Đối với một số doanh nghiệp FDI theo hình thức liên doanh, phía đối tác nước ngồi dùng nhiều thủ đoạn nâng cao giá thành sản phẩm thông qua các hoạt động như quảng cáo, mua nguyên vật liệu từ nước ngoài, dẫn đến tình trạng thua lỗ giả và làm giảm tỷ lệ phần vốn góp của phía Việt Nam trong liên doanh (thường chỉ là 30% bằng quyền sử dụng đất). Do đó, hoặc là phía Việt Nam phải tăng vốn góp hoặc là phải chuyển nhượng phần góp vốn của mình cho phía đối tác nước ngồi, từ đó chuyển thành doanh nghiệp 100%
vốn nước ngồi, gây nên thất thốt trong quản lý kinh tế. Vấn đề này còn gọi
là chuyển giá (transfering price).
Chuyển giá là những giao dịch về giá ẩn bên trong giao dịch giữa các công ty mẹ và các chi nhánh công ty con [56]. Những giao dịch về giá này được thực hiện dựa trên những tính tốn bên trong của các công ty xuyên quốc gia và giá của những giao dịch này không phản ánh đúng giá trị thị trường. Các công ty xuyên quốc gia thường sử dụng chuyển giá như là một biện pháp để hạch tốn lãi thành lỗ, lãi nhiều thành lãi ít, nhằm mục đích cuối cùng là thơn tính sở hữu đối với bên liên doanh trong nước, tránh đánh thuế chuyển lợi nhuận, thuế nhập khẩu và kiểm soát tỷ giá. Tác hại của lợi dụng chuyển giá không chỉ thiệt hại về mặt kinh tế mà còn tạo ra cạnh tranh bất bình đẳng giữa doanh nghiệp trong nước và doanh nghiệp FDI.
Theo số liệu của Cục Thuế Đà Nẵng, trong 6 tháng đầu năm 2006,
trong số trên 87 doanh nghiệp FDI trên địa bàn thành phố được cấp mã số thuế, doanh nghiệp có lãi chỉ chiếm 35% (cả nước khoảng 31%), số thuế thu nhập doanh nghiệp FDI là 13 tỷđồng đóng góp cho ngân sách, chiếm 10,19% tổng thu từ thuế thu nhập doanh nghiệp toàn thành phố (130,52 tỷ). So với tỷ lệ doanh thu, tổng nộp ngân sách ta thấy rõ là tỷ lệ thu nhập doanh nghiệp (lãi) của các doanh nghiệp FDI là quá thấp, có yếu tố giả tạo do chuyển giá. Một điều đáng lưu ý là, ởĐà Nẵng xu thế chuyển từ doanh nghiệp liên doanh thành doanh nghiệp 100% vốn nước ngoài ngày càng gia tăng (64,4% doanh nghiệp 100%; 31,8% doanh nghiệp liên doanh; năm 1997: 34% doanh nghiệp 100%, 64% doanh nghiệp liên doanh) [13]. Việc thực hiện chuyển giá gây thiệt hại kép cho phía Việt Nam.
Để chống hiện tượng chuyển giá, nghiệp vụ của cơ quan tài chính và cơ quan thuế phải rất cao trong giám sát doanh nghiệp. Trong khi đó, Sở Tài chính và Cục Thuế Đà Nẵng chưa có điều kiện để điều tra, xác minh, tiến hành phân tích, xác định thực tế giao dịch liên kết và rủi ro về gian lận qua chuyển nhượng. Việc phân tích phải bao gồm cả thu thập các thông tin về bên nước ngoài và về kinh tế ngành. Nhưng ở cấp địa phương, khó có thể tiến hành xác minh được vấn đề này, do thiếu trình độ, kinh phí, phân
cấp về thẩm quyền; hơn nữa, nhiều quốc gia chưa có hiệp định về thuế quan với Việt Nam [13].