngân hàng nội địa sẽ bị san sẻ thị phần. Nhận thức được thách thức của hội nhập, NHNo&PTNT Việt Nam đã có từ rất sớm một chương trình mang tính định hướng chiến lược, tập trung vào các mục tiêu chính như: Nâng cao năng lực tài chính; xây dựng nền tảng cơng nghệ hiện đại; phát triển hàng loạt các sản phẩm dịch vụ; áp dụng các thông lệ quốc tế tốt nhất trong cơ cấu tổ chức và quản trị điều hành, quản lý rủi ro.
Bước đi của NHNo&PTNT Việt Nam là nhắm vào phát triển chiều sâu với mục tiêu dài hạn, hơn là đưa ra những biện pháp mang tính đối phó. Trên nền tảng tái cơ cấu: NHNo&PTNT tiếp tục phát triển cơ cấu tổ chức phù hợp; ứng dụng cơ chế quản trị điều hành hiện đại theo các chuẩn mực quốc tế; áp dụng các mô thức quản trị rủi ro hữu hiệu và theo tập quán, thông lệ quốc tế tốt nhất; phát triển mạng lưới hoạt động nhằm đưa các sản phẩm dịch vụ tới gần các đối tượng khách hàng, người dân hơn nữa; tiếp tục chủ động ứng dụng các công nghệ mới nhất trong hoạt động ngân hàng… Qua đó, nâng cao chất lượng huy động vốn, tín dụng, hiệu quả hoạt động kinh doanh đa năng, nâng cao năng lực cạnh tranh và sẵn sàng đón nhận thách thức của kinh tế thị trường và hội nhập [2, tr.1].
Một yếu tố thách thức cũng khơng kém phần quan trọng, đó là sự bảo hộ: Lâu nay các NHTM trong nước đang được Nhà nước ta bảo hộ khá nhiều. Tuy nhiên, cần phải nhìn nhận một thực tế là, cùng với quá trình Việt Nam gia nhập WTO, sức ép cạnh tranh đến từ các ngân hàng nước ngoài đang ngày càng gia tăng. Do vậy, phải chuẩn bị đối mặt với sự cạnh tranh khi bị giảm bảo hộ là việc cần thiết đối với các ngân hàng trong nước, trong đó có NHNo&PTNT hiện nay.