Từ những nghiên cứu đầu tiên cho đến nay, giai đoạn là yếu tố tiên lượng quan trọng và còn có ý nghĩa trong việc xác định chế độ điều trị cho bệnh nhân. Từ năm 1978, NWTS quyết định sử dụng yếu tố mô bệnh học thuận lợi hay không thuận lợi làm tiêu chí xác định chế độ điều trị . SIOP phân nhóm mô bệnh học làm 3 nhóm nguy cơ: thấp, vừa và cao, đồng thời cũng sử dụng làm tiêu chí xác định chế độ điều trị .
Cùng ở giai đoạn III nhưng những trường hợp di căn hạch có kết quả điều trị kém hơn so với các trường hợp không di căn hạch, đây là cơ sở cho đề xuất chia giai đoạn III làm các nhóm khác nhau và bệnh nhân di căn hạch cần được điều trị mạnh hơn .
Tuy cùng ở giai đoạn IV nhưng vị trí di căn có tiên lượng khác nhau. Di căn gan không xấu hơn mức trung bình của giai đoạn IV trong khi di căn não, xương tuy ít gặp nhưng tiên lượng rất xấu . SIOP ghi nhận các trường hợp có khối u tiến triển trong giai đoạn điều trị hóa chất trước phẫu thuật có tiên lượng xấu (Ora và cộng sự) .
Trong các biến đổi di truyền, SIOP ghi nhận các trường hợp mất nhiễm sắc thể 11q và 16q có tỉ lệ tái phát cao, tiên lượng xấu , nếu NMYC dương tính, đột biến ở 1p,11q16,22q và thêm nhiễm sắc thể số 1 có kết quả điều trị xấu (thông báo tại Hội nghị SIOP 2012). Tuy vậy với SIOP những biến đổi di truyền này chỉ có giá trị tiên lượng bệnh chứ chưa có vai trò quyết định đối với chế độ điều trị của bệnh nhân: các bệnh nhân có các biến đổi di truyền này vẫn được điều trị như những bệnh nhân còn lại. NWTS ghi nhận các biến đổi di truyền ở 1p và 16q , mất tính dị hợp tử ở vị trí 11p15 và thêm nhiễm sắc thể 1q là các yếu tố tiên lượng xấu . Những bệnh nhân còn tính dị hợp tử ở 11p15 có tiên lượng tốt, không cần điều trị hóa chất, trong khi những bệnh nhân mất tính dị hợp tử ở vị trí này có tỉ lệ tái phát cao. Trong đó biến đổi di truyền ở 1p và 16 q đã được đưa thành yếu tố góp phần chọn lựa chế độ điều trị trong các phác đồ đang sử dụng, các biến đổi di truyền khác đang được cân nhắc áp dụng trong các nghiên cứu tiếp theo .
Các bệnh nhân u nguyên bào thận có hội chứng Beckwith-Wiedemann, Denys-Drash và WARG có kết quả điều trị ở thời điểm 5 năm giống như các bệnh nhân khác nhưng sau 15-25 năm kết quả kém hơn rõ rệt do bị bệnh thận giai đoạn cuối, là 1 phần diễn biến của hội chứng này (ở những người không bị u nguyên bào thận cũng bị suy thận tương tự) .